Helix-spole övergångsmodell
Helix-coil-övergångsmodeller är formaliserade tekniker inom statistisk mekanik utvecklade för att beskriva konformationer av linjära polymerer i lösning. Modellerna används vanligtvis men inte uteslutande på polypeptider som ett mått på den relativa andelen av molekylen i en alfahelixkonformation kontra vridning eller slumpmässig spole . Huvudattraktionen i att undersöka alfa-helixbildning är att man möter många av egenskaperna hos proteinveckning men i deras enklaste version. De flesta av helix-spiralmodellerna innehåller parametrar för sannolikheten för spiralkärnbildning från en spiralregion, och spiralutbredning längs sekvensen när den en gång kärnbildats; eftersom polypeptider är riktade och har distinkta N-terminala och C-terminala ändar, kan förökningsparametrar skilja sig åt i varje riktning.
De två staterna är
- helixtillstånd: kännetecknas av ett gemensamt roterande mönster som hålls samman av vätebindningar , (se alfa-helix ) .
- spoletillstånd: konglomerat av slumpmässigt ordnad sekvens av atomer (se slumpmässig spole ).
Vanliga övergångsmodeller inkluderar Zimm-Bragg-modellen och Lifson-Roig-modellen , och deras förlängningar och variationer.
Energi för värdpolyalaninspiral i vattenlösning:
där m är antalet rester i helixen.