De sju Bezirke i Bayern spelar var sin cuptävling som i sin tur fungerade som ett kval till den tyska cupen (DFB-Pokal). Sedan 1998 går dessa sju cupvinnare plus den förlorande finalisten i regionen som vann det tidigare evenemanget till den nyligen introducerade Bavarian Cup, Toto-Pokal. De två finalisterna i denna tävling går vidare till den tyska cupen. Bayerns klubbar som spelar i första och andra Bundesliga får inte delta i evenemanget. De sju regionala cupvinnarna plus finalisten från förra säsongens vinnarregion är kvalificerade till den första omgången.
Deltagande klubbar
Följande åtta klubbar kvalificerade sig till 2006 års Bavarian Cup:
SpVgg Ansbach, tvåan i Mittelfranken Cup är åttalaget som kvalificerat sig till den bayerska cupen på grund av att SV Seligenporten från Mittelfranken vunnit cupen under föregående säsong.
Första omgången
Datum
Hem
Bort
Resultat
21 maj 2008
ASV Neumarkt
Alemannia Haibach
2–1
22 maj 2008
SpVgg Selbitz
SpVgg Ansbach
3–3 / 4–7 efter penna.
21 maj 2008
1. FC Sonthofen
SpVgg Landshut
0–2
20 maj 2008
1. FC Schwandorf
SpVgg Unterhaching
0–8
Semifinaler
Datum
Hem
Bort
Resultat
28 maj 2008
SpVgg Landshut
SpVgg Ansbach
2–2 / 5–7 efter penna.
28 maj 2008
ASV Neumarkt
SpVgg Unterhaching
0–4
Slutlig
Datum
Hem
Bort
Resultat
Närvaro
18 juli 2008
SpVgg Ansbach
SpVgg Unterhaching
1–1 / 5–6 efter penna.
800
2008–09 DFB-Pokal
De två klubbarna, SpVgg Unterhaching och SpVgg Ansbach, som kvalificerade sig genom den bayerska cupen till DFB-cupen 2008-09 slogs båda ut i den första omgången av den nationella cuptävlingen: