Cyklisk di-GMP-II riboswitch
 Konsensus sekundär struktur för cykliska di-GMP-II riboswitch-
| |
| identifierare | |
|---|---|
| Symbol | c-di-GMP-II |
| Rfam | RF01786 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Riboswitch |
| Domän(er) | Clostridia , Deinococcus |
| PDB- strukturer | PDBe |
| c-di-GMP-II-GAG | |
|---|---|
 Konsensus sekundär struktur och sekvenskonservering av c-di-GMP-II-GAG riboswitch-
| |
| identifierare | |
| Symbol | c-di-GMP-II-GAG |
| Rfam | RF03169 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg |
| GÅ | GO:0010468 , GO:0035438 |
| SÅ | SO:0000035 |
| PDB- strukturer | PDBe |
| c-di-GMP-II-GCG | |
|---|---|
 Konsensus sekundär struktur och sekvenskonservering av c-di-GMP-II-GCG riboswitch-
| |
| identifierare | |
| Symbol | c-di-GMP-II-GCG |
| Rfam | RF03170 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg |
| GÅ | GO:0010468 , GO:0035438 |
| SÅ | SO:0000035 |
| PDB- strukturer | PDBe |
Cykliska di-GMP-II riboswitchar (även c-di-GMP-II riboswitchar ) bildar en klass av riboswitchar som specifikt binder cyklisk di-GMP, en andra budbärare som används i flera bakterieprocesser såsom virulens , motilitet och biofilmbildning . Cykliska di-GMP II-riboswitchar är strukturellt inte relaterade till cykliska di-GMP-I-riboswitchar, även om de har samma funktion.
Cykliska di-GMP-II riboswitchar upptäcktes av bioinformatik , och är vanliga i arter inom klassen Clostridia och släktet Deinococcus . De finns också i vissa andra bakterielinjer . Det finns en betydande överlappning mellan arter som använder cykliska di-GMP-I och cykliska di-GMP-II riboswitchar, eftersom båda riboswitchklasserna är vanliga i Clostridia.
I Clostridium difficile- stammar hittas en cyklisk di-GMP-II riboswitch intill en grupp I katalytisk intron . Grupp I-introner är ribozymer som katalyserar splitsningen av RNA -molekylen i vilken de är inbäddade. I det riboswitch-associerade fallet kontrolleras resultatet av splitsningsreaktionen som katalyseras av intronen av riboswitchen som svar på cykliska di-GMP-nivåer. Splitsningsreaktionen regleras också in vitro av nivåer av guanosintrifosfat , eftersom grupp I-introner kräver ett guanosinderivat för sin aktivitet.
, där de minskar sannolikheten för att elementet negativt påverkar värdens kondition genom att avbryta en proteinkodande gen . Grupp I-intronet som är associerat med en cyklisk di-GMP-II-riboswitch är emellertid inte självisk eftersom den verkar utföra en användbar funktion för cellen. De visar också att naturliga celler använder allosteriska ribozymer för att reglera genuttryck, en mekanism som vanligtvis används i konstruerade aptamerer men som inte tidigare observerats i naturen.
Cykliska di-GMP-II riboswitchar är en pseudoknottad struktur. De flesta av dessa riboswitchar bevarar ett strukturellt vik-vrid-motiv som tillåter en böjning i den relevanta stammen, vilket förmodligen underlättar pseudoknoten. Flera nukleotidpositioner är mycket konserverade, med många runt de terminala slingorna involverade i pseudoknot-interaktionen.