Peptidbibliotek

Ett peptidbibliotek . är ett verktyg för att studera proteiner Peptidbibliotek innehåller ett stort antal peptider som har en systematisk kombination av aminosyror . Vanligtvis syntetiseras peptidbiblioteket på en fast fas, mestadels på harts , som kan göras som en plan yta eller pärlor. Peptidbiblioteket tillhandahåller ett kraftfullt verktyg för läkemedelsdesign , protein-protein-interaktioner och andra biokemiska och farmaceutiska tillämpningar.

Syntetiska peptidbibliotek syntetiseras utan att använda fag eller andra biologiska system. Åtminstone fem subtyper av dessa bibliotek existerar, och den utmärkande egenskapen är syntesmetoden för varje bibliotek. Undertyperna är (1) överlappande peptidbibliotek, (2) trunkeringspeptidbibliotek, (3) slumpmässiga bibliotek, (4) alaninskanningsbibliotek och (5) positionella eller förvrängda peptidbibliotek.

Det praktiska med denna form av peptidsyntes är begränsad eftersom peptidkedjelängden är begränsad till cirka 70 aminosyror. Detta gör den olämplig för studier av större proteiner. För 20 aminosyror resulterar detta i en övre gräns på 20 ⁷⁰ möjliga kombinationer, utan hänsyn till mängden tillgängliga aminosyror med förinstallerade post-translationella modifieringar . Från detta stora antal totala kombinationer kan omfattningen av peptidbiblioteket begränsas för ett mer specifikt syfte genom att välja vilka aminosyror som önskas vid varje punkt i kedjan.

Till exempel: en peptidkedja med 10 rester i längd som används i nativ kemisk ligering med ett större rekombinant uttryckt protein.

• Rest 1: alanin
• Rest 2: en av glutamin , glycin , arginin , glutaminsyra , serin eller metionin
• Rest 3: någon av de 20 aminosyrorna
• Rest 4: acetyllysin
• Rest 5: alanin
• Rest 6: isoleucin
• Rest 7: asparaginsyra
• Rest 8: fenylalanin
• Rest 9: acetyllysin
• Rest 10: arginin med den karboxiterminala tioestern

Med 7 möjligheter vid rest 2 och 20 möjligheter vid rest 3, skulle summan vara $20\x7$ eller 140 olika polypeptider i biblioteket.

Detta peptidbibliotek skulle vara användbart för att analysera effekten av den post-translationella modifieringsacetyleringen på lysin som neutraliserar den positiva laddningen. Om du har biblioteket med olika peptider vid rest 2 och 3 kan du se om någon förändring i kemiska egenskaper i den N-terminala svansen av det ligerade proteinet gör proteinet mer användbart eller användbart på ett annat sätt.

Stora slumpmässiga peptidbibliotek används ofta för syntes av vissa peptidmolekyler, såsom ultrastora kemiska bibliotek för upptäckt av peptidbindare med hög affinitet, och en ökning av biblioteksstorleken påverkar allvarligt parametrar, såsom syntesskalan, antal biblioteksmedlemmar, sekvensdekonvolutionen och peptidstrukturförklaring. Så för att möta dessa tekniska utmaningar föreslås en algoritmstödd metod för peptidbiblioteksdesign baserad på molekylmassa och aminosyradiversitet för att förenkla den mödosamma permutationsidentifieringen i komplexa blandningar, när masspektrometri används, genom att undvika massredundans.

Vissa företag, som Pepscan och GenScript, tillverkar skräddarsydda peptidbibliotek.

Vidare läsning

• Peptidbibliotek på pbcpeptide.com