Bavarian Cup 2000 var den tredje upplagan av tävlingen som startade 1998. Den slutade med att FC Ismaning vann tävlingen. Tillsammans med finalisten TSV Rain am Lech kvalificerade sig båda klubbarna till DFB Cup 2000-01 .
De sju Bezirke i Bayern spelar var sin cuptävling, som i sin tur fungerade som ett kval till den tyska cupen (DFB-Pokal). Sedan 1998 går dessa sju cupvinnare plus den förlorande finalisten i regionen som vann det föregående evenemanget till den nyligen introducerade Bavarian Cup , Toto-Pokal. De två finalisterna i denna tävling går vidare till den tyska cupen. Bayerns klubbar som spelar i första eller andra Bundesliga får inte delta i evenemanget; deras reservlag kan dock. De sju regionala cupvinnarna var kvalificerade till den första omgången. Det var den sista upplagan med endast sju klubbor. Säsongen efter utökades tävlingen till åtta lag.
Deltagande klubbar
Följande sju klubbar kvalificerade sig till Bavarian Cup 2000:
De två klubbarna, TSV Rain am Lech och FC Ismaning, som kvalificerade sig genom Bavarian Cup till DFB Cup 2000-01 , slogs båda ut i den första omgången av den nationella cuptävlingen: