PreQ1-III riboswitch

Konsensus sekundär struktur för PreQ ₁ -III riboswitchar, baserad på tidigare data än en tidigare publicerad skildring. Den strukturella betydelsen av parningsinteraktionen märkt "pseudoknot eller alternativ stam" är för närvarande okänd. P1-stammen är ovanligt rik på A- och U-nukleotider, men stöds av experimentella data.

PreQ1-III riboswitch är en klass av riboswitch som binder pre-queuosine ₁ (PreQ ₁ ), en föregångare till den modifierade nukleosiden queuosine . PreQ ₁ -III riboswitchar är den tredje klassen av riboswitchar som har upptäckts som känner av denna ligand och är strukturellt skilda från preQ ₁ -I och preQ ₁ -II riboswitchar. De flesta sekvenserade exemplen på preQ ₁ -III riboswitch erhålls från oodlade metagenomprover , men de få exemplen i odlade organismer finns i stammar som är kända för eller misstänks vara Faecalibacterium prausnitzii , en art av Gram-positiva Clostridia . Kända exempel på preQ ₁ -III riboswitchar finns uppströms om queT- gener, som förväntas koda för transportörer av ett queuosinderivat. De andra två kända klasserna av preQ ₁ -riboswitchar finns också vanligtvis uppströms om queT -gener.

Atomupplösningsstrukturen för en preQ1-III riboswitch har lösts genom röntgenkristallografi.