TrädBAS

TreeBASE var ett arkiv med fylogenetiska data publicerade i vetenskapliga tidskrifter . I fylogenetiska studier samlas eller genereras forskningsdata, såsom jämförande observationer (t.ex. karaktärstillståndsmatriser eller multipla sekvensanpassningar ) gjorda på en uppsättning taxa , metadata om dessa taxa och de fylogenetiska träden som anses bäst beskriva de evolutionära sambanden mellan taxan.

Uppdrag

Syftet med TreeBASE-projektet var att tillhandahålla stabila register och identifierare för dessa data, så att andra arbetare kan hänvisa till sina deponerade data i sin publikation, och andra forskare kan lokalisera data och använda dem för att verifiera den ursprungliga forskningen eller för att inkludera eller utöka dem i ytterligare analyser.

Historia och finansiering

Projektet startades 1994, med finansiering från US National Science Foundation . Efter denna prototyp initierades en omdesign under CIPRES-projektet. Denna nya version släpptes i mars 2010 och har fått stöd av bland annat pPOD-projektet, som finansierade tillägget av ett RESTful webbtjänstgränssnitt med CQL -sökmöjligheter, och National Evolutionary Synthesis Center (NESCent), som var värd för databasen och webbserver.

Från och med vintern 2010 omorganiserades TreeBASE och blev associerat med Phyloinformatics Research Foundation

2022 togs TreeBASE offline på grund av säkerhetsproblem som inte kunde fixas med projektresurser; framtiden för databasen är osäker.