Prp24
Prp24 ( prekursor R NA- bearbetning , gen 24 ) är en proteindel av pre-budbärar-RNA- splitsningsprocessen och hjälper till att binda U6 snRNA till U4 snRNA under bildandet av spliceosomer . Finns i eukaryoter från jäst till E. coli , svampar och människor, Prp24 upptäcktes ursprungligen vara en viktig del av RNA-skarvning 1989. Mutationer i Prp24 upptäcktes senare 1991 för att undertrycka mutationer i U4 som resulterade i köldkänsliga stammar av jäst, vilket indikerar dess inblandning i reformeringen av U4/U6-duplexet efter de katalytiska stegen med skarvning.
Biologisk roll
Processen för spliceosombildning involverar U4 och U6 snRNPs som associerar och bildar en di-snRNP i cellkärnan . Denna di-snRNP rekryterar sedan en annan medlem ( U5 ) för att bli en tri-snRNP. U6 måste då dissociera från U4 för att binda till U2 och bli katalytiskt aktiv. När skarvningen har gjorts måste U6 dissociera från spliceosomen och binda tillbaka till U4 för att starta om cykeln.
Prp24 har visats främja bindningen av U4 och U6 snRNPs. Att ta bort Prp24 resulterar i ackumulering av fritt U4 och U6, och den efterföljande tillsatsen av Prp24 regenererar U4/U6 och minskar mängden fritt U4 och U6. Naken U6 snRNA är mycket kompakt och har lite utrymme att bilda baspar med annat RNA. Men när U6 snRNP associerar med proteiner som Prp24 är strukturen mycket mer öppen, vilket underlättar bindningen till U4. Prp24 finns inte i själva U6/U4-duplexet, och det har föreslagits att Prp24 måste lämna komplexet för att korrekta baspar ska bildas. Det har också föreslagits att Prp24 kan spela en roll för att destabilisera U4/U6 för att U6 ska para ihop baser med U2.
Strukturera
Prp24 har en molekylvikt på 50 kDa och har visats innehålla fyra RNA-igenkänningsmotiv ( RRM) och en konserverad 12-aminosyrasekvens vid C-terminalen . RRM 1 och 2 har visat sig vara viktiga för högaffinitetsbindning av U6, medan RRM 3 och 4 binder vid lägre affinitetsställen på U6. De första tre RRM:erna interagerar i stor utsträckning med varandra och innehåller kanoniska veck som innehåller ett fyrsträngat beta-ark och två alfa-helixar . Den elektropositiva ytan av RRMs 1 och 2 är en RNA- annealingsdomän medan klyftan mellan RRMs 1 och 2 inklusive beta-arkytan av RRM2 är ett sekvensspecifikt RNA-bindningsställe. Det C-terminala motivet krävs för association med LSm- proteiner och bidrar till substrat (U6) bindning och inte den katalytiska splitsningshastigheten.
Interaktioner
Prp24 interagerar med U6 snRNA via dess RRM. Det har visats genom kemisk modifieringstestning att nukleotiderna 39–57 av U6 (särskilt 40–43) är involverade i bindning av Prp24.
LSm-proteinerna är i en konsekvent konfiguration på U6 RNA. [ förtydligande behövs ] Det har föreslagits att LSm-proteinerna och Prp24 interagerar både fysiskt och funktionellt och det C-terminala motivet av Prp24 är viktigt för denna interaktion. Bindningen av Prp24 till U6 förstärks av bindningen av Lsm-proteiner till U6, liksom bindningen av U4 och U6. Det avslöjades med elektronmikroskopi att Prp24 kan interagera med LSm-proteinringen vid LSm2.
Homologer
Prp24 har en human homolog , SART3 . SART3 är ett tumöravstötningsantigen (SART3 står för " s quamous cell carcinoma a ntigen r ecognized by T -celler, gen 3 ). RRM 1 och 2 i jäst liknar RRM i human SART3. Den C-terminala domänen är också mycket hög konserverat från jäst till människor. Detta protein, liksom Prp24, interagerar med LSm-proteinerna för återvinning av U6 till U4/U6 snRNP. Det har föreslagits att SART3 riktar U6 till en Cajal-kropp eller en nukleär inneslutning som plats för montering av U4/U6 snRNP SART3 är lokaliserad på kromosom 12 , och en mutation är sannolikt orsaken till spridd ytlig aktinisk porokeratos .
externa länkar
- Biologiska vetenskaper vid Lancaster University Förklaring av pre-mRNA splitsning