BioMOBY
BioMOBY är ett register över webbtjänster som används inom bioinformatik . Det möjliggör interoperabilitet mellan biologiska datavärdar och analytiska tjänster genom att kommentera tjänster med termer hämtade från standardontologier. BioMOBY släpps under den konstnärliga licensen .
BioMOBY-projektet
BioMoby - projektet började vid Model Organism Bring Your Own Database Interface Conference (MOBY-DIC), som hölls i Emma Lake , Saskatchewan den 21 september 2001. Det härrörde från ett samtal mellan Mark D Wilkinson och Suzanna Lewis under en [1] gen Ontologiutvecklare träffades på Carnegie Institute, Stanford , där funktionerna i Genquire- och Apollo-genomannoteringsverktygen diskuterades och jämfördes. Avsaknaden av en enkel standard som skulle tillåta dessa verktyg att interagera med den myriad av datakällor som krävs för att korrekt kommentera ett genom var ett kritiskt behov för båda systemen.
Finansiering för BioMOBY-projektet antogs därefter av Genome Prairie [2] (2002-2005), Genome Alberta [3] (2005-datum), delvis genom Genome Canada [4] , en ideell institution som leder kanadensaren X-omic initiativ.
Det finns två huvudgrenar av BioMOBY-projektet. Den ena är en webbtjänstbaserad metod, medan den andra använder sig av semantisk webbteknologi. Den här artikeln hänvisar endast till webbtjänstspecifikationerna. Den andra grenen av projektet, Semantic Moby, beskrivs i en separat post.
Moby
Moby-projektet definierar tre ontologier som beskriver biologiska datatyper , biologiska dataformat och bioinformatikanalystyper . De flesta av de interoperabla beteenden som ses i Moby uppnås genom ontologierna Object (dataformat) och Namespace (datatyp).
MOBY Namespace Ontology kommer från listan över korsreferensförkortningar i Gene Ontology- projektet. Det är helt enkelt en lista med förkortningar för de olika typerna av identifierare som används inom bioinformatik. Till exempel har Genbank "gi"-identifierare som används för att räkna upp alla deras sekvensposter - detta definieras som "NCBI_gi" i Namespace Ontology.
MOBY Object Ontology är en ontologi som består av IS-A, HAS-A och HAS relationer mellan dataformat. Till exempel, en DNASequence IS-A GenericSequence och HAS-A String som representerar sekvensens text. All data i Moby måste representeras som någon typ av MOBY-objekt. En XML-serialisering av denna ontologi definieras i Moby API så att varje given ontologinod har en förutsägbar XML-struktur.
Mellan dessa två ontologier kan således en tjänsteleverantör och/eller ett klientprogram ta emot en bit av Moby XML och omedelbart känna till både dess struktur och dess "avsikt" (semantik).
Den sista kärnkomponenten i Moby är MOBY Central webbtjänstregistret. MOBY Central är medveten om objekt-, namnrymd- och tjänstontologierna och kan därför matcha konsumenter som har Moby-data i handen med tjänsteleverantörer som påstår sig konsumera den datatypen (eller någon kompatibel ontologisk datatyp) eller utföra en speciell operation på den. Denna " semantiska matchning " hjälper till att säkerställa att endast relevanta tjänsteleverantörer identifieras i en registerförfrågan, och säkerställer dessutom att den befintliga informationen ordagrant kan överföras till den tjänsteleverantören . Som sådan kan interaktionen mellan en konsument och en tjänsteleverantör vara delvis eller helt automatiserad, vilket visas i Gbrowse Moby respektive Ahab- klienter.
BioMOBY och RDF/OWL
BioMOBY använder inte, för sin kärnverksamhet, RDF- eller OWL -standarderna från W3C . Detta beror delvis på att ingen av dessa standarder var stabila 2001, när projektet startade, och delvis på att biblioteksstödet för dessa standarder inte var "vara" på något av de vanligaste språken (dvs Perl och Java) vid den tiden .
Ändå uppvisar BioMOBY-systemet vad som bara kan beskrivas som Semantic Web- liknande beteenden. BioMOBY Object Ontology styr de giltiga datastrukturerna på exakt samma sätt som en OWL- ontologi definierar en RDF- datainstans. BioMOBY Web Services konsumerar och genererar BioMOBY XML , vars struktur definieras av BioMOBY Object Ontology . Som sådan har BioMOBY Web Services agerat som prototypiska Semantic Web Services sedan 2001, trots att de inte använder de eventuella RDF/OWL-standarderna.
BioMOBY använder dock RDF/OWL-standarderna, från och med 2006, för beskrivningen av dess objekt , namnområden , tjänster och register . Dessa ontologier används i allt högre grad för att styra beteendet hos alla BioMOBY-funktioner med hjälp av DL-resonemang.
BioMOBY kunder
Det finns flera klientapplikationer som kan söka och bläddra i BioMOBYs register över tjänster. En av de mest populära är Taverna-arbetsbänken byggd som en del av MyGrid -projektet. Den första BioMOBY-klienten var Gbrowse Moby , skriven 2001 för att ge tillgång till prototypversionen av BioMoby Services. Gbrowse Moby [5] , förutom att vara en BioMoby-webbläsare, fungerar nu tillsammans med Taverna-arbetsbänken för att skapa SCUFL-arbetsflöden som återspeglar Gbrowse Moby-sessionen som sedan kan köras i en miljö med hög genomströmning. Seahawk [6] -appleten ger också möjligheten att exportera en sessionshistorik som ett Taverna-arbetsflöde, i vad som utgör en programmeringsfunktionalitet .
Ahab - klienten är ett helt automatiserat datautvinningsverktyg. Med en utgångspunkt kommer den att upptäcka och utföra alla möjliga BioMOBY-tjänster och tillhandahålla resultaten i ett klickbart gränssnitt.
Se även
- Open Bioinformatics Foundation
- SADI det Semantiska Automated Discovery and Integration Framework