GOLLD RNA motiv

GOLLD
Konsensus sekundär struktur och sekvenskonservering av 3'-halvan av jätte-, utsmyckade, sjö- och Lactobacillales-härledda (GOLLD) RNA-
identifierare
Symbol	GULD
Rfam	RF02032
Övriga uppgifter
RNA -typ	Gen
SÅ	SO:0001263
PDB- strukturer	PDBe

Giant, Ornate, Lake- och Lactobacillales-derived (GOLLD) RNA är en konserverad RNA -struktur som finns i bakterier . GOLLD RNA detekterades ursprungligen baserat på metagenomsekvenser av DNA isolerat från Lake Gatun i Panama. De är dock kända för att finnas i minst åtta stammar av odlade bakterier. GOLLD RNA är utomordentligt stora jämfört med andra RNA med en konserverad, komplex sekundär struktur och i genomsnitt ungefär 800 nukleotider. Sådana stora, komplexa RNA är ofta ribozymer , även om den biokemiska funktionen av GOLLD RNA förblir okänd. Upptäckten av stora RNA som GOLLD RNA bland bakterier som mestadels är oodlade under laboratorieförhållanden tyder på att många andra ovanligt stora RNA kan hittas i bakterier som ännu inte har studerats.

GOLLD-RNA:t i Lactobacillus brevis ATCC 367 studerades experimentellt. Detta GOLLD RNA kodas tydligen av en profag och dess transkription ökar under fagens lytiska cykel . Därför tjänar detta GOLLD RNA förmodligen en funktion som är användbar för fagen under denna process. GOLLD-RNA är ofta belägna nära överförings-RNA (tRNA), och i vissa fall förutsägs ett tRNA vara inuti själva GOLLD-RNA-strukturen. Det biologiska skälet bakom denna förening är dock inte förstått.

Ett mer nyligen upptäckt stort bakteriellt RNA, kallat ROOL RNA-motivet , delar egenskaper med GOLLD-RNA. Förutom den relativt stora storleken och den höga graden av strukturell komplexitet hos dessa RNA-motiv, är de båda endast ibland lokaliserade i profeter och ofta i närheten av tRNA. Sekvensen och strukturerna för GOLLD och ROOL RNA är dock inte relaterade.

Rfam - modellen av GOLLD RNA använder endast 3'-halvan av GOLLD, eftersom denna region av hela RNA:t är mycket konsekvent i sin struktur.