Skillnadstäthetskarta

I röntgenkristallografi visar en differensdensitetskarta den rumsliga fördelningen av skillnaden mellan den uppmätta elektrondensiteten hos kristallen och elektrondensiteten som förklaras av den aktuella modellen.

Dessa koefficienter härleds från gradienten av sannolikhetsfunktionen för de observerade strukturfaktorerna på basis av den nuvarande modellen.

Visa

Konventionellt visas de som isoytor med positiv densitet – elektrondensitet där det inte finns något i modellen, vanligtvis motsvarande någon beståndsdel i kristallen som inte har modellerats, till exempel en ligand eller en kristallisationsadjutant – i grönt och negativt densitet – delar av modellen som inte backas upp av elektrondensitet, vilket indikerar antingen att en atom har störts av strålningsskador eller att den är modellerad på fel plats – i rött.

Beräkning

Differensdensitetskartor beräknas vanligtvis med Fourier-koefficienter som är skillnaderna mellan de observerade strukturfaktoramplituderna från röntgendiffraktionsexperimentet och de beräknade strukturfaktoramplituderna från den nuvarande modellen, med användning av fasen från modellen för båda termerna (eftersom inga faser finns tillgängliga för de observerade data). De två uppsättningarna av strukturfaktorer måste vara på samma skala. Det är nu normalt att även inkludera viktningstermer som tar hänsyn till de uppskattade felen i den nuvarande modellen:

$C_{diffmap}=(m |F_{obs}|-D|F_{calc}|)exp(2\pi i\phi _{calc})$

där m är en värdesiffra som är en uppskattning av cosinus för felet i fasen, och D är en skalfaktor.