CARKD

NAXD-
identifierare
	, LP3298, CARKD, NAD(P)HX-dehydratas, PEBEL2
externa ID:n
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
Genplacering ( Mus ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS n/a
Genontologi Molekylär funktion Cellkomponent Biologisk process Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Kolhydratkinas
Kristallografisk struktur av ett förmodat Bacillus subtilis kolhydratkinas (regnbågsfärgad, N-terminal = blå, C-terminal = röd).
Identifierare
Symbol	Carb_kinase
Pfam	PF01256
Pfam klan	CL0118
InterPro	IPR000631
PROSITE	PDOC00806
SCOP2	1kyh / SCOPe / SUPFAM
Tillgängliga proteinstrukturer: Pfam   strukturer / ECOD   PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsumma struktur sammanfattning PDB ,

Kolhydratkinasdomän innehållande protein (förkortat CARKD ), kodat av CARKD -genen, är ett humant protein med okänd funktion. CARKD-genen kodar för proteiner med en förutspådd mitokondriell propeptid (mCARKD), en signalpeptid (spCARKD) eller ingen av dem (cCARKD). Konfokal mikroskopianalys av transfekterade CHO- celler (ovarieceller från kinesisk hamster) indikerade att cCARKD finns kvar i cytosolen, medan mCARKD och spCARKD är riktade mot mitokondrierna respektive det endoplasmatiska retikulumet . Proteinet är bevarat genom många arter och har förutspått ortologer genom eukaryoter , bakterier och arkea .

Strukturera

Gen

Human CARKD-gen har 10 exoner och finns på kromosom 13 vid q34. Följande gener är nära CARKD på kromosomen:

• COL4A2 : A2 Subenhet av typ IV kollagen
• RAB20: Potentiell regulator av Connexin 43 trafficking.
• CARS2: Mitokondriell cystienyl-tRNA-syntetas 2
• ING1 : Tumörsuppressorprotein

Protein

Detta protein är en del av fosfometylpyrimidinkinas : ribokinas / pfkB superfamiljen. Denna familj kännetecknas av närvaron av en domän som delas av familjen. CARKD innehåller en kolhydratkinasdomän ( Pfam PF01256 ). Denna familj är relaterad till Pfam PF02210 och Pfam PF00294 , vilket antyder att det också är ett kolhydratkinas.

Förutspådda egenskaper

Följande egenskaper hos CARKD förutspåddes med hjälp av bioinformatisk analys :

• Molekylvikt: 41,4 KDal
• Isoelektrisk punkt : 9 377
  • CARKD-ortologer har mycket variabla isoelektriska punkter.
• Post-translationell modifiering : Tre post-translationella modifieringar förutsägs:
  • Modifierad fosfotyrosinrest _
  • Två N-länkade glykosyleringsställen
• Ett signalpeptid- och signalpeptidklyvningsställe förutspåddes.

Fungera

Vävnadsfördelning

CARKD verkar vara allmänt uttryckt på höga nivåer. Expressionsdata i det humana proteinet och musortologen indikerar dess uttryck i nästan alla vävnader. Ett märkligt uttrycksmönster för CARKD är dess differentiella uttryck genom utveckling av oligodendrocyter . Dess uttryck är lägre i oligodendrocyt-progenitorceller än i mogna oligodendrocyter.

Bindande partners

Det humana proteinet apolipoprotein A-1 bindande prekursor ( APOA1BP ) förutspåddes vara en bindningspartner för CARKD. Denna förutsägelse är baserad på samtidig förekomst över genom och samuttryck. Utöver dessa data innehåller ortologerna av CARKD i E. coli en domän som liknar APOA1BP. Detta indikerar att de två proteinerna sannolikt har sitt ursprung från en gemensam evolutionär förfader och, enligt Rosetta stenanalysteori, är sannolika interaktionspartners även i arter som människor där de två proteinerna inte produceras som en enda polypeptid.

Klinisk signifikans

Baserat på allelspecifikt uttryck av CARKD kan CARKD spela en roll vid akut lymfatisk leukemi . Dessutom mikroarraydata att CARKD är uppreglerad i Glioblastoma multiforme- tumörer.

externa länkar

• Mänskligt CARKD- genomplacering och CARKD- geninformationssida i UCSC Genome Browser .