Gendesigner
 Gene Designer Sequence View möjliggör manipulering av sekvenselement, kodonval och oligonukleotidpositioner . Sök snabbt efter sekvensmotiv , restriktionsplatser och öppna läsramar .
| |
| Utvecklare | ATUM |
|---|---|
| Initial release | 2006 |
| Stabil frisättning | 2.01.191 / 9 oktober 2015
|
| Operativ system | Windows , macOS , Linux |
| Plattform | x86 , x86-64 |
| Tillgänglig i | engelsk |
| Typ | Molekylärbiologi verktygslåda |
| Licens | Gratisprogram , registrering krävs |
| Hemsida | |
Gene Designer är ett datorprogrampaket för bioinformatik . Det används av molekylärbiologer från den akademiska världen, myndigheter och läkemedels-, kemisk-, jordbruks- och bioteknikindustrin för att designa, klona och validera genetiska sekvenser. Det är proprietär programvara , släppt som gratisprogram som kräver registrering.
Funktioner
Gene Designer gör det möjligt för molekylärbiologer att hantera hela gendesignprocessen i en applikation, med hjälp av en rad designverktyg.
- Algoritmer för in silico - kloning , kodonoptimering , backtranslation och primerdesign
- Grafisk molekylär vy för att visa, kommentera och redigera konstruktioner
- Anpassningsbar databas för att lagra, hantera och spåra genetiska element, gener och konstruktioner
- Dra och släpp gränssnitt för att flytta sekvenselement inom eller mellan konstruktioner (patenterad funktion)
- Sökfunktion för sekvensmotiv , restriktionsplatser och öppna läsramar
- Kodon optimerar för rekombinant proteinproduktion i vilken organism som helst med hjälp av flera algoritmer
- Ta bort eller lägg till restriktionsställen eller andra sekvensmotiv
- Koda om öppna läsramar
- Kontrollera översättningsramar och fusionsövergångar
- Designa oligonukleotider för att sekvensera primers , inkluderar en smältpunktskalkylator i realtid
- Kloningsverktyg med dra och släpp-möjlighet att klippa, kombinera och klona infogning och vektor
Pedagog och elevanvändning
Denna fria programvara har införlivats i klassrums- och labbläroplaner för syntetisk biologi, systembiologi, bioteknik och bioinformatik. Studenter skapar och slutför projekt som hanterar hela gendesignprocessen i en applikation, med hjälp av en rad designverktyg.
Exempel på användning i läroplaner:
- Kurs i syntetisk biofotonik; Utah State University, College of Engineering
- Lab Project med Gene Designer 2.0
- Systembiologi Lektionsöversikt
- Syntetisk biologi Lektionsöversikt
- Studentprojekt
Se även
- Bioinformatik
- Beräkningsbiologi
- Gensyntes
- Vektor (molekylärbiologi) , vektor-DNA , kloningsvektor , uttrycksvektor
- Restriktionskarta
- Molekylär kloning
- Lista över bioinformatikprogramvara med öppen källkod