Autophagy databas

Autophagy Databaser
Innehåll
Beskrivning Databaser för att kategorisera autofagi-relaterade gener och proteiner
Kontakt
Forskningscenter Centrum för informationsbiologi; DNA Data Bank of Japan, Luxembourg Institute of Health
Primärt citat Homma et al., Luxembourg Institute of Health
Utgivningsdatum 2010
Tillgång
Hemsida www .tanpaku .org /autophagy /
Verktyg
webb autophagy .lu /index .html

Autofagidatabas (er) syftar till att tillhandahålla en omfattande lista över autofagirelaterade gener och proteiner, oavsett om de identifieras som ortologer eller homologer av andra, potentiellt relaterade, proteiner. Många typer av information, inklusive sekvenser, funktioner och 3D-strukturer, kan lagras, vilket gör dem tillgängliga i ett sökbart format. Information tillgänglig i en enda källa, i ett sökbart format, skulle förenkla arbetet för framtida forskare. Dessa källor skulle sedan hjälpa till att uppnå detta mål genom att tillhandahålla nyligen publicerade referenser om autofagi tillsammans med kategorier som användarbetyg, en lista med informativa recensioner och resultat av en originalanalys. Eftersom autofagi kan spela en roll i en mängd mänskliga sjukdomar, såsom de i hjärtat, levern och njurarna, är det viktigt att ytterligare förstå dess mekanismer. Att förenkla forskningsprocessen med någon databas skulle då ge en vetenskaplig välsignelse.

Autofagi

Autofagi, den process genom vilken celler bryter ned sina egna komponenter, utförs genom att komponenter förpackas med en lysosom. Nedbrutna komponenter kan sedan användas i andra cellulära processer.

[För en fullständig bakgrund, se Autophagy ].

Autofagi är den process genom vilken cellerna i en organism förstör icke-funktionella eller onödiga självkomponenter. Specifikt autofagi en katabolisk process som involverar nedbrytning av en cells egna komponenter genom det lysosomala maskineriet. Autofagi är också avgörande för fall av svält och avlägsnande av potentiellt farliga cellulära material, vilket indikerar dess nödvändighet för att upprätthålla liv. Som ses i den associerade figuren Autophagy , bryts cellulära produkter ned av destruktiva cellulära komponenter, såsom lysosomer, för att producera nya material för cellen att använda. Forskning om autofagi och dess relaterade processer har exploderat under de senaste åren, men många av dessa processer är inte helt klarlagda och homologer har inte hittats i olika arter för många av dessa proteiner. Dess molekylära mekanismer har inte helt klarlagts, trots dramatiska framsteg inom området, vilket framgår av hundratals autofagirelaterade gener och proteiner som rapporterats. Som sådan fanns det ett påvisat behov av en databas för att karakterisera humana autofagiproteiner och komponenter och/eller deras homologer, såväl som ortologer i andra arter.

Autophagy databas

Autophagy-databasen är en produkt från National Institute of Genetics (NIG) NIG grundades i juni 1949 av ministeriet för utbildning, vetenskap, sport och kultur, med Prof. Kan Oguma som valdes till den första direktören. Med tiden har många avdelningar tillkommit för olika applikationer såsom genetik , genomik , DNA- forskning och, framför allt för våra ändamål, DNA-databanken. NIG är en avdelning av den japanska forskningsorganisationen för information och system, och är för närvarande under överinseende av dess nionde direktör. NIG syftar till att bedriva forskning på toppnivå i strävan efter effektivisering av information, samt spridning av information från forskning till samhällelig tillämpning. Ett verktyg som skapats av denna organisation för detta ändamål är Autophagy-databasen .

Autophagy -databasen är en databas över proteiner som är involverade i autophagy . Autophagy -databasen har för avsikt att samla all relevant information, organisera den och göra den allmänt tillgänglig så att dess användare enkelt kan få aktuell kunskap. Specifikt erbjuder Autophagy-databasen ett "gratis-för-alla"-verktyg för dem med intressen, forskning och annat inom autofagi. För att bättre uppnå detta mål uppmanar den tillgängliga Autophagy-databasen från NIG att användare av databasen ska sprida och dela information, så att autophagy-relaterad data kan vara tillgänglig gratis för alla som behöver den. För en intresserad forskargemenskap är denna modell för forskningsspridning lovande. Från och med april 2018 ; För 4 år sedan ( 2018-04 ) fanns det 582 granskade proteiner tillgängliga i denna databas. Inklusive autofagiska proteiner tillgängliga i HomoloGene , NCBI , finns det över 52 000 totala proteiner. Autophagy-databasen erbjuder jämförelser av homologa proteiner mellan 41 olika arter för att söka efter nya och gamla autofagirelaterade proteiner, så att aktuell autofagiforskning kan effektiviseras. Databasen gjordes allmänt tillgänglig i mars 2010 och innehåller för närvarande 7 444 gener/proteiner i 82 eukaryoter.

Databas för mänsklig autofagi

Human autophagy databas är en produkt från Luxembourg Institute of Health (LIH). LIH har flera filialer i hela Luxemburg tillgängliga för bioövervakning , infektion och immunitet , hälsoadministration , onkologi , idrottsmedicin och biobank . Var och en av dessa avdelningar syftar till att stödja LIHs uppdragsbeskrivning, som är "att generera och översätta forskningskunskap till kliniska tillämpningar med inverkan på framtida utmaningar inom hälsovård och personlig medicin." Den erbjöd verktyg. Laboratory of Experimental Cancer Research av LIH hjälpte till att etablera ett av dessa verktyg, det verktyget är databasen känd som Human autophagy database .

Human autophagy databas (HADb) är en annan tillgänglig autophagy resurs. Till skillnad från Autophagy-databasen jämför Human autophagy-databasen endast de proteiner som finns hos människor . HADb är den första autofagidatabasen för endast människa, där forskare kan hitta en uppdaterad lista över direkt och indirekt relaterade autofagiska proteiner, eftersom ingen konsekvent databas tidigare var tillgänglig för att kompensera för en enorm expansion inom autofagiforskning. HADb tillhandahåller inte bara information om genen av intresse, utan syftar också till att utvecklas till en databas som kan användas för att analysera genen av intresse. För detta ändamål gjordes HADb så komplett som möjligt när det gäller autofagirelaterade proteiner, även om nyupptäckta proteiner och gener kan skickas in av olika användare till inlämningssektionen . Informationen från Human autophagy-databasen kan användas vidare i bioinformatikapplikationer.

Används inom bioinformatik

Med tanke på att dessa databaser är ett stort lager av biologisk information, kan dessa användas i bioinformatikapplikationer för att förenkla informationsinsamling och analys. Bioinformatik försöker para ihop biologiska upptäckter med big data, för att hjälpa till med förbättrade vetenskapliga upptäckter. Varje databas kan användas för att studera ett autofagiskt protein eller gen av intresse, där dessa databaser underhålls av användarbidrag. Information för varje gen kan användas för att komma åt Entrez , Ensembl och PubMed . FASTA- sekvensen är också tillgänglig för sekvensanalys med användning av platser som BLAST . Specifika användningsområden för Autophagy-databasen och Human autophagy-databasen visas nedan.

Autophagy-databasen har flera tillgängliga funktioner för att söka efter autophagy-relaterade proteiner i olika arter.

Alternativ för ADb

En användare kan komma åt Autophagy-databasen på http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html . Bilden som ges, "Alternativ för ADb", visar de olika alternativen som finns tillgängliga för denna databas. Alla omarkerade flikar erbjuder ytterligare information och kontaktinformation som inte är relaterad till gensökning. En användare kan referera till:

En användning för autofagi databas-Protein lista
  • proteinlistan , markerad gul, där användaren kan välja en organism och söka efter synonymer , gen-ID och proteinaccess , bland andra funktioner. Dessa funktioner erbjuder användaren flera alternativ för hur man söker efter information om gener av intresse. De tillgängliga alternativen på Autophagy-databasen för Proteinlista kan ses i exemplet till höger Proteinlista till höger. Genom att välja olika alternativ, till exempel synonymer , kan användaren söka med specifika frågor.
  • matchningar av autofagi-relaterade proteiner bland homologer och ortologer under fliken Homologer , markerad i grönt. Detta kan användas enligt bilden till höger, Homologer , där ortologer och homologer kan jämföras mellan olika organismer och taxa genom att välja önskade rutor.
  • söka efter specifika gener. Detta kan åstadkommas med hjälp av nyckelordssökning , markerat i blått, och kan också användas för att matcha en känd gen av intresse med en viss art. Detta hjälper till att fastställa potentiella ortologer.
En användning för autofagidatabas-Homologer
  • homologer och ortologer till en gen av intresse. Homologisökning , markerad i orange, kan användas för att söka i en FASTA eller oformaterad textsekvens av en känd gen. Detta kan hjälpa till att hitta kopplade autofagi-relaterade proteiner eller att hitta homologer eller ortologer. Homologer och ortologer kan jämföras av användaren inom eller bland arter, givet olika arter och taxaalternativ som ses i den tillhörande figuren.
  • analysera kopplingar mellan en gen och autofaggener som finns tillgängliga i databasen. Originalanalyser , markerade i grått, kan användas för att hitta potentiella autofagirelaterade genmatchningar till en känd gen. För att på bästa sätt använda dessa funktioner bör användaren gå till fliken "Ladda ner" för att ladda ner alla genfiler, så att funktionen i Autophagy-databasen kan utnyttjas fullt ut.

Human autophagy databas har tillgängliga funktioner för Sök efter gen och Clustering .

Leta efter genen: HADb.

När du går till http://autophagy.lu/index.html kan du komma åt dessa alternativ. Intresserade parter kan också skicka in nya humana autofagiproteiner till databasen. En användare kan använda databasen enligt följande alternativ:

  • En användare kan söka efter en gen efter namn i kategorin Sök efter gen . En gen kan sökas för att använda dess gensymbol, Ensembl -accessionsnummer, kromosomplacering eller ett relevant nyckelord. Enkla instruktioner för hur man kommer åt en gen av intresse med denna metod ges i figuren för "Sök efter gen: HADb". Kortfattat skulle användaren komma åt webbplatsen, välja den markerade fliken och söka efter sin gen av intresse med hjälp av de tillgängliga flikarna i den associerade bilden. Närmare bestämt skulle användaren välja vilket alternativ de vill använda i den associerade tabellen och sedan fylla i informationen för önskad flik, oavsett om det är Symbol eller Synonym , Kromosom , Accessionsnummer eller Nyckelord . När fliken är vald kan information matas in och sökas för att fastställa eventuella länkade autofagirelaterade proteiner.
Klustring: HADb.
  • Användaren kan också hänvisa till Clustering där gener kan ses i alfabetisk ordning. En förenklad karta över hur man gör denna sökning visas i bilden "Klustring: HADb". Användaren skulle först hänvisa till http://autophagy.lu/index.html , varefter de skulle välja den markerade fliken i "Klustring"-bilden för att komma åt sin gen av intresse. Användaren kan sedan välja sin gen av intresse alfabetiskt för att samla in ytterligare information. Även om denna databas endast innehåller gener för mänskliga autofagi, behöver användaren inte ladda ner en databas för användning och kan hitta gener och proteiner som är involverade i den komplexa processen med autofagi.

Databasernas begränsningar

Varje databas erbjuder sina egna styrkor och svagheter.

  • Autophagy-databas : Konceptuellt erbjuder Autophagy-databasen möjligheten att enkelt få tillgång till information om autofagi-relaterade proteiner i en mängd olika arter. Det finns dock vissa problem med att använda denna databas. Användaren kan prova sortimentet av tillgängliga flikalternativ Alternativ för ADb , även om dessa alternativ inte kan användas utan att ladda ner innehåll från Autophagy-databasen . Även om användaren kan komma åt nedladdningsfliken (se "Alternativ för ADb" i vitt), erbjuder denna endast textutmatning när du använder USA-baserad wifi-tjänst. Som sådan kan användaren inte komma åt de olika alternativen som nämns ovan i ett GUI- format, utan måste snarare söka efter textutdata. Användaren kan ladda ner Autophagy-databasen , men dessa filer kan vara svåra att komma åt med Apple OS. Detta komplicerar användarvänligheten för den USA-baserade användaren, vilket minskar Autophagy-databasens användbarhet. Detta är en potentiell komplikation av en internationellt tillgänglig databas, vilket komplicerar dess användarvänlighet.
  • Human autophagy databas : Även om den också är en internationellt tillgänglig databas, är användarvänligheten för Human autophagy databas avsevärt förbättrad. Alla tillgängliga alternativ, även om de är begränsade, kan nås med en USA-baserad wifi-tjänst. Human autophagy-databasen är begränsad i utbudet av tillgängliga alternativ för datainsamling och analys, eftersom det finns färre tillgängliga alternativ än de som erbjuds av Autophagy-databasen . Databasen lagrar också endast mänskliga autofagi-relaterade gener och proteiner, medan Autophagy-databasen har information om autofagi-relaterade gener och proteiner tillgänglig för en mängd olika arter.

Fördelar med databaserna

Även om varje databas har sina egna styrkor och svagheter, hjälper de var och en att fylla en lucka. Ytterligare tillägg kan hjälpa till att förbättra dessa databaser i framtiden. Även om det kan finnas databaser tillgängliga som verkar mer kompletta för allmänna gen- eller proteinsökningar, som NCBI , HADb och Autophagy-databasen erbjuder den mest kompletta informationen om autofagi-relaterade gener och proteiner. Det grafiska gränssnittet är inte helt förfinat för var och en och kan vara svårare att komma åt, men var och en av dessa databaser behåller fokus på autofagi , medan NCBI inte använder samma fokuserade tillvägagångssätt för autofagi. Som sådan kan HADb och Autophagy databas erbjuda en intressant väg för utforskning av autophagy-relaterade gener och proteiner.

Se även

  1. ^ a b c d e f g    Homma, Keiichi; Suzuki Koji; Sugawara Hideaki (januari 2011). "The Autophagy Database: en allomfattande informationsresurs om autofagi som ger näring till forskning" . Nucleic Acids Res . England. 39 (Databasproblem): D986-90. doi : 10.1093/nar/gkq995 . PMC 3013813 . PMID 20972215 .
  2. ^ a b c d e f g Luxembourg Institute of Health. (nd). HADb: Databas för mänsklig autofagi. Hämtad 13 april 2018 från http://autophagy.lu/index.html
  3. ^ a b c d e f Homma, K., Suzuki, K., & Sugawara, H. (nd). Autophagy databas. Hämtad 13 april 2018 från http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html
  4. ^ a b c d e National Institute of Genetics. (2018). National Institute of Genetics. Hämtad 23 april 2018 från https://www.nig.ac.jp/nig/
  5. ^ a b c Luxembourg Institute of Health. (2015). Luxembourg Institute of Health. Hämtad 23 april 2018 från https://www.lih.lu/

externa länkar

Hämtad från " https://sv.wikipedia.org/w/index.php?title=Autophagy_database&oldid=1122473456 "