Aviär HBV RNA-inkapslingssignal epsilon
| AHBV_epsilon cis-regulatoriskt RNA-element | |
|---|---|
 Förutspådd sekundär struktur och sekvenskonservering av AHBV_epsilon-
| |
| identifierare | |
| Symbol | AHBV_epsilon |
| Rfam | RF01313 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg |
| Domän(er) | Virus |
| GÅ | GO:0019079 |
| SÅ | SO:0005836 |
| PDB- strukturer | PDBe |
Avian HBV RNA-inkapslingssignal epsilon (AHBV epsilon) är en RNA-struktur som har visat sig underlätta inkapsling av det pregenomiska RNA som krävs för viral replikation . Det finns två huvudklasser av inkapslingssignaler i fågelhepatit B-virus - Duck hepatit B-virus (DHBV) och Heron hepatit B-virus (HHBV) liknande. DHBV används som en modell för att förstå humant hepatit B-virus . Även om studier har visat att HHBV-epsilon har mindre parning i den övre stammen än DHBV, är denna parning inte absolut nödvändig för DHBV-infektion hos ankor.
DHBV epsilon består av en stamstruktur, en utbuktning och en apikal ögla (Fig. 1). RNA-strukturen bestämdes genom kemisk sondering, NMR-analys och genom mutagenes .
HHBV epsilon består också av en stamstruktur, en utbuktning och en apikal ögla (fig. 2). RNA-strukturen har bestämts genom kemisk undersökning och genom mutagenes. Den har dock mindre basparning i den övre stammen än DHBV epsilon.
Nyligen genomförd NMR-analys av både HHBV- och DHBV-epsilon har visat att den apikala slingan täcks av en stabil välstrukturerad UGUU- tetraloop .
I Rfam- databasen skiljer en enda samvariationsmodell (AHBV_epsilon box höger) bäst mellan de sanna förekomsterna av elementet i sekvensdatabaser och bakgrund. Det sekundära strukturdiagrammet är en datorgenererad vy av strukturen med mycket konserverade baser som visas i rött. Den inkluderar de viktigaste delarna som visas i figurerna 1 och 2. [ citat behövs ]