Cyklisk di-GMP-I riboswitch
c-di-GMP-I | |
---|---|
identifierare | |
Symbol | c-di-GMP-I |
Rfam | RF01051 |
Övriga uppgifter | |
RNA -typ | Cis-reg |
GÅ | GO: 0035438 |
SÅ | SO:0005836 |
PDB- strukturer | PDBe |
c-di-GMP-I-GGC | |
---|---|
identifierare | |
Symbol | c-di-GMP-I-GGC |
Rfam | RF03167 |
Övriga uppgifter | |
RNA -typ | Cis-reg |
GÅ | GO: 0035438 |
SÅ | SO:0005836 |
PDB- strukturer | PDBe |
c-di-GMP-I-UAU | |
---|---|
identifierare | |
Symbol | c-di-GMP-I-UAU |
Rfam | RF03168 |
Övriga uppgifter | |
RNA -typ | Cis-reg |
GÅ | GO: 0035438 |
SÅ | SO:0005836 |
PDB- strukturer | PDBe |
Cykliska di-GMP-I riboswitch är en klass av riboswitch som specifikt binder cyklisk di-GMP, som är en andra budbärare som används i en mängd olika mikrobiella processer inklusive virulens , motilitet och biofilmbildning . Cykliska di-GMP-I riboswitchar identifierades ursprungligen av bioinformatik som en konserverad RNA -liknande struktur som kallas "GEMM-motivet". Dessa riboswitch finns i en mängd olika bakterier och är vanligast i Clostridia och vissa sorter av Pseudomonadota . Riboswitcharna finns i patogener som Clostridium difficile , Vibrio cholerae (som orsakar kolera ) och Bacillus anthracis (som orsakar mjältbrand ). Geobacter uraniumreducens förutspås ha 30 förekomster av denna riboswitch i sitt genom . En bakteriofag som infekterar C. difficile förutspås bära en cyklisk di-GMP-I riboswitch, som den kan använda för att upptäcka och utnyttja det fysiologiska tillståndet hos bakterier som den infekterar.
Upptäckten av denna riboswitch-klass svarar på frågan om hur gener regleras som svar på cykliska di-GMP-nivåer i många olika bakterier. Vissa bakterier i vilka cyklisk di-GMP har studerats saknar emellertid cykliska di-GMP-I-riboswitchar, t.ex. Pseudomonas aeruginosa . Cykliska di-GMP-I riboswitch är den första typen av riboswitch som upptäckts vars roll inte primärt är att reglera ämnesomsättningen , utan istället är en del av signalering. En andra klass av riboswitch som binder cyklisk di-GMP kallas den cykliska di-GMP-II riboswitch . De två klasserna av cykliska di-GMP-bindande riboswitchar delar inte någon känd sekvens eller strukturella egenskaper.
Högupplösta tredimensionella strukturer av cykliska di-GMP-I riboswitchar har bestämts med hjälp av röntgenkristallografi .
Vissa homologer av c-di-GMP-I riboswitchstrukturen fungerar faktiskt som en riboswitch som känner igen en annan signalmolekyl, cyklisk AMP-GMP.