Det helt oberoende förbundet bildades 20 december 1919 och uppslukade det autonoma polska fotbollsförbundet (PFU) som var en del av det sönderfallna österrikiska fotbollsförbundet. PFU bildades den 25 juni 1911 i Lwów , Österrike-Ungern . Mellan 1911 och 1919 spelade Polens landslag tre matcher på Czarni Lwóws stadion. Laget bestod huvudsakligen av spelare från staden Lwów.
När Wehrmacht invaderade Polen i september 1939 upplöstes alla polska institutioner och föreningar, inklusive PZPN. Den tyska ockupationsmakten förbjöd polacker att anordna fotbollsmatcher.
I september 2008 stängdes ledarskapet för PZPN av av den polska olympiska kommittén för att "[bröt mot] dess stadgar på ett kontinuerligt och flagrant sätt." Ett år tidigare gjorde det polska sportministeriet också ett försök att ta itu med korruptionen inom PZPN, men hotades med avstängning av FIFA , som förbjuder alla former av statligt ingripande. Den 30 oktober 2008 Grzegorz Lato president för PZPN. Den 26 oktober 2012 valdes Zbigniew Boniek till president efter att ha vunnit 61 röster från 118 delegater.
