Robert Taylor på AllMusic tilldelade The Spectre Within två stjärnor av fem, och sa att " Metalfans kan njuta av detta mer än Night on Bröcken , speciellt "Pirates of the Underground" och "The Apparition", men det finns väldigt lite, om något, för den progressiva fansen." Trey Spencer på Sputnikmusic gav albumet en liknande ljummen recension, och ansåg det "endast för inbitna fans". Viss kritik riktades mot John Archs sång, som beskrevs som "lätt irriterande på grund av hans rösts oföränderliga högtoniga karaktär", såväl som de daterade riffen och produktionen. För nya fans av Fates Warning rekommenderade Spencer istället deras uppföljning Awaken the Guardian från 1986 som en bättre utgångspunkt.
Däremot skrev Jeff Wagner i sin bok Mean Deviation (2010: 56) att The Spectre Within "skiljde Fates Warning från nästan alla andra i metal-underground, även om paralleller kunde dras till det danska bandet Mercyful Fate , ett tidigt inflytande på [gitarristen Jim Matheos ]". Wagner betonade också att albumet var "mörkare och mer komplext än till och med Iron Maiden eller Queensrÿche , och det hanterade sina fantasibilder på ett intelligent sätt och passerade de klyschiga fällorna av trollkarlar, drakar och andra klassens riff".