Operativ taxonomisk enhet
En operationell taxonomisk enhet ( OTU ) är en operationell definition som används för att klassificera grupper av närbesläktade individer. Termen introducerades ursprungligen 1963 av Robert R. Sokal och Peter HA Sneath i samband med numerisk taxonomi , där en "operativ taxonomisk enhet" helt enkelt är den grupp av organismer som för närvarande studeras. I denna mening är en OTU en pragmatisk definition för att gruppera individer efter likhet, likvärdig med men inte nödvändigtvis i linje med klassisk Linnésk taxonomi eller modern evolutionär taxonomi .
Nuförtiden används emellertid termen "OTU" ofta i ett annat sammanhang och hänvisar till kluster av (oodlade eller okända) organismer, grupperade efter DNA-sekvenslikhet för en specifik taxonomisk markörgen (ursprungligen myntad som mOTU; molekylär OTU). Med andra ord är OTU:er pragmatiska proxyer för " arter " (mikrobiell eller metazoan ) på olika taxonomiska nivåer, i avsaknad av traditionella system för biologisk klassificering som är tillgängliga för makroskopiska organismer. Under flera år har OTU:er varit de vanligaste mångfaldsenheterna, särskilt när man analyserar små subenheter 16S (för prokaryoter) eller 18S rRNA (för eukaryoter) markörgensekvensdataset.
Sekvenser kan klustras enligt deras likhet med varandra, och operativa taxonomiska enheter definieras utifrån likhetströskeln (vanligtvis 97% likhet, men också 100% likhet är vanligt, även känd som enstaka varianter) som fastställts av forskaren . Det är fortfarande diskutabelt hur väl denna vanligt använda metod återskapar sann mikrobiella arters fylogeni eller ekologi. Även om OTU:er kan beräknas på olika sätt när man använder olika algoritmer eller trösklar, har ny forskning av Schmidt et al. (2014) visade att mikrobiella OTU:er i allmänhet var ekologiskt konsekventa över livsmiljöer och flera OTU-klustringsmetoder. Antalet definierade OTU:er kan ökas på grund av fel i DNA-sekvensering.
OTU-klassificeringsmetoder
- Hierarkiska klustringsalgoritmer (HCA): uclust & cd-hit & ESPRIT
- Bayesiansk klustring : SKÖDA
Se även
Vidare läsning
- Chen, W.; Zhang, CK; Cheng, Y.; Zhang, S.; Zhao, H. (2013). " En jämförelse av metoder för att gruppera 16S rRNA-sekvenser i OTUs " . PLOS ETT . 8 (8): e70837. Bibcode : 2013PLoSO...870837C . doi : 10.1371/journal.pone.0070837 . PMC 3742672 . PMID 23967117 .