VHS-proteindomän
| VHS- | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 kristallstruktur för vhs- och fyve tandemdomänerna av hrs, ett protein som är involverat i membranhandel och signaltransduktion
| |||||||||
| . | |||||||||
| Symbol | VHS | ||||||||
| Pfam | PF00790 | ||||||||
| Pfam klan | CL0009 | ||||||||
| InterPro | IPR002014 | ||||||||
| SMART | VHS | ||||||||
| SCOP2 | 1 elk / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
Inom molekylärbiologi är VHS- proteindomänen ungefär 140 rester lång. Dess namn är en akronym som kommer från dess förekomst i V PS-27, H rs och STAM . Det är en domän som vanligtvis finns i N-terminalen av många proteiner.
Fungera
VHS-domäner anses vara mycket viktiga i vesikulär trafficking, i synnerhet för att hjälpa membraninriktning och lastigenkänning.
Strukturera
Upplösning av kristallstrukturen för VHS-domänen av Drosophila Hrs och mänsklig TOM1 avslöjade att den består av åtta helixar arrangerade i en dubbelskikts superhelix. Förekomsten av konserverade fläckar av rester på domänytan tyder på att VHS- domäner kan vara involverade i protein-proteinigenkänning och dockning. Sammantaget sekvenslikheten låg (ca 25%) bland domänfamiljemedlemmar.
Klassificering
Baserat på regioner som omger domänen kan VHS-proteiner delas in i fyra grupper:
- STAM /EAST/ STAM2 (Hbp) som alla delar domänsammansättningen VHS- SH3 - ITAM och bär ett eller två ubiquitin-interagerande motiv
- Proteiner med en FYVE-domän ( INTERPRO ) C-terminal till VHS som också bär ett eller två ubiquitin-interagerande motiv
- - proteiner med en domänsammansättning VHS-GAT (GGA och Tom1) homologidomän
- VHS-domän ensam eller i kombination med andra domäner än de som anges ovan
VHS-domänen finns alltid vid N-terminalen av proteiner, vilket tyder på att sådan topologi är viktig för funktionen. Domänen anses ha en allmän membraninriktning /lastigenkännande roll i vesikulär trafik.