TAE-buffert
TAE-buffert är en buffertlösning som innehåller en blandning av Tris-bas , ättiksyra och EDTA .
Inom molekylärbiologin används det i agaroselektrofores, vanligtvis för separation av nukleinsyror som DNA och RNA . Den består av Tris-acetatbuffert , vanligtvis vid pH 8,3, och EDTA , som binder tvåvärda katjoner. TAE har en lägre buffertkapacitet än TBE och kan lätt bli uttömd, men linjärt, dubbelsträngat DNA går snabbare i TAE.
Tidigare förenklade Brody & Kern elektroforetiska buffertar genom att ersätta TBE- och TAE-buffertar för ett mer effektivt och billigt ledande medium i gelsystem.
Används
TAE (Tris-acetat-EDTA)-buffert används som både löpbuffert och i agarosgeler. Dess användning i denaturerande gradientgelelektroforesmetoder för mutationsanalys med brett spektrum har också beskrivits. TAE har använts i olika koncentrationer för att studera rörligheten av DNA i lösning med och utan natriumklorid . Men höga koncentrationer av natriumklorid (och många andra salter) i ett DNA-prov fördröjer dess rörlighet. Detta kan leda till felaktiga tolkningar av det resulterande DNA-bandmönstret.
Förberedelse
TAE-buffert framställs vanligtvis som en 50× stamlösning för laboratorieanvändning. En 50× stamlösning kan framställas genom att lösa 242 g Tris-bas i vatten, tillsätta 57,1 ml isättika och 100 ml 500 mM EDTA-lösning (pH 8,0) och höja den slutliga volymen till 1 liter. Denna stamlösning kan spädas 49:1 med vatten för att göra en 1x arbetslösning. Denna 1x-lösning kommer att innehålla 40 mM Tris, 20 mM ättiksyra och 1 mM EDTA.
| Nej. | namn | Per 1 mol | 50x lösning | 50× | 1× lösning | 1X |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Tris bas | 121,1 g/L | 2 M | 242,2 g/L | 40 mM | 4,844 g/L |
| 2 | ättiksyra | 57,1 ml/L | 1 M | 57,1 ml/L | 20 mM | 1,21 ml/L |
| 3 | EDTA dinatriumsaltdihydrat | 372,24 g/L | 50 mM | 18,612 g/L | 1 mM | 0,372 g/L |
2 M = 2000 mM så 2000 mM /50 = 40 mM för 1x. 1M = 1000 mM så 1000 mM /50 = 20 mM för 1x. 50 mM/50 = 1 mM för 1x.
Först och främst bör dessa ingredienser lösas i 500 ml och sedan fyllas på till 1000 ml. Obs: EDTA kommer att ta längre tid att lösas upp, så när du löser upp EDTA använd magnetisk omrörare (få mängder EDTA i 3 eller 4 gånger).
Ett steg-för-steg-recept av beredningsmetoden för 50× TAE-buffert finns tillgängligt på protocols.io.
Se även
- ^ Ogden, RC och Adams, DA, (1987) Elektrofores i agaros- och akrylamidgeler. Methods Enzymol ., 152 :, 61-87.
- ^ Brody, JR, Kern, SE (2004) Historia och principer av ledande media för standard DNA-elektrofores. Anal Biochem. 333(1):1-13. doi : 10.1016/j.ab.2004.05.054 PMID 15351274 PDF
- ^ Sambrook, Fritsch och Maniatis (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual , 2:a upplagan, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, volym 3, bilagor B.11 och B.23 ISBN 0-87969- 309-6
- ^ Hayes, VM et al., (1999) Förbättringar i gelsammansättning och elektroforetiska förhållanden för brett spektrum av mutationsanalys genom denaturerande gradientgelelektrofores. Nucleic Acids Res ., 27 (20): e29. PMID 10497279
- ^ Stellwagen, E., och Stellwagen, NC (2002) Den fria lösningens rörlighet av DNA i Tris-acetat-EDTA-buffertar av olika koncentrationer, med och utan tillsatt NaCl. Electrophoresis , 23 (12): 1935-1941. PMID 12116139
-
^
Behle, Anna; Pawlowski, Alice (6 april 2018). "Recept för 50x TAE-buffert" . doi : 10.17504/protocols.io.gtvbwn6 .
{{ citera journal }}: Citera journal kräver|journal=( hjälp )