Stokastisk färdplanssimulering
För robotstyrning är Stokastisk färdplanssimulering inspirerad av probabilistiska färdplansmetoder ( PRM) utvecklade för robotrörelseplanering .
Huvudidén med dessa metoder är att fånga anslutningsmöjligheterna i ett geometriskt komplext högdimensionellt utrymme genom att konstruera en graf av lokala vägar som förbinder punkter slumpmässigt samplade från det utrymmet. En färdplan G = (V,E) är en riktad graf. Varje vertex v är en slumpmässigt samplade konformation i C . Varje (riktad) kant från vertex v i till vertex vj bär en vikt P ij , som representerar sannolikheten att molekylen kommer att flytta till konformation v j , givet att den för närvarande är vid v i . Sannolikheten P ij är 0 om det inte finns någon kant från v i till v j . Annars beror det på energiskillnaden mellan konformationerna.
Stokastisk färdkartasimulering används för att utforska kinetiken för molekylär rörelse genom att samtidigt undersöka flera vägar i färdplanen. Ensembleegenskaper för molekylär rörelse (t.ex. sannolikhet för veckning (P Fold ), flykttid vid ligand-proteinbindning) beräknas effektivt och noggrant med stokastisk färdplansimulering. P- vikvärden beräknas med hjälp av första stegsanalysen av Markov-kedjeteorin .
Se även