Q (mjukvara)
| Originalförfattare | Johan Åqvist, John Marelius, Paul Bauer, Lynn Kamerlin |
|---|---|
| Utvecklare |
Q-utvecklingsteamet vid Uppsala universitet , Sverige Uppsala Molekylmekaniska HB |
| Initial release | 1999 |
| Stabil frisättning | 6.0 / 2017
|
| Skrivet i | Fortran |
| Operativ system | Linux , macOS , Windows av Cygwin , alla andra Unix- varianter |
| Plattform | x86 , x86-64 |
| Tillgänglig i | engelsk |
| Typ | Simulering av molekylär dynamik |
| Licens | öppen källkod GNU General Public License version 2 ( GPLv2 ) |
| Hemsida |
Q är ett datorprogrampaket för simulering av molekylär dynamik (MD) (nuvarande utgåva: Q6). Till skillnad från andra MD-koder har den specialiserat sig sedan starten (Marelius et al. 1998) på tre specifika typer av beräkningar av fri energi. Dessa beräkningar är baserade på metoderna: empirisk valensbindning (EVB), fri energistörning (FEP) och linjär interaktionsenergi (LIE), såväl som, på senare tid, även beräkningar av vägintegral med hjälp av den klassiska halveringskvantvägen (BQCP) närma sig.
Metoderna som programmet är specialiserade på kan ge tillbaka kvantitativa beräkningar av energibalansen som uppstår i proteiner och nukleinsyror . Det kan ge insikter i centrala problem inom biokemi såsom, energiska detaljer om delar av translationsmekanismen i mitokondriella ribosomer (Lind et al. 2013), eller detaljer i enzymatiska reaktioner (Mones et al. 2013), bland annat.
Programmet liknar GROMACS genom att vara kraftfälts-agnostiskt, vilket innebär att det inte tillhandahåller något kraftfält, utan snarare kan använda vanliga kraftfält som CHARMM , AMBER , OPLS och GROMOS .
Programvaran tillhandahåller ett huvudverktyg för molekylär dynamik som kallas qdyn , och olika underprogram som qprep (för att förbereda indatafiler från röntgenkoordinater), qfep (för att bearbeta MD-beräkningar för FEP) och andra.
Allmänt kommando för att köra
Det allmänna kommandot för att köra Q är mycket likt det för andra MD-program och dess syntax för en dynamikkörning är som följer:
qdyn inputfile.inp > outputfile.out
qdyn – Detta är namnet på huvudprogrammet som kör dynamik.
inputfile.inp – Detta är en textfil som specificerar alla alternativ för programmet, såsom hur långa simuleringen är och tidsstegen, vilken temperatur som simuleras och många andra.
filename.out – Detta är utdatafilen som ger en detaljerad redogörelse för de energiska resultaten. Informationsgraden i utdatafilen kontrolleras i indatafilen. Resultatet lägger tonvikten på att rapportera om icke-bundna interaktioner såsom van der Waals kraft och elektrostatiska interaktioner i detalj på lösningsmedlet , lösningen och interaktionerna mellan dem .
Se även
- Marelius J., Kolmodin K., Feierberg I. och Åqvist J., (1998). "Fråga: A Molecular Dynamics Program for Free Energy Calculations and Empirical Valence Bond Simulations in Biomolecular Systems", Journal of Molecular Graphics and Modeling , 16 , 213-225.
- Lind C., Sund J. och Åqvist J., (2013). "Codon-avläsningsspecifikationer för mitokondriella frisättningsfaktorer och translationsterminering vid icke-standardiserade stoppkodon", Nature Communications , 4 ,2940.
- Mones L., Tang W., och Florian J., (2013). "Empiriska valensbindningssimuleringar av den kemiska mekanismen av ATP till cAMP-omvandling genom anthraxödemfaktor", Biochemistry', 52 , 2672-2682.