SF3B4

SF3B4
Tillgängliga strukturer
PDB	Ortologisk sökning:
Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, AFD1, Hsh49, SAP49, SF3b49, splitsningsfaktor 3b underenhet 4
Externa ID:n
Genplacering ( Human )
Chr.
Slutet
Genplacering ( Mus )
Chr.
Slutet
RNA uttrycksmönster
Genontologi
Molekylär funktion
Cellkomponent
Biologisk process
	Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer
	Wikidata
Visa/redigera människa	Visa/redigera mus

Splicing factor 3B subenhet 4 är ett protein som hos människor kodas av SF3B4 -genen .

Fungera

Denna gen kodar för en av fyra subenheter av splitsningsfaktorn 3B. Proteinet som kodas av denna gen tvärbinder till en region i pre-mRNA:t omedelbart uppströms om grenpunktssekvensen i pre-mRNA i det prespliceosomala komplexet A. Det kan också vara involverat i sammansättningen av B-, C- och E-spliceosomalkomplexen . Förutom RNA-bindande aktivitet interagerar detta protein direkt och mycket specifikt med subenhet 2 av splitsningsfaktorn 3B. Detta protein innehåller två N-terminala RNA-igenkänningsmotiv (RRM), i överensstämmelse med observationen att det binder direkt till pre-mRNA.

Sjukdomsföreningar

2012 identifierade kanadensiska forskare som tillhörde FORGE-konsortiet (Finding of Rare disease GEnes) nya dominerande mutationer i SF3B4 som orsaken till Nagers syndrom , en sällsynt typ av mandibulofacial dysostos med tillhörande missbildningar i extremiteterna.

Interaktioner

SF3B4 har visats interagera med CDC5L , BMPR1A och SF3B2 .

Vidare läsning

Maruyama K, Sugano S (januari 1994). "Oligo-capping: en enkel metod för att ersätta lockstrukturen för eukaryota mRNA med oligoribonukleotider". Gene . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . PMID 8125298 .
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (okt 1997). "Konstruktion och karakterisering av ett fullängdsanrikat och ett 5'-ändsanrikat cDNA-bibliotek". Gene . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . PMID 9373149 .
Neubauer G, King A, Rappsilber J, Calvio C, Watson M, Ajuh P, Sleeman J, Lamond A, Mann M (sep 1998). "Masspektrometri och EST-databassökning möjliggör karakterisering av multi-protein spliceosomkomplexet". Naturgenetik . 20 (1): 46–50. doi : 10.1038/1700 . PMID 9731529 . S2CID 585778 .
Das BK, Xia L, Palandjian L, Gozani O, Chyung Y, Reed R (okt 1999). "Karakterisering av ett proteinkomplex som innehåller spliceosomala proteiner SAPs 49, 130, 145 och 155" . Molekylär och cellulär biologi . 19 (10): 6796–802. doi : 10.1128/mcb.19.10.6796 . PMC 84676 . PMID 10490618 .
Das R, Zhou Z, Reed R (maj 2000). "Funktionell association av U2 snRNP med det ATP-oberoende spliceosomala komplexet E" . Molekylär cell . 5 (5): 779–87. doi : 10.1016/S1097-2765(00)80318-4 . PMID 10882114 .
Will CL, Schneider C, MacMillan AM, Katopodis NF, Neubauer G, Wilm M, Lührmann R, Query CC (aug 2001). "Ett nytt U2- och U11/U12-snRNP-protein som associerar med pre-mRNA-grenstället" . EMBO Journal . 20 (16): 4536–46. doi : 10.1093/emboj/20.16.4536 . PMC 125580 . PMID 11500380 .
Will CL, Urlaub H, Achsel T, Gentzel M, Wilm M, Lührmann R (sep 2002). "Karakterisering av nya SF3b- och 17S U2 snRNP-proteiner, inklusive en human Prp5p-homolog och ett SF3b DEAD-box-protein" . EMBO Journal . 21 (18): 4978–88. doi : 10.1093/emboj/cdf480 . PMC 126279 . PMID 12234937 .
Golas MM, Sander B, Will CL, Lührmann R, Stark H (maj 2003). "Molekylär arkitektur för multiprotein splitsningsfaktorn SF3b". Vetenskap . 300 (5621): 980–4. Bibcode : 2003Sci...300..980G . doi : 10.1126/science.1084155 . PMID 12738865 . S2CID 31046270 .
Lehner B, Semple JI, Brown SE, Counsell D, Campbell RD, Sanderson CM (januari 2004). "Analys av ett tvåhybridsystem med hög genomströmning av jäst och dess användning för att förutsäga funktionen hos intracellulära proteiner som kodas inom den mänskliga MHC klass III-regionen". Genomik . 83 (1): 153–67. doi : 10.1016/S0888-7543(03)00235-0 . PMID 14667819 .
Will CL, Schneider C, Hossbach M, Urlaub H, Rauhut R, Elbashir S, Tuschl T, Lührmann R (juni 2004). "Human 18S U11/U12 snRNP innehåller en uppsättning nya proteiner som inte finns i den U2-beroende spliceosomen" . RNA . 10 (6): 929–41. doi : 10.1261/rna.7320604 . PMC 1370585 . PMID 15146077 .
Nishanian TG, Waldman T (okt 2004). "Interaktion av BMPR-IA-tumörsuppressorn med en utvecklingsrelevant splitsningsfaktor". Biokemisk och biofysisk forskningskommunikation . 323 (1): 91–7. doi : 10.1016/j.bbrc.2004.08.060 . PMID 15351706 .
Lin KT, Lu RM, Tarn WY (okt 2004). "De WW-domäninnehållande proteinerna interagerar med den tidiga spliceosomen och deltar i pre-mRNA-splitsning in vivo" . Molekylär och cellulär biologi . 24 (20): 9176–85. doi : 10.1128/MCB.24.20.9176-9185.2004 . PMC 517884 . PMID 15456888 .
Rush J, Moritz A, Lee KA, Guo A, Goss VL, Spek EJ, Zhang H, Zha XM, Polakiewicz RD, Comb MJ (Jan 2005). "Immunaffinitetsprofilering av tyrosinfosforylering i cancerceller". Natur Bioteknik . 23 (1): 94–101. doi : 10.1038/nbt1046 . PMID 15592455 . S2CID 7200157 .
Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (okt 2005). "Mot en karta i proteomskala över det mänskliga protein-proteininteraktionsnätverket". Naturen . 437 (7062): 1173–8. Bibcode : 2005Natur.437.1173R . doi : 10.1038/nature04209 . PMID 16189514 . S2CID 4427026 .
Guo D, Han J, Adam BL, Colburn NH, Wang MH, Dong Z, Eizirik DL, She JX, Wang CY (dec 2005). "Proteomisk analys av SUMO4-substrat i HEK293-celler under serumsvält-inducerad stress". Biokemisk och biofysisk forskningskommunikation . 337 (4): 1308–18. doi : 10.1016/j.bbrc.2005.09.191 . PMID 16236267 .
Terada Y, Yasuda Y (november 2006). "Humant immunbristvirus typ 1 Vpr inducerar G2-kontrollpunktsaktivering genom att interagera med splitsningsfaktorn SAP145" . Molekylär och cellulär biologi . 26 (21): 8149–58. doi : 10.1128/MCB.01170-06 . PMC 1636759 . PMID 16923959 .

externa länkar

SF3B4 human genplacering i UCSC Genome Browser .
SF3B4 mänskliga gendetaljer i UCSC Genome Browser .