PNKP

PNKP
Tillgängliga strukturer
PDB	Ortologisk sökning:
Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, EIEE10, MCSZ, PNK, AOA4, polynukleotidkinas 3'-fosfatas, CMT2B2
Externa ID: n
Genplacering ( Human )
Chr.
Slutet
Genplacering ( Mus )
Chr.
Slutet
RNA uttrycksmönster
Genontologi
Molekylär funktion
Cellkomponent
Biologisk process
	Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer
	Wikidata
Visa/redigera människa	Visa/redigera mus

Bifunktionellt polynukleotidfosfatas/kinas är ett enzym som hos människor kodas av PNKP -genen . En detaljerad strukturell studie av det kristalliserade musproteinet undersökte både 5'-polynukleotidkinas- och 3'-polynukleotidfosfatasaktiviteterna. Ytterligare egenskaper hos peptidsekvensen inkluderar en forkhead association (FHA) domän, ATP-bindningsställe och nukleära och mitokondriella lokaliseringssekvenser.

Interaktioner

PNKP har visats interagera med DNA-polymeras beta och XRCC1 .

Roll i neurologisk sjukdom

Den mänskliga genen som kodar för PNKP observerades vara muterad hos patienter med mikrocefali, anfall och defekter i DNA-reparation. En typ av recessiv ataxi är också associerad med PNKP-mutationer. Det finns också nyligen karakteriserade patologiska varianter av PNKP. Modellorganismer som möss och Drosophila har använts för att generera ytterligare insikter.

Vidare läsning

Whitehouse CJ, Taylor RM, Thistlethwaite A, Zhang H, Karimi-Busheri F, Lasko DD, Weinfeld M, Caldecott KW (2001). "XRCC1 stimulerar human polynukleotidkinasaktivitet vid skadade DNA-terminaler och påskyndar reparation av DNA-enkelsträngsbrott" . Cell . 104 (1): 107–17. doi : 10.1016/S0092-8674(01)00195-7 . PMID 11163244 . S2CID 1487128 .
Chappell C, Hanakahi LA, Karimi-Busheri F, Weinfeld M, West SC (2002). "Involvering av humant polynukleotidkinas i dubbelsträngsbrottsreparation genom icke-homolog ändfogning" . EMBO J . 21 (11): 2827–32. doi : 10.1093/emboj/21.11.2827 . PMC 126026 . PMID 12032095 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, Derge JG, Klausner RD, Collins FS, Wagner L, Shenmen CM, Schuler GD, Altschul SF, Zeeberg B, Buetow KH, Schaefer CF, Bhat NK, Hopkins RF, Jordan H, Moore T , Max SI, Wang J, Hsieh F, Diatchenko L, Marusina K, Farmer AA, Rubin GM, Hong L, Stapleton M, Soares MB, Bonaldo MF, Casavant TL, Scheetz TE, Brownstein MJ, Usdin TB, Toshiyuki S, Carninci P, Prange C, Raha SS, Loquellano NA, Peters GJ, Abramson RD, Mullahy SJ, Bosak SA, McEwan PJ, McKernan KJ, Malek JA, Gunaratne PH, Richards S, Worley KC, Hale S, Garcia AM, Gay LJ, Hulyk SW, Villalon DK, Muzny DM, Sodergren EJ, Lu X, Gibbs RA, Fahey J, Helton E, Ketteman M, Madan A, Rodrigues S, Sanchez A, Whiting M, Madan A, Young AC, Shevchenko Y, Bouffard GG , Blakesley RW, Touchman JW, Green ED, Dickson MC, Rodriguez AC, Grimwood J, Schmutz J, Myers RM, Butterfield YS, Krzywinski MI, Skalska U, Smailus DE, Schnerch A, Schein JE, Jones SJ, Marra MA (2002) ). "Generering och initial analys av mer än 15 000 fullängds human- och mus-cDNA-sekvenser" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Mani RS, Karimi-Busheri F, Fanta M, Cass CE, Weinfeld M (2003). "Spektroskopiska studier av DNA och ATP-bindning till humant polynukleotidkinas: bevis för ett ternärt komplex". Biokemi . 42 (41): 12077–84. doi : 10.1021/bi030127b . PMID 14556639 .
Loizou JI, El-Khamisy SF, Zlatanou A, Moore DJ, Chan DW, Qin J, Sarno S, Meggio F, Pinna LA, Caldecott KW (2004). "Proteinkinaset CK2 underlättar reparation av kromosomala DNA enkelsträngsbrott" . Cell . 117 (1): 17–28. doi : 10.1016/S0092-8674(04)00206-5 . PMID 15066279 . S2CID 8592154 .
Colland F, Jacq X, Trouplin V, Mougin C, Groizeleau C, Hamburger A, Meil A, Wojcik J, Legrain P, Gauthier JM (2004). "Funktionell proteomikkartläggning av en mänsklig signalväg" . Genome Res . 14 (7): 1324–32. doi : 10.1101/gr.2334104 . PMC 442148 . PMID 15231748 .
Wiederhold L, Leppard JB, Kedar P, Karimi-Busheri F, Rasouli-Nia A, Weinfeld M, Tomkinson AE, Izumi T, Prasad R, Wilson SH, Mitra S, Hazra TK (2004). "AP-endonukleas-oberoende DNA-basexcisionsreparation i mänskliga celler" . Mol. Cell . 15 (2): 209–20. doi : 10.1016/j.molcel.2004.06.003 . PMID 15260972 .
Koch CA, Agyei R, Galicia S, Metalnikov P, O'Donnell P, Starostine A, Weinfeld M, Durocher D (2004). "Xrcc4 kopplar fysiskt DNA-ändbearbetning av polynukleotidkinas till DNA-ligering med DNA-ligas IV" . EMBO J . 23 (19): 3874–85. doi : 10.1038/sj.emboj.7600375 . PMC 522785 . PMID 15385968 .
Andersen JS, Lam YW, Leung AK, Ong SE, Lyon CE, Lamond AI, Mann M (2005). "Nukleolär proteomdynamik". Naturen . 433 (7021): 77–83. Bibcode : 2005Natur.433...77A . doi : 10.1038/nature03207 . PMID 15635413 . S2CID 4344740 .
Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (2005). "Mot en proteomskalakarta över det mänskliga protein-proteininteraktionsnätverket". Naturen . 437 (7062): 1173–8. Bibcode : 2005Natur.437.1173R . doi : 10.1038/nature04209 . PMID 16189514 . S2CID 4427026 .
Audebert M, Salles B, Weinfeld M, Calsou P (2006). "Involvering av polynukleotidkinas i en poly(ADP-ribos) polymeras-1-beroende dubbelsträngad DNA bryter återföreningsvägen". J. Mol. Biol . 356 (2): 257–65. doi : 10.1016/j.jmb.2005.11.028 . PMID 16364363 .
Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (2006). "Global, in vivo och platsspecifik fosforyleringsdynamik i signalnätverk" . Cell . 127 (3): 635–48. doi : 10.1016/j.cell.2006.09.026 . PMID 17081983 . S2CID 7827573 .
Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). "Storskalig kartläggning av interaktioner mellan humant protein och protein genom masspektrometri" . Mol. Syst. Biol . 3 (1): 89. doi : 10.1038/msb4100134 . PMC 1847948 . PMID 17353931 .
Karimi-Busheri F, Rasouli-Nia A, Allalunis-Turner J, Weinfeld M (2007). "Humant polynukleotidkinas deltar i reparation av DNA-dubbelsträngsbrott genom icke-homolog ändfogning men inte homolog rekombination" . Cancer Res . 67 (14): 6619–25. doi : 10.1158/0008-5472.CAN-07-0480 . PMID 17638872 .
Mani RS, Fanta M, Karimi-Busheri F, Silver E, Virgen CA, Caldecott KW, Cass CE, Weinfeld M (2007). "XRCC1 stimulerar polynukleotidkinas genom att förbättra dess skadediskriminering och förskjutning från DNA-reparationsintermediärer" . J. Biol. Chem . 282 (38): 28004–13. doi : 10.1074/jbc.M704867200 . PMID 17650498 .