Viperin
 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RSAD2- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , 2510004L01Rik, cig33, cig5, vig1, radikal S-adenosylmetionin-domän innehållande 2, Viperin Protein, Viperin | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Externa IDs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radikal S-adenosylmetionindomäninnehållande protein 2 är ett protein som hos människor kodas av RSAD2- genen . RSAD2 är ett multifunktionellt protein i virala processer som är en interferonstimulerad gen. Det har rapporterats att viperin kan induceras av antingen IFN-beroende eller IFN-oberoende vägar och vissa virus kan använda viperin för att öka sin infektivitet.
Proteinet kallades tidigare V irus i inhibitoriskt p rotein, e ndoplasmatiskt r etikulum-associerat, i nterferon-inducerbart ( Viperin ). Namnet viperin har rättats till på grund av olämplig användning av det för att beskriva prokaryota enzymer som producerar nukleotidanaloger. Enzymerna över alla livets domäner döps om till SAM-beroende nukleotiddehydratas (SAND) med hjälp av NC-IUBMB-rekommendationer.
Fungera
Viperin är en interferonstimulerad gen vars uttryck hämmar många DNA- och RNA-virus inklusive CHIKV , HCMV , HCV , DENV , WNV , SINV , influensa och HIV . Ursprungligen identifierades som ett IFN-y- inducerat antiviralt protein i humant cytomegalovirus (HCMV)-infekterade makrofager , rapporterades det att viperin kunde induceras av HCMV- glykoprotein B i fibroblaster , men hämmar HCMV-virusinfektion och nedreglerar virala strukturella proteiner. Anledningen till varför virusprotein skulle inducera viperin mot sig självt är fortfarande inte klart; emellertid kan den virusinducerade omfördelningen av viperin återspegla mekanismen för virus som undviker dess antivirala aktiviteter. Viperin kan också induceras och interagera med HCMV-virusproteiner och flyttas till mitokondrier i HCMV-virusinfekterade celler för att förbättra viral smittsamhet genom att störa cellulär metabolism.
Viperin är ett radikalt SAM-enzym som kan producera kedjeterminatorn ddhCTP (3'-deoxi-3',4'didehydro-CTP), som hämmar det virala RNA-beroende RNA-polymeraset (RdRp). Denna aktivitet verkar avskaffa metabolismen av aminosyror och mitokondriell andning.
Vid hämning av influensavirusets knoppning och frisättning föreslås viperin störa lipidflotterna på cellens plasmamembran genom att binda till och minska enzymaktiviteterna hos farnesyldifosfatsyntas (FPPS), ett viktigt enzym i isoprenoid biosyntesväg. Viperin föreslogs hämma den virala replikationen av HCV via dess interaktion med värdproteinet hVAP-33 och NS5A och störa bildningen av replikationskomplexet.
Strukturera
Humant viperin är en enda polypeptid med 361 aminosyror med en förutspådd molekylvikt på 42 kDa. De N-terminala 42 aminosyrorna i viperin bildar amfipatisk alfa-helix , som är relativt mindre konserverad i olika arter och har en mindre effekt på den antivirala aktiviteten av viperin. Den N-terminala domänen av viperin krävs för dess lokalisering till ER och lipiddropparna. Aminosyrorna 77-209 i viperin utgör den radikala S-adenosylmetionin (SAM) domänen, som innehåller fyra konserverade motiv. Motiv 1 har tre konserverade cysteinrester , CxxCxxC, som är det Fe-S- bindande motivet och också väsentligt för antiviral aktivitet. De C-terminala 218-361 aminosyrorna i viperin är mycket konserverade i olika arter och väsentliga för viperindimerisering. Den C-terminala svansen verkar vara kritisk för de antivirala aktiviteterna mot HCV eftersom en C-terminal flagga märkt av viperin förlorade sin antivirala aktivitet.
När viperin binds till SAM och Cytidintrifosfat (CTP) eller uridintrifosfat (UTP) används som substrat, uppnås olika kinetiska parametrar. Det Km -värde. förutsägs att CTP-substratet binder mycket tätare med viperin på grund av substratets låga Den övergripande strukturen av både UTP- och CTP-bundna föreningar är emellertid likartade. Skillnaden är att uracildelen är mindre effektiv än cytosindelen vid bindning och ordning av sväng A och B. Nukleotidfritt viperin innehåller en ( βα ) 6 partiell cylinder och har en oordnad N-terminal förlängning och en delvis ordnad C-terminal förlängning. När den C-terminala svansen är beställd avslöjas en sex-rester α-helix , en åtta-rester P-loop (som binder y-fosfatet av CTP) och en 3 10 -helix.
Cellulär lokalisering
Viperin är normalt lokaliserat till det endoplasmatiska retikulumet (ER) via dess N-terminala domän, och även lokaliserat till lipiddroppar , som härrör från ER. Det finns dock också i mitokondrier i HCMV-infekterade fibroblaster .
externa länkar
- Översikt över all strukturell information som finns tillgänglig i PDB för UniProt : Q8CBB9 (Mouse Radical S-adenosylmetionin-domäninnehållande protein 2) vid PDBe-KB .
- Bernheim A, Millman A, Ofir G, Meitav G, Avraham C, Shomar H, et al. (januari 2021). "Prokaryota viperiner producerar olika antivirala molekyler" . Naturen . 589 (7840): 120–124. Bibcode : 2021Natur.589..120B . doi : 10.1038/s41586-020-2762-2 . PMC 7610908 . PMID 32937646 . S2CID 221769131 .