SÖKNING
| Originalförfattare | Jimmy Eng, Ashley McCormack och John Yates |
|---|---|
| Operativ system | Windows, Linux |
| Typ | Proteinidentifiering |
| Licens | proprietär (algoritm som omfattas av amerikanska patent 6 017 693 och 5 538 897 och ett europeiskt patent) |
| Hemsida | Thermo , Yates' Lab , UWPR |
SEQUEST är ett tandemmasspektrometridataanalysprogram som används för proteinidentifiering. SEQUEST identifierar samlingar av tandemmasspektra till peptidsekvenser som har genererats från databaser med proteinsekvenser .
Algoritm
SEQUEST identifierar varje tandemmasspektrum individuellt. Programvaran utvärderar proteinsekvenser från en databas för att beräkna listan över peptider som kan resultera från var och en. Peptidens intakta massa är känd från masspektrumet, och SEQUEST använder denna information för att bestämma uppsättningen av kandidatpeptidsekvenser som på ett meningsfullt sätt skulle kunna jämföras med spektrumet genom att endast inkludera de nära massan av den observerade peptidjonen. För varje kandidatpeptid projicerar SEQUEST ett teoretiskt tandemmasspektrum och SEQUEST jämför dessa teoretiska spektra med det observerade tandemmasspektrumet genom att använda korskorrelation . Kandidatsekvensen med det bästa matchande teoretiska tandemmasspektrumet rapporteras som den bästa identifieringen för detta spektrum.