Catgrip

Catgrips är små katjonbindande molekylära egenskaper hos proteiner och peptider . Var och en består av huvudkedjans atomer endast av tre på varandra följande aminosyrarester . Den första och tredje huvudkedjans CO-grupper binder katjonerna, ofta kalcium , magnesium , kalium eller natrium , utan inblandning i sidokedjorna. Många kattgrepp binder en vattenmolekyl istället för en katjon; den är vätebunden till den första och tredje huvudkedjans CO-grupper. Catgrips finns som kalciumbindande egenskaper i annexiner , matrismetalloproteinaser (t.ex. serralysiner ), subtilisiner och fosfolipas A2 . De observeras också i syntetiska peptider och i cykliska hexapeptider gjorda av alternerande D,L-aminosyror.

Rester 98-100 av annexin V (2ran, endast huvudkedjeatomer) bundna till en kalciumjon

Konformationen av ett catgrip är sådan att CO-grupperna i de första och tredje aminosyraresterna är benägna att attraheras elektrostatiskt eller vätebundna till en positivt laddad, eller delvis positivt laddad, atom eller grupp. Catgrips definieras av phi, psi huvudkedjans dihedrala vinklar för de andra och tredje aminosyrorna i boet.

Om två kattgrepp överlappar varandra så att två på varandra följande rester båda är rest i av kattgrepp, bildas ett sammansatt kattgrepp. Om tre överlappar varandra så att tre på varandra följande rester är rest i av catgrips, bildas ett längre catgrip och så vidare. Sådana överlappande motiv kan binda en, två eller tre metalljoner. Ett exempel ges av resterna 586-590 av Cas9-endonukleas (pdb-kod 4oge) där huvudkedjans CO-grupper från resterna i, i+2 och i+4 binder en magnesiumjon.

Ett annat tripeptidmotiv som ofta binder katjoner eller δ+-grupper via huvudkedjans CO-grupper kallas nischen ( proteinstrukturmotiv) .

^ Watson, JD; Milner-White EJ (2002). "Konformationerna av polypeptidkedjor där huvudkedjedelarna av på varandra följande rester är enantiomera. Deras förekomst i katjon- och anjonbindande regioner av proteiner". Journal of Molecular Biology . 315 (2): 183–191. doi : 10.1006/jmbi.2001.5228 . PMID 11779238 .
^ Rana, S; Kundu B (2007). "Ett dubbelt catgrip blandat L- och D-miniprotein endast 20 rester långa" . Bioorg Med Chem . 15 (11): 3874–3882. doi : 10.1016/j.bmc.2007.03.030 . PMID 17407819 .
^ Rana, S; Kundu B (2007). "Ett dubbelt catgrip blandat L- och D-miniprotein endast 20 rester långa" . Bioorg Med Chem . 15 (11): 3874–3882. doi : 10.1016/j.bmc.2007.03.030 . PMID 17407819 .
^ Nanda, V; DeGrado WF (2006). "Beräkningsdesign av heterokirala peptider mot ett spiralformat mål". J Am Chem Soc . 128 (3): 809–816. doi : 10.1021/ja054452t . PMID 16417370 .
^ Pavone, V; Benedetti E; Di Blasio B; Lombardi A (1989). "Regelbundet alternerande L,D-peptider. III Hexacykliska peptider från valin och fenylalanin". Biopolymerer . 28 (1): 215–223. doi : 10.1002/bip.360280123 . PMID 2720106 .
^ Jinek, M; Jiang F (2014). "Strukturer av Cas9-endonukleaser avslöjar RNA-medierad konformationell aktivering" . Vetenskap . 343 (6176): 1215–1228. doi : 10.1126/science.1247997 . PMC 4184034 . PMID 24505130 .

[1] Watson, JD; Milner-White EJ (2002). "Konformationerna av polypeptidkedjor där huvudkedjedelarna av på varandra följande rester är enantiomera. Deras förekomst i katjon- och anjonbindande regioner av proteiner". Journal of Molecular Biology . 315 (2): 183–191. doi : 10.1006/jmbi.2001.5228 . PMID 11779238 .

[2] Rana, S; Kundu B (2007). "Ett dubbelt catgrip blandat L- och D-miniprotein endast 20 rester långa" . Bioorg Med Chem . 15 (11): 3874–3882. doi : 10.1016/j.bmc.2007.03.030 . PMID 17407819 .

[3] Rana, S; Kundu B (2007). "Ett dubbelt catgrip blandat L- och D-miniprotein endast 20 rester långa" . Bioorg Med Chem . 15 (11): 3874–3882. doi : 10.1016/j.bmc.2007.03.030 . PMID 17407819 .

[4] Nanda, V; DeGrado WF (2006). "Beräkningsdesign av heterokirala peptider mot ett spiralformat mål". J Am Chem Soc . 128 (3): 809–816. doi : 10.1021/ja054452t . PMID 16417370 .

[5] Pavone, V; Benedetti E; Di Blasio B; Lombardi A (1989). "Regelbundet alternerande L,D-peptider. III Hexacykliska peptider från valin och fenylalanin". Biopolymerer . 28 (1): 215–223. doi : 10.1002/bip.360280123 . PMID 2720106 .

[6] Jinek, M; Jiang F (2014). "Strukturer av Cas9-endonukleaser avslöjar RNA-medierad konformationell aktivering" . Vetenskap . 343 (6176): 1215–1228. doi : 10.1126/science.1247997 . PMC 4184034 . PMID 24505130 .