NDUFA13
| NDUFA13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifiers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , B16.6, CDA016, GRIM-19, GRIM19, CGI-39, NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A13, MC1DN28 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External IDs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NADH dehydrogenas [ubiquinone] 1 alfa subkomplex subenhet 13 är ett enzym som hos människor kodas av NDUFA13 -genen . NDUFA13-proteinet är en underenhet av NADH-dehydrogenas (ubiquinon), som är beläget i mitokondriernas inre membran och är det största av de fem komplexen i elektrontransportkedjan .
Strukturera
NDUFA13-genen är belägen på p-armen av kromosom 19 i position 13.2 och spänner över 11 995 baspar. Genen producerar ett 17 kDa protein som består av 144 aminosyror . NDUFA13 är en subenhet av enzymet NADH-dehydrogenas (ubiquinon), den största av andningskomplexen. Strukturen är L-formad med en lång, hydrofob transmembrandomän och en hydrofil domän för den perifera armen som inkluderar alla kända redoxcentra och NADH-bindningsstället. Det har noterats att den N-terminala hydrofoba domänen har potential att vikas till en alfaspiral som spänner över det inre mitokondriella membranet med en C-terminal hydrofil domän som interagerar med klotformiga subenheter av komplex I. Den mycket konserverade tvådomänstrukturen tyder på att denna egenskap är kritisk för proteinfunktionen och att den hydrofoba domänen fungerar som ett ankare för NADH-dehydrogenas (ubiquinon) -komplexet vid det inre mitokondriella membranet. NDUFA13 är en av cirka 31 hydrofoba subenheter som bildar den transmembrana regionen av komplex I, men det är en accessorisk subenhet som tros inte vara involverad i katalys. Den förutsagda sekundära strukturen är i första hand alfahelix, men den karboxiterminala halvan av proteinet har hög potential att anta en spiralformad spiral. Den aminoterminala delen innehåller ett förmodat betaark rikt på hydrofoba aminosyror som kan fungera som mitokondriell importsignal.
Fungera
Den mänskliga NDUFA13-genen kodar för en subenhet av komplex I i andningskedjan , som överför elektroner från NADH till ubikinon . NADH binder till komplex I och överför två elektroner till isoalloxazinringen i flavinmononukleotidprotesarmen (FMN) för att bilda FMNH2 . Elektronerna överförs genom en serie järn-svavel (Fe-S) kluster i protesarmen och slutligen till koenzym Q10 (CoQ), som reduceras till ubiquinol (CoQH 2 ). Flödet av elektroner ändrar proteinets redoxtillstånd, vilket resulterar i en konformationsförändring och pK- förskjutning av den joniserbara sidokedjan, som pumpar ut fyra vätejoner från mitokondriernas matris.
NDUFA13 har ett homologt protein känt som GRIM-19 , ett celldödsreglerande protein. Det är involverat i interferon /all-trans-retinsyra (IFN/RA) inducerad celldöd. Denna form av apoptotisk aktivitet hämmas av interaktion med viral IRF1 . GRIM-19 förhindrar transaktivering av signalomvandlare och aktivator av transkription 3 (STAT3) målgener men inte andra STAT-familjemedlemmar.
Klinisk signifikans
Det homologa proteinet till NDUFA13, GRIM-19, kan spela en roll vid Crohns sjukdom (CD), en inflammatorisk tarmsjukdom (IBD) som kännetecknas av kronisk inflammation i tarmepitelet. Dess uttryck minskar i den inflammerade slemhinnan hos patienter med dessa sjukdomar. Nukleotidbindande oligomeriseringsdomän-innehållande protein 2 (NOD2), även känt som kaspasrekryteringsdomän-innehållande protein 15 (CARD15) eller inflammatorisk tarmsjukdom protein 1 (IBD1), fungerar som en cytosolisk patogenigenkänningsmolekyl för däggdjur och spelar en antibakteriell roll genom att begränsa överlevnaden av intracellulära invasiva bakterier. GRIM-19 fungerar som en nedströms antibakteriell effektor i CARD15-medierade medfödda slemhinnesvar genom att reglera tarmepitelcellers svar på mikrober. Efter NOD2-medierad igenkänning av bakteriell muramyldipeptid krävs GRIM-19 för NF-KB- aktivering, en nyckelkomponent för att reglera immunsvaret på infektion.
Interaktioner
NDUFA13 har visat sig interagera med STAT3 .
Vidare läsning
- Lai CH, Chou CY, Ch'ang LY, Liu CS, Lin W (2000). "Identifiering av nya mänskliga gener evolutionärt konserverade i Caenorhabditis elegans genom jämförande proteomik" . Genome Res . 10 (5): 703–13. doi : 10.1101/gr.10.5.703 . PMC 310876 . PMID 10810093 .
- Chidambaram NV, Angell JE, Ling W, Hofmann ER, Kalvakolanu DV (2000). "Kromosomal lokalisering av mänsklig GRIM-19, en ny IFN-beta och retinsyraaktiverad regulator av celldöd". J. Interferon Cytokine Res . 20 (7): 661–5. doi : 10.1089/107999000414844 . PMID 10926209 .
- Hu RM, Han ZG, Song HD, Peng YD, Huang QH, Ren SX, Gu YJ, Huang CH, Li YB, Jiang CL, Fu G, Zhang QH, Gu BW, Dai M, Mao YF, Gao GF, Rong R , Ye M, Zhou J, Xu SH, Gu J, Shi JX, Jin WR, Zhang CK, Wu TM, Huang GY, Chen Z, Chen MD, Chen JL (2000). "Genuttrycksprofilering i den mänskliga hypotalamus-hypofys-binjureaxeln och cDNA-kloning i full längd" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 97 (17): 9543–8. Bibcode : 2000PNAS...97.9543H . doi : 10.1073/pnas.160270997 . PMC 16901 . PMID 10931946 .
- Fearnley IM, Carroll J, Shannon RJ, Runswick MJ, Walker JE, Hirst J (2001). "GRIM-19, en celldödsreglerande genprodukt, är en subenhet av bovint mitokondriellt NADH:ubikinonoxidoreduktas (komplex I)" . J. Biol. Chem . 276 (42): 38345–8. doi : 10.1074/jbc.C100444200 . PMID 11522775 .
- Seo T, Lee D, Shim YS, Angell JE, Chidambaram NV, Kalvakolanu DV, Choe J (2002). "Viral interferon regulatorisk faktor 1 av Kaposis sarkom-associerade herpesvirus interagerar med en celldödsregulator, GRIM19, och hämmar interferon/retinsyra-inducerad celldöd" . J. Virol . 76 (17): 8797–807. doi : 10.1128/JVI.76.17.8797-8807.2002 . PMC 136415 . PMID 12163600 .
- Murray J, Zhang B, Taylor SW, Oglesbee D, Fahy E, Marusich MF, Ghosh SS, Capaldi RA (2003). "Underenhetssammansättningen av det humana NADH-dehydrogenaset som erhålls genom snabb immunrening i ett steg" . J. Biol. Chem . 278 (16): 13619–22. doi : 10.1074/jbc.C300064200 . PMID 12611891 .
- Lufei C, Ma J, Huang G, Zhang T, Novotny-Diermayr V, Ong CT, Cao X (2003). "GRIM-19, en dödsreglerande genprodukt, undertrycker Stat3-aktivitet via funktionell interaktion" . EMBO J . 22 (6): 1325–35. doi : 10.1093/emboj/cdg135 . PMC 151078 . PMID 12628925 .
- Zhang J, Yang J, Roy SK, Tininini S, Hu J, Bromberg JF, Poli V, Stark GR, Kalvakolanu DV (2003). "Celldödsregulatorn GRIM-19 är en hämmare av signalgivare och aktivator av transkription 3" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 100 (16): 9342–7. Bibcode : 2003PNAS..100.9342Z . doi : 10.1073/pnas.1633516100 . PMC 170920 . PMID 12867595 .
- Lehner B, Sanderson CM (2004). "En proteininteraktionsram för nedbrytning av humant mRNA" . Genome Res . 14 (7): 1315–23. doi : 10.1101/gr.2122004 . PMC 442147 . PMID 15231747 .
- Suzuki Y, Yamashita R, Shirota M, Sakakibara Y, Chiba J, Mizushima-Sugano J, Nakai K, Sugano S (2004). "Sekvensjämförelse av mänskliga och musgener avslöjar en homolog blockstruktur i promotorregionerna" . Genome Res . 14 (9): 1711–8. doi : 10.1101/gr.2435604 . PMC 515316 . PMID 15342556 .
- Barnich N, Hisamatsu T, Aguirre JE, Xavier R, Reinecker HC, Podolsky DK (2005). "GRIM-19 interagerar med nukleotidoligomeriseringsdomän 2 och fungerar som nedströms effektor av antibakteriell funktion i tarmepitelceller" . J. Biol. Chem . 280 (19): 19021–6. doi : 10.1074/jbc.M413776200 . PMID 15753091 .
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (2005). "Mot en proteomskalakarta över det mänskliga protein-proteininteraktionsnätverket". Naturen . 437 (7062): 1173–8. Bibcode : 2005Natur.437.1173R . doi : 10.1038/nature04209 . PMID 16189514 . S2CID 4427026 .
- Huang G, Chen Y, Lu H, Cao X (2007). "Koppla mitokondriell andningskedja till celldöd: en viktig roll för mitokondriellt komplex I i interferon-beta och retinsyra-inducerad cancercelldöd" . Celldöd skiljer sig åt . 14 (2): 327–37. doi : 10.1038/sj.cdd.4402004 . PMID 16826196 .
- Vogel RO, Dieteren CE, van den Heuvel LP, Willems PH, Smeitink JA, Koopman WJ, Nijtmans LG (2007). "Identifiering av mitokondriella komplex I-sammansättningsmellanprodukter genom att spåra taggade NDUFS3 visar ingångspunkten för mitokondriella subenheter" . J. Biol. Chem . 282 (10): 7582–90. doi : 10.1074/jbc.M609410200 . PMID 17209039 .
Denna artikel innehåller text från United States National Library of Medicine, som är allmän egendom .