Cyklisk di-GMP-I riboswitch

c-di-GMP-I
RF01051-rscape.svg
Konsensus sekundär struktur och sekvenskonservering av cykliska di-GMP-I riboswitch-
identifierare
Symbol c-di-GMP-I
Rfam RF01051
Övriga uppgifter
RNA -typ Cis-reg
GO: 0035438
SO:0005836
PDB- strukturer PDBe
c-di-GMP-I-GGC
RF03167.svg
Konsensus sekundär struktur och sekvenskonservering av c-di-GMP-I-GGC riboswitch-
identifierare
Symbol c-di-GMP-I-GGC
Rfam RF03167
Övriga uppgifter
RNA -typ Cis-reg
GO: 0035438
SO:0005836
PDB- strukturer PDBe
c-di-GMP-I-UAU
RF03168-rscape.svg
Konsensus sekundär struktur och sekvenskonservering av c-di-GMP-I-UAU riboswitch-
identifierare
Symbol c-di-GMP-I-UAU
Rfam RF03168
Övriga uppgifter
RNA -typ Cis-reg
GO: 0035438
SO:0005836
PDB- strukturer PDBe

Cykliska di-GMP-I riboswitch är en klass av riboswitch som specifikt binder cyklisk di-GMP, som är en andra budbärare som används i en mängd olika mikrobiella processer inklusive virulens , motilitet och biofilmbildning . Cykliska di-GMP-I riboswitchar identifierades ursprungligen av bioinformatik som en konserverad RNA -liknande struktur som kallas "GEMM-motivet". Dessa riboswitch finns i en mängd olika bakterier och är vanligast i Clostridia och vissa sorter av Pseudomonadota . Riboswitcharna finns i patogener som Clostridium difficile , Vibrio cholerae (som orsakar kolera ) och Bacillus anthracis (som orsakar mjältbrand ). Geobacter uraniumreducens förutspås ha 30 förekomster av denna riboswitch i sitt genom . En bakteriofag som infekterar C. difficile förutspås bära en cyklisk di-GMP-I riboswitch, som den kan använda för att upptäcka och utnyttja det fysiologiska tillståndet hos bakterier som den infekterar.

Upptäckten av denna riboswitch-klass svarar på frågan om hur gener regleras som svar på cykliska di-GMP-nivåer i många olika bakterier. Vissa bakterier i vilka cyklisk di-GMP har studerats saknar emellertid cykliska di-GMP-I-riboswitchar, t.ex. Pseudomonas aeruginosa . Cykliska di-GMP-I riboswitch är den första typen av riboswitch som upptäckts vars roll inte primärt är att reglera ämnesomsättningen , utan istället är en del av signalering. En andra klass av riboswitch som binder cyklisk di-GMP kallas den cykliska di-GMP-II riboswitch . De två klasserna av cykliska di-GMP-bindande riboswitchar delar inte någon känd sekvens eller strukturella egenskaper.

Högupplösta tredimensionella strukturer av cykliska di-GMP-I riboswitchar har bestämts med hjälp av röntgenkristallografi .

Vissa homologer av c-di-GMP-I riboswitchstrukturen fungerar faktiskt som en riboswitch som känner igen en annan signalmolekyl, cyklisk AMP-GMP.

externa länkar