Spatiotemporal epidemiologisk modellerare
 | |
| Utvecklare | IBM , BfR , Eclipse Foundation |
|---|---|
| Initial release | 2006 |
| Stabil frisättning | V4.0.0 |
| Förvar | |
| Skrivet i | Java programvara |
| Operativ system | Alla ( Java-programvara ) |
| Tillgänglig i | Engelska (med stöd för Java National Language) |
| Typ | Vetenskaplig programvara |
| Licens | EPL |
| Hemsida | |
Spatiotemporal Epidemiological Modeler ( STEM ) är fri programvara tillgänglig via Eclipse Foundation . STEM , som ursprungligen utvecklades av IBM Research , är ett ramverk och ett utvecklingsverktyg utformat för att hjälpa forskare att skapa och använda rumsliga och tidsmässiga modeller för infektionssjukdomar . STEM använder en komponentprogramvaruarkitektur baserad på OSGi -standarden. Eclipse Equinox- plattformen är en referensimplementering av den standarden. Genom att använda en komponentprogramvaruarkitektur är alla komponenter eller element som krävs för en sjukdomsmodell, inklusive koden och data, tillgängliga som mjukvarubyggstenar som oberoende kan bytas ut, utökas, återanvändas eller ersättas. Dessa byggstenar eller plug-ins kallas eclipse "plug-ins" eller "extensions". STEM-plugin-program innehåller nämnardata för administrativa regioner av intresse. Regionerna indexeras med standardkoder ( ISO3166 ).
STEM inkluderar för närvarande ett stort antal plug-ins för de 244 länder och beroende områden som definieras av Geographic Coding Standard som underhålls av International Organization for Standardization . Dessa plugin-program innehåller globala data inklusive geografiska data , befolkningsdata , demografi och grundläggande sjukdomsmodeller . Sjukdomsmodellerna som distribueras med STEM inkluderar epidemiologiska kompartmentmodeller . Andra plugin-program beskriver relationer mellan regioner inklusive närmaste granne eller närliggande relationer samt information om transporter , såsom förbindelser på vägar och en modell för flygtransport .
Relationer mellan regioner kan då ingå i modeller för hur en sjukdom sprider sig från plats till plats. För att åstadkomma detta representerar STEM världen som en "graf" . Noderna i grafen motsvarar platser eller regioner, och kanterna i grafen beskriver relationer eller samband mellan regioner . Både noderna och kanterna kan märkas eller "dekoreras" med en mängd olika nämnardata och modeller. Denna grafiska representation implementeras med hjälp av Eclipse Modeling Framework (EMF). Eftersom en modell kan byggas upp med hjälp av separata subgrafer , möjliggör STEM modellsammansättning . Fördefinierade subgrafer som definierar olika länder kan sättas ihop med ett dra och släpp-gränssnitt. Nya sjukdomsvektorer kan helt enkelt läggas till befintliga modeller genom att utöka modellen med en ny uppsättning kanter. Arkitekturen stödjer även samarbete då användare inte bara kan skapa nya modeller och komponera nya scenarier utan även utbyta dessa modeller och scenarier som återanvändbara komponenter och därigenom bygga vidare på varandras arbete. Som ett med öppen källkod uppmuntras användare att skapa sina egna plugin-program (både data och modeller) och, om så är lämpligt, bidra med sitt arbete tillbaka till projektet.