HNCA-experiment

Schematisk över en HNCA och HNCOCA för fyra på varandra följande rester. Dimensionen kväve-15 är vinkelrät mot skärmen. Varje fönster är fokuserat på det kvävekemiska skiftet av den aminosyran. Den sekventiella tilldelningen görs genom att matcha de kemiska skiftningarna av alfakol.

HNCA är ett 3D -trippelresonans- NMR- experiment som vanligtvis används inom området protein-NMR . Namnet härrör från experimentets magnetiseringsöverföringsväg: Magnetiseringen av amidprotonen i en aminosyrarest överförs till amidkvävet, och sedan till alfakolen i både startresten och den föregående resten i proteinets aminosyrasekvens. Däremot överför det komplementära HNCOCA- experimentet magnetisering endast till alfakolet från den föregående resten. HNCA-experimentet används, ofta tillsammans med HNCOCA, för att tilldela alfa-kolresonanssignaler till specifika rester i proteinet. Detta experiment kräver ett renat prov av protein framställt med ¹³ C och ¹⁵ N isotopmärkning , i en koncentration som är större än 0,1 mM , och används därför i allmänhet endast på rekombinanta proteiner .

Spektrum som produceras av detta experiment har 3 dimensioner: en protonaxel, en ¹⁵ N-axel och en ¹³ C-axel. För rest i kommer toppar att visas vid {H _N (i), N(i), C _alfa (i)} och {H _N (i), N(i), C _alfa (i-1)}, medan för komplementära HNCOCCA- experimenttoppar uppträder endast vid {H _N (i), N(i), C _alfa (i-1)}. Tillsammans avslöjar dessa två experiment det kemiska skiftet av alfakol för varje aminosyrarest i ett protein och ger information som länkar intilliggande rester i proteinets sekvens.

Citat

1. ^   Bax A, Ikura M (maj 1991). "En effektiv 3D NMR-teknik för att korrelera proton- och 15N-ryggradsamidresonanserna med alfa-kolet från den föregående resten i likformigt ¹⁵ N/ ^13C -berikade proteiner". J. Biomol. NMR . 1 (1): 99–104. doi : 10.1007/BF01874573 . PMID 1668719 .

Allmänna referenser

Protein NMR Spectroscopy: Principles and Practice (1995) John Cavanagh, Wayne J. Fairbrother, Arthur G. Palmer III, Nicholas J. Skelton, Academic Press