De sju Bezirke i Bayern spelar var sin cuptävling som i sin tur fungerade som ett kval till den tyska cupen (DFB-Pokal). Sedan 1998 går dessa sju cupvinnare plus den förlorande finalisten i regionen som vann det tidigare evenemanget till den nyligen introducerade Bavarian Cup , Toto-Pokal. De två finalisterna i denna tävling går vidare till den tyska cupen. Bayerns klubbar som spelar i första eller andra Bundesliga får inte delta i evenemanget, deras reservlag kan dock. De sju regionala cupvinnarna plus finalisten från förra säsongens vinnarregion är kvalificerade till den första omgången.
Deltagande klubbar
Följande åtta klubbar kvalificerade sig till Bavarian Cup 2006:
SpVgg Weiden, tvåan i Oberpfalz Cup är åttalaget som kvalificerat sig till den bayerska cupen på grund av att Jahn Regensburg från Oberpfalz har vunnit cupen under föregående säsong.
Första omgången
Datum
Hem
Bort
Resultat
24 maj 2006
1. FC Schweinfurt 05
Jahn Regensburg
0-4
24 maj 2006
TSG Thannhausen
SpVgg Weiden
1-1 / 4-3 efter penna.
24 maj 2006
SpVgg Landshut
FC Ingolstadt 04
2-3
24 maj 2006
1. FC Nürnberg II
SpVgg Bayreuth
2-4
Semifinaler
Datum
Hem
Bort
Resultat
6 juni 2006
TSG Thannhausen
FC Ingolstadt 04
1-1 / 6-5 efter penna.
31 maj 2006
SpVgg Bayreuth
Jahn Regensburg
2-0
Slutlig
Datum
Hem
Bort
Resultat
Närvaro
19 juli 2006
TSG Thannhausen
SpVgg Bayreuth
2-1
600
DFB Cup 2006-07
De två klubbarna, TSG Thannhausen och SpVgg Bayreuth, som kvalificerade sig genom Bavarian Cup till DFB Cup 2006-07 slogs båda ut i den första omgången av den nationella cuptävlingen:
Germany
Bayern