Genetiska tilldelningsmetoder

Genetiska tilldelningsmetoder är en uppsättning kraftfulla statistiska metoder som används för att bestämma förhållandet mellan individer och populationer . Den allmänna principen bakom dem är att använda multilocus-genotyper för att tilldela referenspopulationer som ursprung för individer.

Genetiska tilldelningsmetoder

Frekvensmetod

Denna metod presenteras först av Paetkau et al. 1995. Den tilldelar en individ till referenspopulationen baserat på sannolikheten för den individens genotyp i populationen. Denna metod förutsätter Hardy–Weinbergs jämvikt och oberoende av loci, såväl som ett obestämt antagande att de härledda populationsprovens allelfrekvenser ligger nära de exakta värdena. Denna metod innehåller tre steg:

1. Beräkna de erforderliga allelfrekvenserna i alla kandidatpopulationer
2. Beräkna sannolikheten för att individens multilocus-genotyp förekommer i varje population
3. Att tilldela individen till den population där sannolikheten för individens genotyp är högst

Bayesiansk modell

Denna metod är inspirerad av Rannala och Mountain. I deras papper publicerad 1997 användes en Bayesiansk metod för att upptäcka immigration . Om man antar att varje lokus allelfrekvenser i varje population har en lika stor tidigare sannolikhet , är den marginella sannolikheten att observera en individ med genotyp $\scriptstyle A_{k}A_{k'}$ vid lokus j i population i är lika med

${\begin{aligned}&{\frac {\left({ \frac {n_{ijk}+1}{K_{j}+1}}\right)\left({\frac {n_{ijk}+1}{K_{j}}}\right)}{(n_ {ij}+2)(n_{ij}+1)}}&&{\text{ för }}k=k'\\[6pt]&{\frac {2\left({\frac {n_{ijk} +1}{K_{j}}}\right)\left({\frac {n_{ijk'}+1}{K_{j}}}\right)}{(n_{ij}+2)(n_ {ij}+1)}}&&{\text{ för }}k\neq k'\end{aligned}}$

n _ijk är antalet alleler k provtagna vid lokus j i populationen i , n _ij är antalet genkopior som provats vid lokus j i populationen i , och kj är det totala antalet alleler som observerats i hela populationerna vid lokus j .

Avståndsmetod

Denna metod presenteras av Cornuet et al. 1999. Den använder genetiskt avstånd för att tilldela individen den "närmaste" populationen. För interpopulationsavstånden tilldelas individen som ett urval av två alleler ; för det delade allelavståndet togs avståndet som medelvärdet av avstånden mellan individen och populationsproven. Observera att denna metod inte förutsätter Hardy-Weinberg-jämvikt eller oberoende av loci .