Systematisk proteinundersökande forskningsmiljö
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | webbaserad masspektrometri (MS) proteomikanalysverktyg |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | Seattle Children's Research Institute |
| Laboratorium | Bioinformatik & högkapacitetsanalyslaboratorium |
| Författare | Eugene Kolker |
| Primärt citat | Kolker et al . |
| Utgivningsdatum | 2011 |
| Tillgång | |
| Hemsida | SPIRA |
Systematic Protein Investigative Research Environment (SPIRE) tillhandahåller webbaserad experimentspecifik masspektrometri (MS) proteomikanalys för att identifiera proteiner och peptider, och märkningsfria uttrycks- och relativa uttrycksanalyser. SPIRE tillhandahåller ett webbgränssnitt och genererar resultat i både interaktiva och enkla dataformat.
Metodik
Spires analyser är baserade på en experimentell design som genererar falska upptäcktsfrekvenser och lokala falska upptäcktsfrekvenser (FDR, LFDR) och integrerar öppen källkodssökning och dataanalysmetoder. Genom att kombinera X! Tandem , OMSSA och SpectraST SPIRE kan producera en ökning av protein-ID:n (50-90 %) jämfört med nuvarande kombinationer av poäng och enstaka sökmotorer samtidigt som de ger noggrann mångfacetterad feluppskattning. SPIRE kombinerar sina analysresultat med data om proteinfunktion, vägar och proteinuttryck från modellorganismer.
Integration med annan information
SPIRE kopplar också resultat till allmänt tillgänglig proteomikdata genom sin Multi-Omics Profiling Expression Database ( MOPED). SPIRE kan tillhandahålla analys och anteckningar för protein-ID och uttrycksdata som tillhandahålls av användaren. Användare kan ladda upp data (standardiserad på lämpligt sätt) eller posta i datafiler.
Vidare läsning
- Stelzer G, Dalah I, Stein TI, Satanower Y, Rosen N, Nativ N, Oz-Levi D, Olender T, Belinky F, Bahir I, Krug H, Perco P, Mayer B, Kolker E, Safran M, Lancet D ( oktober 2011). "In-silico mänsklig genomik med GeneCards" . Brum. Genomik . 5 (6): 709–17. doi : 10.1186/1479-7364-5-6-709 . PMC 3525253 . PMID 22155609 .
- Kolker E, Higdon R, Haynes W, Welch D, Broomall W, Lancet D, Stanberry L, Kolker N (januari 2012). "MOPED: Model Organism Protein Expression Database" . Nucleic Acids Res . 40 (Databasproblem): D1093–9. doi : 10.1093/nar/gkr1177 . PMC 3245040 . PMID 22139914 .