Svampgenom

Svampgenom är bland de minsta genomen av eukaryoter . Storleken på svampgenom varierar från mindre än 10 Mbp till hundratals Mbp. Den genomsnittliga genomstorleken är cirka 37 Mbp i Ascomycota , 47 Mbp i Basidiomycota och 75 Mbp i Oomycota . Storleken och gennumren för de minsta genomen av frilevande svampar, såsom Wallemia ichthyophaga , Wallemia mellicola eller Malassezia restricta , är jämförbara med bakteriegenom . Genomet av den omfattande undersökta jästen Saccharomyces cerevisiae innehåller cirka 12 Mbp och var det första fullständigt sekvenserade eukaryota genomet. På grund av sin kompakta storlek kan svampgenom sekvenseras med mindre resurser än de flesta andra eukaryota genom och är därför viktiga modeller för forskning. Vissa svampar existerar som stabila haploida, diploida eller polyploida celler, andra ändrar ploidi som svar på miljöförhållanden och aneuploidi observeras också i nya miljöer eller under perioder av stress.

Genom jämförelser

Jämförelsen av svampgenom har använts för att studera utvecklingen av svampar, för att förbättra upplösningen av fylogenin hos svamparter och för att bestämma tidpunkten för uppkomsten och förändringar i artegenskaper och livsstilar, såsom evolutionens symbiotiska eller patogena interaktioner och utvecklingen av olika morfologier. Större kromosomförändringar i svampar visade sig vara vanligare än i andra eukaryoter, så makrosynteni i svampar är sällsynt. I filamentösa ascomycetes visades emellertid gener vara bevarade inom homologa kromosomer, men med randomiserade ordningar och orienteringar, ett fenomen som heter mesosynteny. Mesosynteny observerades också i det basidiomycetösa släktet Rhodotorula . En jämförelse av mer än 1 000 Saccharomyces cerevisiae- genom användes för att identifiera artens geografiska ursprung och flera domesticeringshändelser samt kartlägga genomiska varianter till det artövergripande fenotypiska landskapet av jästen. Jämförelser av flera genom av samma art ledde till upptäckten av höga nivåer av rekombination hos arter som tidigare ansågs asexuella . I den extremt halotoleranta svarta jästen Hortaea werneckii upptäcktes att även om arten är klon kan både haploida och diploida stammar hittas i naturen och de diploida stammarna är mycket heterozygota hybrider, som verkar vara stabila över stora tidsskalor och geografiska avstånd.

Använd i taxonomi

Medan genomiska avståndsmått som den genomsnittliga nukleotididentiteten (ANI) används rutinmässigt för att särskilja bakteriearter, är användningen av svampgenom i taxonomi för närvarande sällsynt. Genomsekvenser kan användas för att utöka antalet gener som används i fylogenetiska analyser, men många offentligt tillgängliga genom saknar genkommentarer och populära rDNA-markörer saknas vanligtvis från genomiska sekvenser eller är felaktigt sammansatta. Föreslagna mått på övergripande genomrelaterade index i jäst inkluderar ANI, digital DNA-DNA-hybridisering (dDDH) och Kr- _avstånd . Genomisk kollinearitet föreslogs som en möjlig källa till markörer för att lösa artkomplex. Parvisa Kr genomiska avstånd och genomsnittlig nukleotididentitet användes i beskrivningen av nya arter inom släktena Aureobasidium och Tilletia . Alternativt verkar snabba och enkla att beräkna likhetsmått baserade på MinHash också ge användbara exakta uppskattningar av avståndet mellan genomen. Till exempel kunde ett fast tröskelvärde för genomiskt avstånd beräknade verktyg som Mash och Dashing bestämma om två genom tillhör samma eller olika arter med över 90 % noggrannhet, vilket indikerar att enkla mått på genomiskt avstånd kan vara användbara för att avgränsa svamparter och fortfarande till stor del stödja den befintliga svamptaxonomien.