Aktivitetsbaserad proteomik

Fluorofosfonat- rhodamin (FP-Rhodamine) aktivitetsbaserad sond för profilering av serinhydrolas -superfamiljen. I denna sond är fluorofosfonatet den reaktiva gruppen (RG) eftersom det binder irreversibelt till serin- nukleofilen på det aktiva stället av serinhydrolaser och taggen är rhodamin , en fluorofor för ingelvisualisering .

Aktivitetsbaserad proteomik , eller aktivitetsbaserad proteinprofilering ( ABPP ) är en funktionell proteomisk teknologi som använder kemiska sonder som reagerar med mekanistiskt relaterade klasser av enzymer.

Beskrivning

Den grundläggande enheten för ABPP är sonden, som vanligtvis består av två element: en reaktiv grupp (RG, ibland kallad "stridsspets") och en tagg. Dessutom kan vissa prober innehålla en bindande grupp som ökar selektiviteten. Den reaktiva gruppen innehåller vanligtvis en specialdesignad elektrofil som blir kovalent kopplad till en nukleofil rest i det aktiva stället för ett aktivt enzym . Ett enzym som är hämmat eller post-translationellt modifierat kommer inte att reagera med en aktivitetsbaserad sond. Taggen kan vara antingen en reporter såsom en fluorofor eller en affinitetsmärkning såsom biotin eller en alkyn eller azid för användning med Huisgen 1,3-dipolär cykloaddition (även känd som klickkemi ).

Fördelar

En stor fördel med ABPP är förmågan att övervaka tillgängligheten av det enzymaktiva stället direkt, snarare än att begränsas till protein- eller mRNA-överflöd. Med klasser av enzymer såsom serinhydrolaser och metalloproteaser som ofta interagerar med endogena inhibitorer eller som existerar som inaktiva zymogener , erbjuder denna teknik en värdefull fördel jämfört med traditionella tekniker som förlitar sig på överflöd snarare än aktivitet.

Multidimensionell proteinidentifieringsteknologi

Ingel ABPP med prober med olika fluoroforer i samma bana för att samtidigt profilera skillnader i enzymaktiviteter

Under de senaste åren har ABPP kombinerats med tandemmasspektrometri som möjliggör identifiering av hundratals aktiva enzymer från ett enda prov. Denna teknik, känd som ABPP-MudPIT (multidimensional protein identification technology) är särskilt användbar för att profilera hämmarselektivitet eftersom styrkan hos en hämmare kan testas mot hundratals mål samtidigt.

ABPP rapporterades första gången på 1990-talet i studien av proteaser.

Se även

• Masspektrometri
• Proteomics
• Besläktade hämmare MAFP och DIFP
• Kemoproteomik