Guide till farmakologi
Innehåll | |
---|---|
Beskrivning | En onlineportal med öppen tillgång till farmakologisk information om alla mänskliga mål för receptbelagda läkemedel |
Datatyper infångade |
Målnomenklatur, farmakologiska data, ligandstrukturer |
Organismer | Människa, mus, råtta |
Kontakt | |
Forskningscenter | University of Edinburgh, Storbritannien |
Primärt citat | IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY 2020: utöka innehållet i immunfarmakologi och introducera IUPHAR/MMV Guide to MALARIA PHARMACOLOGY |
Tillgång | |
Hemsida | |
Webbtjänstens URL | |
Sparql- slutpunkt | |
Diverse | |
Versionering | Innehåll uppdateras ungefär kvartalsvis (dvs. 2020.2 indikerar [år].[releasenummer]) |
Kurationspolicy | Manual, internt |
IUPHAR /BPS Guide to PHARMACOLOGY är en webbsida med öppen tillgång , som fungerar som en portal till information om biologiska mål för licensierade läkemedel och andra små molekyler. Guiden till FARMAKOLOGI (med GtoPdb som standardförkortning) är utvecklad som ett joint venture mellan International Union of Basic and Clinical Pharmacology (IUPHAR) och British Pharmacological Society (BPS). Detta ersätter och utökar den ursprungliga IUPHAR-databasen från 2009 (standardförkortning IUPHAR-DB). Guiden till FARMAKOLOGI syftar till att ge en kortfattad översikt över alla farmakologiska mål, tillgänglig för alla medlemmar av den vetenskapliga och kliniska gemenskapen och den intresserade allmänheten, med länkar till detaljer om en utvald uppsättning mål. Informationen som visas inkluderar farmakologiska data, mål- och gennomenklatur, såväl som kurerad kemisk information för ligander. Översikter och kommentarer om varje målfamilj ingår, med länkar till nyckelreferenser.
Bakgrund och utveckling
Guiden till FARMAKOLOGI gjordes ursprungligen tillgänglig online i december 2011 med ytterligare material som släpptes i juli 2012. Guiden till FARMAKOLOGI, som underhålls av ett team av curatorer baserade vid University of Edinburgh, är utvecklad av ett internationellt nätverk av bidragsgivare, inklusive redaktörer för den kortfattade guiden till FARMAKOLOGI . Precis som med den ursprungliga IUPHAR-DB, fungerar International Union of Basic and Clinical Pharmacology (IUPHAR) kommitté för receptornomenklatur och läkemedelsklassificering (NC-IUPHAR), som vetenskaplig rådgivande och redaktionell nämnd för databasen. Dess nätverk av över 500 specialistrådgivare (organiserade i ~90 underkommittéer) bidrar med expertis och data. Den nuvarande PI och Grant-innehavaren av GtoPdb-projektet är Prof. Jamie A. Davies . Utvecklingen och lanseringen av den första versionen av GtoPdb 2012 beskrevs i en ledare publicerad i British Journal of Pharmacology med titeln "Guide to Pharmacology.org-an update". IUPHAR-DB utvecklas inte längre och all information som finns på denna webbplats är nu tillgänglig via Guide to PHARMACOLOGY (IUPHAR-DB-länkar bör nu omdirigera).
Innehåll och funktioner
Målgrupperna som för närvarande ingår i Guide to PHARMACOLOGY är:
- Katalytiska receptorer
- Enzymer
- G-proteinkopplade receptorer
- Jonkanaler
- Kinaser
- Nukleära receptorer
- Transportörer
- Andra proteinmål inklusive fettsyrabindande proteiner , sigmareceptorer och adiponektinreceptorer
Informationen för varje målgrupp är indelad i familjer utifrån klassificering, med en separat datasida för varje familj. Inom varje sida är målen ordnade i listor med tabeller, där varje tabell inkluderar protein- och gennomenklaturen för målet med länkar till gennomenklaturdatabaser och listar utvalda ligander med aktivitet vid målet, inklusive agonister, antagonister, inhibitorer och radioligander. Farmakologiska data och referenser ges och varje ligand är hyperlänkad till en ligandsida som visar nomenklatur och en kemisk struktur eller peptidsekvens, tillsammans med synonymer och relevanta databaslänkar. Guiden till FARMAKOLOGI innehåller också en lista över alla ligandmolekyler som ingår på webbplatsen, uppdelade i kategorier inklusive små organiska molekyler (inklusive däggdjursmetaboliter, hormoner och neurotransmittorer ) , syntetiska organiska molekyler, naturliga produkter , peptider , oorganiska molekyler och antikroppar . En komplett lista över alla godkända läkemedel som finns på hemsidan finns också tillgänglig via ligandlistan. Guiden till FARMAKOLOGI utökas med klinisk information om mål och ligander, förutom utbildningsresurser. Sökfunktioner på webbplatsen inkluderar snabba och avancerade sökalternativ och receptor- och ligandsökningar, inklusive stöd för ligandstrukturer som använder kemiska strukturer. Andra funktioner inkluderar nyheter om "hett ämne" och en ny receptor-ligand-parningslista.
IUPHAR Guide till IMMUNOFARMAKOLOGI
Mellan november 2015 och oktober 2018 stödde Wellcome Trust ett projekt för att utveckla IUPHAR Guide to IMMUNOPHARMACOLOGY (GtoImmuPdb), baserat på GtoPdb-schemat. GtoImmuPdb är en resurs med öppen tillgång som ger ett immunologiskt perspektiv till de högkvalitativa, expertkurerade farmakologiska data som finns i den befintliga IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY. Proteinmål och ligander som är relevanta för immunfarmakologi har märkts och kurerats i GtoImmuPdb. Dessa har också associerats med nya immunologiska datatyper såsom immunologiska processer, celltyper och sjukdomar. GtoImmuPdb tillhandahåller en kunskapsbas som kopplar samman immunologi med farmakologi, vilket ger mervärde och stödjer forskning och utveckling av läkemedel som är inriktade på att modulera immuna, inflammatoriska eller infektiösa komponenter i sjukdomen.
Den kortfattade guiden till FARMAKOLOGI
Guiden till FARMAKOLOGI inkluderar en online, öppen databasversion av den kortfattade guiden till farmakologi , tidigare "Guiden till receptorer och kanaler" tillgänglig i HTML, PDF och tryckta format. En papperssammanfattning av onlinedatabasen publiceras som The Concise Guide to Pharmacology 2017/2018 som en serie artiklar som ett halvårligt tillägg till British Journal of Pharmacology .
Databaslänkar
Guiden till FARMAKOLOGI innehåller länkar till andra relevanta resurser via mål- och ligandsidor på både kortfattade och detaljerade vysidor. Många av dessa resurser upprätthåller ömsesidiga länkar till de relevanta sidorna med Guide till FARMAKOLOGI.
- HUGO Gennomenklaturkommitté
- Mouse Genome Informatics
- Databas för råttgenom
- Ensembl
- UniProt
- Entrez
- PubChem
- ChemSpider
- ChEMBL
- ChEBI
- KEGG
- Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)
- DrugBank
- Proteindatabank
Framtida inriktningar
Efter finansiering från Wellcome Trust utökades Guide to PHARMACOLOGY från 2012 till 2015 till att omfatta de biologiska målen för alla receptbelagda läkemedel och andra troliga mål för framtida småmolekylära läkemedel. Översikter av nyckelfunktionerna för ett brett spektrum av mål finns på sammanfattningsvysidorna, med detaljerade vysidor som ger mer djupgående information om egenskaperna hos en utvald delmängd av mål. Från och med januari 2018 stöder Medicines for Malaria Venture en ny förlängning för att utveckla guiden till malariafarmakologi . Kärnan GtoPdb fortsätter att stödjas av British Pharmacological Society .
Se även
- International Union of Basic and Clinical Pharmacology
- British Pharmacological Society
- Biologiskt mål
- British Journal of Pharmacology
externa länkar
-
IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY
- 2021-utgåvan av IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY (publicerad i BJP)
- International Union of Basic and Clinical Pharmacology (IUPHAR)
- British Pharmacological Society (BPS)
- British Journal of Pharmacology
- Kortfattad guide till FARMAKOLOGI
- Välkommen Trust
- Läkemedel för Malaria Venture