Den biträdande ministern för Makedonien och Thrakien ( grekiska : Υφυπουργός Μακεδονίας και Θράκης ) är den regeringsminister som ansvarar för Greklands underministerium för Makedonien och inrikesministeriet i Makedonien .
Avdelningen har sitt ursprung i det gamla ministeriet för norra Grekland , som döptes om till ministeriet för Makedonien och Thrakien den 19 augusti 1988.
Departementet avskaffades den 7 oktober 2009 och nedgraderades till ett generalsekretariat inom inrikesdepartementet, men återupprättades den 21 juni 2012. Den 27 januari 2015 degraderades det åter till ett underdepartement inom departementet Interiör.