Transmembranprotein 254
| Transmembranprotein 254 | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifierare | |||||||
| Symbol | TMEM254 | ||||||
| Alt. symboler | C10orf57 | ||||||
| NCBI-genen | 80195 | ||||||
| HGNC | 25804 | ||||||
| RefSeq | NM_001270367 | ||||||
| UniProt | Q8TBM7 | ||||||
| Övriga uppgifter | |||||||
| Ställe | Chr. 10 q22.3 | ||||||
| |||||||
Transmembranprotein 254 är ett transmembranprotein som kodas av TMEM254 -genen , det förutspås ha många ortologer över eukaryoter .
Gen
TMEM254 är beläget på den långa armen av kromosom 10, öppen läsram 57 på den positiva strängen. Den finns i position 10q22.3. Den har sju kända transkriptionsvarianter .
Denna bild visar det cytogenetiska bandet av human kromosom 10 och de olika genplaceringarna på den. TMEM254 kan ses vid det tunna röda bandet med lådan runt, placerad vid q22.3.
mRNA
TMEM254 består av tio totala exoner och är 13 911 bp långa.
Isoforms TMEM254 har 3 isoformer framställda genom alternativ skarvning .
| Isoform | Längd | Mässa (Da) |
| 1 | 123 | 14,243 |
| 2 | 84 | 9,692 |
| 3 | 103 | 12 068 |
Protein
TMEM254 innehåller:
- 147 aminosyror .
- Fem transmembrandomäner
- Molekylvikt 16,4 kilodalton
- Isoelektrisk punkt 9,39
- domän av okänd funktion 4499 (DUF4499) region
Den sekundära strukturen för TMEM254 förutspås bestå av alternerande par av alfaspiraler och betaark .
Uttryck
Enligt en human GEO-profil och mänskliga och mus-EST-profiler, verkar TMEM254 uttryckas på en relativt hög nivå i de flesta vävnader.
TMEM254 är starkt uttryckt i reproduktiva strukturer och ett brett spektrum av celler. Dessa inkluderar, men är inte begränsade till, sköldkörteln , bukspottkörteln , njurarna , huden , brösten och testiklarna .
Homologi
Det finns inga kända paraloger för transmembranprotein 254, men det har olika ortologer inom ortologer inom eukaryoter . Följande tabell visar några av ortologerna som hittats med sökningar i BLAST. En jämförelse av en mängd olika kända TMEM254-ortologer avsedda att visa mångfalden av arter för vilka ortologer finns listade i tabellen nedan:
| Organism | Vanligt namn |
Avvikelse från
Människor (MYA) |
Tillträdesnummer | Sekvenslängd | Sekvensidentitet | Sekvenslikhet | Anteckningar |
| Homo sapiens | Människor | N/A | NP_001257296 | N/A | 100 % | 100 % | Mammalia |
| Pan troglodyter | Schimpans | 6,40 | XP_003312695 | 6.4 | 99,3 % | 99,3 % | Mammalia |
| Rhinopithecus bieti | Svart snubbnäsapa | 28.1 | XP_011886260 | 28.1 | 95,2 % | 97,3 % | Mammalia |
| Chrysemys pictabellii | Målad sköldpadda | 320 | XP_008168753 | 320 | 46,3 % | 57,8 % | Reptilia |
| Esox lucius | Northern Pike | 320 | NP_001290628 | 432 | 45 % | 60,4 % | Actinopterygii |
| Alligator mississippiensis | Amerikansk Alligator | 320 | KYO27663 | 320 | 43,3 % | 56,7 % | Reptilia |
| Nanorana parkeri | Hög Himalaya groda | 353 | XP_018428933 | 353 | 42,3 % | 57,7 % | Amfibier |
| Phaethon lepturus | Vitsvans Tropicbird | 320 | XP_010286446 | 320 | 38,8 % | 59,3 % | Aves |
| Hippocampus kommer | Tiger Tail Seahorse | 432 | XP_019737413 | 432 | 38,1 % | 56,5 % | Actinopterygii |
| Callorhinchus milii | Elefanthaj | 465 | XP_007897415 | 465 | 37,9 % | 58,2 % | Chondrichthyes |
| Patagioenas fasciata monilis | Bandsvansduva | 320 | OPJ84646 | 320 | 36,7 % | 59,9 % | Aves |
| Saccaglossus kowalevskii | Acorn Worm | 627 | XP_006821285 | 627 | 31,8 % | 51 % | Enteropneusta |
Förutspådd post-translationell modifiering
Med hjälp av olika verktyg på ExPASy är följande möjliga post-translationella modifieringar för TMEM254.
- 4 möjliga PKC-fosforyleringsställen
- 3 möjliga PKA-fosforyleringsställen