Multi-Omics profileringsuttrycksdatabas
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | MOPED möjliggör upptäckter genom konsekvent bearbetad multi-omics-data |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | Seattle Children's Research Institute |
| Författare | Roger Higdon |
| Primärt citat | Higdon R, et al . |
| Utgivningsdatum | 2012 |
| Tillgång | |
| Hemsida | MOPED |
Multi -Omics Profiling Expression Database ( MOPED ) var en växande multi-omics- resurs som stöder snabb bläddring av transkriptomik och proteomikinformation från allmänt tillgängliga studier på modellorganismer och människor. Hittills (2021) har den upphört med sin verksamhet och är otillgänglig online.
Systematisk proteinundersökande forskningsmiljö
MOPED är utformad för att förenkla jämförelse och delning av data för det större forskarsamhället. MOPED använder den standardiserade analyspipelinen SPIRE för att på ett unikt sätt tillhandahålla absoluta och relativa uttrycksdata på proteinnivå, metaanalysmöjligheter och kvantitativa data. Bearbetade relativa expressionstranskriptomiska data erhölls från Gene Expression Omnibus (GEO). Data kan sökas efter specifika proteiner och gener, bläddras baserat på organism, vävnad, lokalisering och tillstånd, och sorteras efter falsk upptäcktshastighet och uttryck. MOPED ger användare möjlighet att visualisera sina egna uttrycksdata och jämföra dem med befintliga studier. Vidare länkar MOPED till olika protein- och pathway-databaser, inklusive GeneCards, Panther, Entrez, UniProt, KEGG, SEED och Reactome. Protein- och genidentifierare är integrerade från GeneCards (korsreferens med MOPED), Genbank, RefSeq, UniProt, WormBase och Saccharomyces Genome Database (SGD). Den nuvarande versionen av MOPED (MOPED 2.5, 2014) innehåller cirka 5 miljoner totala poster inklusive ~260 experiment och ~390 förhållanden. MOPED utvecklas och stöds av Kolker-teamet vid Seattle Children's Research Institute .
Modell Organism Protein Expression Database
MOPED var tidigare känd som Model Organism Protein Expression Database, innan den bytte namn till Multi-Omics Profiling Expression Database.
Vidare läsning
- Stelzer G, Dalah I, Stein TI, Satanower Y, Rosen N, Nativ N, Oz-Levi D, Olender T, Belinky F, Bahir I, Krug H, Perco P, Mayer B, Kolker E, Safran M, Lancet D ( oktober 2011). "In-silico mänsklig genomik med GeneCards" . Brum. Genomik . 5 (6): 709–17. doi : 10.1186/1479-7364-5-6-709 . PMC 3525253 . PMID 22155609 .