C14orf80

TEDC1
Identifiers
	, C14orf80, kromosom 14 öppen läsram 80, tubulin epsilon och deltakomplex 1
Externa ID:n
Genplacering ( Human )
Chr.
Slutet
Genplacering ( Mus )
Chr.
Slutet
RNA uttrycksmönster
	n/a
Ortologer
	Wikidata
Visa/redigera människa	Visa/redigera mus

Okarakteriserat protein C14orf80 är ett protein som hos människor kodas av kromosom 14 öppna läsram 80, C14orf80, genen.

Gen

Plats

C14orf80 är belägen på kromosom 14 (14q32.33) som börjar vid 105 489 855 bp och slutar vid 105 499 248 bp. C14orf80 är 9 393 baspar lång och innehåller 11 exoner som alternativt kan splitsas för att bilda olika mRNA-varianter.

Varianter

Transkription av C14orf80 kan producera 19 mRNA-splitsvarianter. Endast sex av dessa nitton varianter förutsägs inte koda för ett protein. Av de mRNA-varianter som har hittats experimentellt är den längsta 1 719 baspar och producerar ett protein med 426 aminosyror .

Uttryck

C14orf80 har fastställts för att uttryckas i 77 typer av vävnader och 100 utvecklingsstadier . Det har också visat sig ha en högre uttrycksnivå i ett fåtal fall av pankreascancer- och prostatacancerceller jämfört med normal vävnad .

Uttryck av C14orf80 i en mängd olika vävnader

Homologi

Paraloger

Det finns inga paraloger för C14orf80.

Ortologer

Med hjälp av BLAST- programmet från NCBI visade sig ortologerna av C14orf80 variera från primater till ryggradslösa djur . Nedan finns en tabell som innehåller en mängd av dessa ortologer.

Arter	Vanligt namn	Tillträdesnummer	Datum för avvikelse	Sekvenslängd (AA)	Sekvenslikhet
Homo sapiens	Mänsklig	NP_001128347	0 mitt a	426	100 %
Chlorocebus sabaeus	Grön apa	XP_007986247	29 mya	424	94 %
Ictidomys tridecemlineatus	13-fodrad markekorre	XP_005334680	92,3 mya	426	80 %
Bos taurus	Ko	XP_003585026	94,2 mya	419	78 %
Rattus norvegicus	Brun råtta	XP_002726827	92,3 mya	420	76 %
Zonotrichia albicollis	Vitstrupig sparv	XP_005493655	296 mya	454	53 %
Pelodiscus sinensis	Kinesisk softshell sköldpadda	XP_006137260	296 mya	404	51 %
Xenopus tropicalis	Tropisk klogroda	XP_002935771	371,2 mya	437	50 %
Danio rerio	Zebra fisk	XP_706561	400,1 mya	452	41 %
Camponotus floridanus	Florida snickarmyra	XP_011255960	782,7 mya	374	38 %

Evolutionshastighet

Jämfört med den långsamt utvecklande cytokrom C- genen och den snabbt utvecklande fibrinogengenen , är gen C14orf80 också snabbutvecklande.

Visar hur snabbt tre olika gener utvecklats under många miljoner år.

Protein

Generella egenskaper

Okarakteriserat protein C14orf80 är 426 aminosyror långt med en molekylvikt på 47 kDa. Dess isoelektriska punkt är 8,9.

C14orf80 aminosyrasekvens

Sammansättning

Aminosyrasammansättningen av det okarakteriserade proteinet C14orf80.

Sekundär struktur

Okarakteriserat protein C14orf80 förutspås vara helt sammansatt av alfaspiraler . Med hjälp av programmet SOUSI-signal förutspåddes det att okarakteriserat protein C14orf80 inte innehåller en signalpeptid och är ett lösligt protein.

Fungera

Domäner

Okarakteriserat protein C14orf80 har två funktionella domäner . Den första domänen är domänen för okänd funktion 4509 och den andra är domänen för okänd funktion 4510. Som deras namn anger är funktionerna för dessa domäner fortfarande okända.

DUF4509 är belägen vid aminosyra 45 till aminosyra 228. I denna domän med okänd funktion finns det ett konserverat WLL- sekvensmotiv .

DUF4510 är beläget vid aminosyra 263 till aminosyra 425. I denna domän med okänd funktion finns det två konserverade sekvensmotiv: LEA och WMD.

Modifiering efter översättning

Okarakteriserat protein C14orf80 förutspås ha glykerings- och fosforyleringsställen för posttranslationell modifiering . Av dessa ställen är tre för glykering, åtta är för serinfosforylering och ett ställe för treoninfosforylering.

Subcellulär plats

Okarakteriserat protein C14orf80 förutspås inte vara ett transmembranprotein . Det är huvudsakligen lokaliserat till golgi-apparaten men har också hittats i kärnan och cytoplasman .

Interaktioner

För närvarande finns det 21 proteiner som förutspås interagera med okarakteriserat protein C14orf80. Dessa 21 proteiner hittades med hjälp av databaserna Mentha, BioGRID , STRING , GeneCards och IntAct. Nedan finns en tabell över en mängd av dessa 21 proteiner.

Interagerande protein	Fullständigt proteinnamn	Fungera	Citat
DDIT3	DNA-skada inducerbart transkript 3	Inducerar cellcykelstopp och apoptos vid ER-stress
CEBPZ	CCAAT-förstärkarbindande protein	Stimulerar transkription från HSP70-promotor
UBC	Ubiquitin C	Udeshi ND, Mani DR, Eisenhaure T, Mertins P, Jaffe JD, Clauser KR, Hacohen N, Carr SA (maj 2012). "Metoder för kvantifiering av in vivo förändringar i protein ubiquitination efter proteasom och deubiquitinash inhibering" . Molekylär och cellulär proteomik . 11 (5): 148–59. doi : 10.1074/mcp.M111.016857 . PMC 3418844 . PMID 22505724 .
FKBP5	FK506 bindande protein	Immunofilinprotein med PPIas	Taipale M, Tucker G, Peng J, Krykbaeva I, Lin ZY, Larsen B, Choi H, Berger B, Gingras AC, Lindquist S (juli 2014). "Ett kvantitativt nätverk för chaperoninteraktion avslöjar arkitekturen för cellulära proteinhomeostasvägar" . Cell . 158 (2): 434–448. doi : 10.1016/j.cell.2014.05.039 . PMC 4104544 . PMID 25036637 .
DEF107A	Beta-defensin 107	Antibakteriell aktivitet
XAGE1D	Cancer/testis antigen familj 12 medlem 1D
TRAK2	Trafficking av proteinkinesinbindning 2	Kan reglera endosom- till lysosomhandel av membranlast
NRF1	Nukleär andningsfaktor 1	Transkriptionsfaktor på nukleära gener som kodar för respiratoriska subenheter och komponenter i mitokondriella transkriptions- och replikationsmaskineriet

Klinisk signifikans

Okarakteriserat protein C14orf80 har associerats med tumörer i bröst , CNS , endometrium , tjocktarm , lunga , hud och mage .