Sterkiella histriomuscorum
|
|
| Sterkiella histriomuscorum | |
|---|---|
| Vetenskaplig klassificering | |
| Rike: | Chromista |
| Superfylum: | Alveolata |
| Provins: | Ciliophora |
| Klass: | Spirotrichea |
| Familj: | Oxytrichidae |
| Släkte: | Sterkiella |
| Arter: |
S. histriomuscorum
|
| Binomialt namn | |
|
Sterkiella histriomuscorum |
|
| Synonymer | |
|
|
Sterkiella histriomuscorum , tidigare Oxytricha trifallax , är en ciliatart i släktet Sterkiella , känd för sina starkt fragmenterade genom som har använts som modell för ciliatgenetik.
Genetik
Liksom alla ciliater har O. trifallax två olika typer av kärnor: makrokärnor , som är platsen för transkription och genuttryck, och mikrokärnor , som endast är aktiva under sexuell reproduktion men i övrigt är transkriptionellt inaktiva. Makronukler bildas genom differentiering av mikrokärnor, vilket vanligtvis involverar en viss grad av RNA-medierad DNA-redigering. O. trifallax är den första arten som sekvenseras med en ovanligt hög grad av fragmentering i dess makronukleära genom. Upp till 96 % av det mikronukleära genomet elimineras under differentieringen till en makronukleus; i jämförelse, i andra ciliater som Paramecium elimineras endast cirka 30 %. Det makronukleära genomet har en haploid storlek på cirka 50 Mbp.
Kromosomerna i makrokärnan är också ovanligt korta . Det makronukleära genomet kodar för cirka 18 500 gener, men dessa är fördelade på 16 000 kromosomer, som kallas nanokromosomer på grund av sin längd. På grund av deras ovanligt korta nanokromosomer, av vilka de flesta bara innehåller en enda gen, har de använts som modellorganism för att studera telomerer och screena för icke-kodande RNA-gener.
Det mikronukleära genomet har också sekvenserats och innehåller cirka 3 500 förvrängda gener. Förvrängda gener är gener vars individuella segment är belägna i olika delar av det mikronukleära genomet och därför måste "avkodas" under DNA-redigeringssteget till en konventionell gen i det makronukleära genomet. Mer än 225 000 individuella DNA-segment måste avkodas under utvecklingen av ett makronukleärt genom från dess mikronukleära prekursor.
Det mitokondriella genomet har också sekvenserats och är det största kända mitokondriella genomet av ciliat, med en längd på cirka 70 kbp. Liksom andra mitokondriella ciliatgenom är de från O. trifallax linjära molekyler och innehåller ett antal delade gener. Deras mitokondrier har också en separat plasmid, som kan ha varit involverad i horisontell genöverföring under utvecklingen av det mitokondriella genomet.
Taxonomi och systematik
O. trifallax taxonomi har ifrågasatts. Den omklassificerades som Sterkiella histriomuscorum på grundval av morfologiska egenskaper, men en molekylär fylogeni stöder den ursprungliga klassificeringen som en art av Oxytricha .
Andra resurser
- "OxyDB | Oxytricha Genome Database Wiki" .
- "I en av naturens innovationer slår en enda cell sönder och bygger om sitt eget genom. "