HNCOCA-experiment

Schematisk över en HNCA och HNCOCA för fyra på varandra följande rester. Dimensionen kväve-15 är vinkelrät mot skärmen. Varje fönster är fokuserat på det kvävekemiska skiftet av den aminosyran. Den sekventiella tilldelningen görs genom att matcha de kemiska skiftningarna av alfakol.

HNCOCA är ett 3D -trippelresonans NMR- experiment som vanligtvis används inom protein-NMR . Namnet härstammar från experimentets magnetiseringsöverföringsväg: Magnetiseringen av amidprotonen i en aminosyrarest överförs till amidkvävet och sedan till alfakolet för den föregående resten i proteinets aminosyrasekvens. Däremot överför det komplementära HNCA-experimentet magnetisering till alfakolen för både startresten och föregående rest i sekvensen. HNCOCA-experimentet används, ofta tillsammans med HNCA, för att tilldela alfa-kolresonanssignaler till specifika rester i proteinet. Detta experiment kräver ett renat prov av protein framställt med ¹³ C och ¹⁵ N isotopmärkning , i en koncentration som är större än 0,1 mM , och används därför i allmänhet endast på rekombinanta proteiner .

Spektrum som produceras av detta experiment har 3 dimensioner: en protonaxel, en ¹⁵ N-axel och en ¹³ C-axel. För rest i visas toppar endast vid {H _N (i), N(i), C _α (i-1)}, medan för det komplementära HNCA -experimentet toppar visas vid {H _N (i), N(i), Ca (i-1)} och {HN ₍ i), N(i), Ca _{( i} )}. Tillsammans avslöjar dessa två experiment det kemiska skiftet av alfakol för varje aminosyrarest i ett protein och ger information som länkar intilliggande rester i proteinets sekvens.

Citat

  Bax A, Ikura M (maj 1991). "En effektiv 3D NMR-teknik för att korrelera proton- och 15N-ryggradsamidresonanserna med alfa-kolet från den föregående resten i likformigt 15N/13C-berikade proteiner". J. Biomol. NMR . 1 (1): 99–104. doi : 10.1007/BF01874573 . PMID 1668719 .

Allmänna referenser

John Cavanagh; Wayne J. Fairbrother; Arthur G. Palmer III; Nicholas J. Skelton (1995). Protein NMR-spektroskopi: principer och praxis . Akademisk press .