Kitinasdomäninnehållande protein 1
| CHID1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , SI-CLP, SICLP, GL008, kitinasdomän som innehåller 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| externt ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kitinasdomäninnehållande protein 1 (CHID1) är ett mycket konserverat protein med okänd funktion beläget på den korta (p) armen av kromosom 11 nära telomeren . Proteinet har 27 introner , vilket möjliggör många isoformer av denna gen. Det har flera alias, varav det vanligaste är Stabilin-1 interagerande kitinasliknande protein ( SI-CLP). Som indikeras av aliaset är CHID1 känt för att interagera med proteinet STAB1 . CHID1 uttrycks överallt i nivåer som är nästan 6 gånger den genomsnittliga genen och bevaras mycket långt tillbaka till organismer som Caenorhabditis elegans och möjligen vissa prokaryoter . Detta protein är känt för att ha kolhydratbindningsställen , vilket kan vara involverat i kolhydratkatabolys .
Gen
CHID1 är belägen på kromosom 11 vid platsen p15.5. Det är precis nedströms om TSPAN4 och uppströms om AP2A2 . CHID1 uttrycks överallt på höga nivåer. Genom mikroarrayanalys har det visat sig att CHID1 i allmänhet uttrycks vid 5,7 gånger den genomsnittliga genen. CHID1 har många kända varianter, vilket tillskrivs dess 37 exoner . Det finns inga inneboende upprepningar eller hårnålsstrukturer att hitta inom den kodande regionen av CHID1. Denna gen är en medlem av GH18 , vilket dikterar en del av dess proteinstruktur. Denna gen har också flera alias, varav det vanligaste är Stabilin-1-interagerande kitinasliknande protein, eller SI-CLP, vilket indikerar dess kända interaktion med STAB1 .
Variationer
På grund av sin stora storlek och många exoner har CHID1 många transkriptvarianter som har identifierats genom mRNA-sekvensering. CHID1 har 27 exoner och 22 kända splitsningsformer. Dessa former indikerar att det kan finnas flera promotorregioner och transkriptionsstartställen som används inom genomet. De vanligaste transkripten översätts till cirka 400 aminosyror vardera.
Homologi
CHID1 visar en mycket hög bevarandenivå. Det har identifierats i många modellsystem inklusive Drosophila melanogaster , Caenorhabditis elegans och Oryza sativa . När konservering observeras över en stor region blir det tydligt vilka proteindomäner som är viktigast för CHID1. Överlägset, de två bäst bevarade faktorerna är exon junctions du kan lägga till en länk till exon junction, samt flera kända kolhydratbindningsställen. En annan viktig region verkar vara de sista 15 aminosyrorna, som bibehåller en hög nivå av bevarande även genom insektssekvenser.
| Arter | Vanligt namn | Divergens i miljoner år | Tillträdesnummer | Likhet med mänsklig sekvens |
|---|---|---|---|---|
| Gorilla gorilla gorilla | Gorilla | 8.8 | XP_004050445.1 | 100 % |
| Macaca mulatta | Rhesus makak | 29,0 | AFI38071.1 | 94 % |
| Equus caballus | Häst | 94,2 | XP_003362692.1 | 91 % |
| Felis catus | hus katt | 94,2 | XP_003993852.1 | 90 % |
| Taeniopygia guttata | Fink | 296 | XP_002199280.2 | 78 % |
| Ictalurus punctatus | Havskatt | 400,1 | NP_001187344.1 | 70 % |
| Apis florea | Honungsbi | 782,7 | XP_003691984.1 | 61 % |
Paraloger
Det finns också flera föreslagna paraloger till CHID1. Dessa gener är di-N-acetylchitobias, kitinas-3-liknande protein 2 och chitotriosidas 1. Alla dessa gener har ungefär 40% likhet och matchar mänskliga transkript av CHID1 över 40-50% av genen. Baserat på bevarandenivån delas dessa paraloger sannolikt alla vid en tidpunkt nära splittringen från bakterier.
| namn | Tillträdesnummer | Längd (aminosyror) | Likhet med CHID1 hos människor |
|---|---|---|---|
| di-N-acetylkitobias | NP_004379.1 | 385 | 38 % |
| Kitinas-3-liknande protein 2 | NP_001020368.1 | 380 | 39 % |
| Chitotriosidas-1 | NP_001243054.2 | 447 | 40 % |
Protein
Proteintranslationen av CHID1 är typiskt cirka 400 aminosyror lång (även om detta varierar inom de många kända formerna), och har få post-translationella modifieringar. I de flesta former och ortologer förutsägs det att CHID1 har en signalpeptid som varierar i längd efter sekvens. Strukturförutsägelser och röntgenkristallografistrukturer av CHID1 indikerar att dess sekundära struktur är tung i alfaspiraler , även om den definitivt har några beta-strängar närvarande, vilket indikeras av SI-CLP-röntgenkristallografistrukturen. CHID1 är också en medlem av GH18 superfamiljen av proteiner, som har en unik konserverad struktur. Medlemmar av denna familj innehåller en 8-strandad beta/alfa-fat. Detta protein har också visat sig interagera med andra kopior av sig självt i en homodimer , som också använder sulfatjonsamverkande molekyler för ett okänt syfte.
Uttryck
Uttrycket av CHID1 har genomgående visat sig vara allestädes närvarande och högre än genomsnittet i alla mänskliga vävnader. När man analyserar promotorregionen av CHID1 hos människor, förklaras detta uttryck av det stora antalet transkriptionsfaktorbindningsställen som är aktiva i ett brett spektrum av vävnader eller till och med är allmänt förekommande. I Drosophila melanogaster varierar vävnadsuttrycket vilt mellan larv- och vuxenvävnad. Även om uttryck är extremt utbrett hos vuxna, är det inte på en så hög nivå som hos människor. Hos larver har CHID1 endast visat sig uttryckas i specifika vävnader och uppregleras i mycket andra vävnader än hos vuxna. I larvvävnader är uttrycket högst i spottkörteln, men hos vuxna är det överlägset högsta uttrycket i den manliga accessoriska körteln. Även om uttrycket i allmänhet är högt hos vissa arter, är det inte nödvändigtvis onormalt. In situ hybridisering av gentranskript i mushjärnor visar att CHID1 uttrycks relativt normalt. Mönstret av högt och lågt uttryck med hjärnan är mycket likt en annan utbredd gen: betaaktin . Detta är en indikation på att CHID1 kan visa normalt uttrycksmönster hos däggdjur, trots dess allmänna uppreglering.
Fungera
Även om CHID1 inte har någon känd funktion med säkerhet, finns det flera föreslagna aktiviteter för proteinet baserat på nuvarande kunskap. Detta protein kan delta i metaboliska processer såsom kitinkatabolism eller kolhydratmetabolism . Den kan lokaliseras i olika cellulära avdelningar såsom cytoplasman eller i lysosomer , allt beroende på vissa posttranslationella modifieringar. En annan studie föreslog att CHID1 kan ha roller i patogenavkänning. Funktionen av CHID1 kan också bero på dess förmodade bindningspartner, STAB1 , som föreslås delta i cellsignalering och försvar mot bakterier.
Interaktioner
CHID1 rekommenderas endast starkt att interagera med ett annat protein. Transmembranproteinet stabilin -1 har detekterats som en interaktant genom in vitro- , in vivo- och tvåhybridanalyser av jäst . STAB1 är ett stort transmembranreceptorprotein som kan fungera i många aspekter såsom lymfocyter eller angiogenes . Det uttrycks på mer än dubbelt så högt som den genomsnittliga gennivån och förväntas spela en roll i cellförsvaret mot bakterier. Denna interaktion kan ge insikt om funktionen av båda proteinerna som helhet.
Klinisk signifikans
Överlag är betydelsen av CHID1 okänd. Många uttrycksprofiler för CHID1 visar att dess uttryck inte förändras i några vanliga sjukdomar eller tillstånd som för närvarande studeras. Med tanke på bristen på kunskap om funktionen av CHID1 är det svårt att ytterligare studera dess roll inom det mänskliga tillståndet.