ROOL RNA motiv

ROOL
Konsensus sekundär struktur och sekvenskonservering av ROOL RNA
Identifiers
Symbol	ROOL
Rfam	RF03087
Övriga uppgifter
RNA -typ	Gen ; sRNA
SÅ	SO:0001263
PDB- strukturer	PDBe

Vom -ursprungande, utsmyckade, stora (ROOL) RNA-motivet upptäcktes ursprungligen av bioinformatik genom att analysera metagenomiska sekvenser från ko vom . ROOL RNA finns i en mängd olika bakteriearter och kodar tydligen inte för proteiner . RNA:t har en komplex RNA-sekundärstruktur och dess genomsnittliga storlek på 581 nukleotider är ovanligt stor för bakteriellt icke-kodande RNA. Denna stora storlek och strukturella komplexitet för ett bakteriellt RNA överensstämmer med egenskaperna hos stora ribozymer .

ROOL-RNA finns i profager och renade fager , men också på bakteriella genomiska platser som inte verkar vara relaterade till fager. ROOL RNA finns också ofta i närheten av tRNA . Den stora storleken och den komplicerade sekundära strukturen hos ROOL RNA, kombinerat med deras association med tRNA och fager, är egenskaper som delas av GOLLD RNA-motivet , ett annat bakteriellt icke-kodande RNA. Dessa delade egenskaper kan antyda en relaterad funktion, men de gemensamma egenskaperna kan uppstå av andra skäl.

ROOL-RNA finns i bakterier i phyla Bacillota , Fusobacteriota och Mycoplasmatota , förutom fager och kovommetagenomer, som nämnts ovan. Inom Bacillota finns de i ett fåtal arter av Clostridia och många mjölksyrabakterier , särskilt de i släktet Lactobacillus .

ROOL RNA i Lactobacillus salivarius upptäcktes oberoende baserat på deras extremt höga uttryckshastigheter i Lactobacillus salivarius UCC118 ROOL RNA i olika stammar av Lactobacillus salivarius studerades sedan; det finns ett mycket stort intervall i uttrycksnivåerna för ROOL RNA i olika stammar, och vissa stammar verkar inte ha dessa RNA i sitt genom. ROOL RNA i L. salivarius UC118 är så rikligt förekommande under vissa tillväxtförhållanden att de i sen stationär fas överskrider till och med 16S ribosomala RNA . Den experimentellt bestämda storleken för ROOL-RNA i L. salivarius överensstämmer nära storleken på den föreslagna RNA-strukturen baserad på bioinformatik.