OpenMS Proteomics Pipeline

OpenMS Proteomics Pipeline (TOPP) är en uppsättning beräkningsverktyg som kan kedjas samman för att skräddarsy problemspecifika analyspipelines för HPLC-MS-data. Det omvandlar det mesta av OpenMS- funktionaliteten till små kommandoradsverktyg som är byggstenarna för mer komplexa analyspipelines. Funktionaliteten hos verktygen sträcker sig från dataförbearbetning (filformatkonvertering , baslinjereduktion, brusreducering, toppplockning, kartjustering,...) över kvantifiering (isotopmärkt och etikettfri) till identifiering (omslagsverktyg för Mascot , Sequest , InsPecT och OMSSA ).

TOPP utvecklas i grupperna av prof. Knut Reinert [1] vid Free University of Berlin och i gruppen av prof. Kohlbacher [2] vid universitetet i Tübingen .

För mer detaljerad information om TOPP-verktygen, se TOPP- dokumentationen för den senaste utgåvan och TOPP-publikationen i referenserna.

OpenMS Proteomics Pipeline är fri programvara som släpps under 3-klausulen BSD-licens .

•   Sturm, Marc; Bertsch, Andreas; Gröpl, Clemens; Hildebrandt, Andreas; Hussong, Rene; Lange, Eva; Pfeifer, Nico; Schulz-Trieglaff, Ole; Zerck, Alexandra; Reinert, Knut; Kohlbacher, Oliver (december 2008). "OpenMS – Ett ramverk för öppen källkod för masspektrometri" . BMC Bioinformatik . 9 (1): 163. doi : 10.1186/1471-2105-9-163 . PMC 2311306 .
• Kohlbacher, O.; Reinert, K.; Gropl, C.; Lange, E.; Pfeifer, N.; Schulz-Trieglaff, O.; Sturm, M. (15 januari 2007). "TOPP - OpenMS proteomics pipeline" . Bioinformatik . 23 (2): e191–e197. doi : 10.1093/bioinformatics/btl299 .