NCI-60
NCI -60 cancercellinjepanelen är en grupp av 60 humana cancercellinjer som används av National Cancer Institute (NCI) för screening av föreningar för att upptäcka potentiell anticanceraktivitet .
Syfte
Screeningproceduren kallas NCI-60 Human Tumor Cell Lines Screen , och det är en av Discovery & Development Services inom NCI:s Developmental Therapeutics Program (DTP). Screeningshastigheterna för varje cellinje ger den cytostatiska och cytotoxiska effekten av testade substanser.
På grund av mångfalden av cellinjerna är det möjligt att jämföra testade föreningar med deras effektmönster, hög korrelation som potentiellt motsvarar liknande effektmekanismer. En automatiserad jämförelse mot en databas med mer än 88 000 rena föreningar och mer än 34 000 råextrakt (den 6 januari 2017) tillhandahålls av verktyget COMPARE, som visar en lista över substanser rankade efter Pearsons korrelationskoefficienter för en given testsubstans .
Samma panel används i Molecular Target Program för karakterisering av molekylära mål. Mätningar inkluderar proteinnivåer, RNA-mätningar, mutationsstatus och enzymaktivitetsnivåer .
Celllinjer
Panelen innehåller cellinjer som representerar leukemi , melanom , icke-småcelligt lungkarcinom och cancer i hjärnan , äggstockarna , bröstet , tjocktarmen , njurarna och prostata .
13 ytterligare cellinjer utvärderas för användning i screeningprogrammet, bland dem två linjer som härrör från hittills inte representerat småcelligt lungkarcinom .
Alla cellinjer utom en (från och med den 6 januari 2017) är tillgängliga för andra laboratorier, inklusive de ytterligare cellinjerna.
Felidentifiering och felklassificering
Från och med millennieskiftet visade sig flera cellinjer vara felidentifierade eller felklassificerade vid undersökningstillfället eller tidigare:
MDA-MB-435 , ursprungligen klassificerad som bröstcancercellinje, identifierades som en melanomcellinje. När den undersöktes ytterligare, verkade nuvarande MDA-MB-435 härledas från samma individ som cellinje M14 . En undersökning av kloner gjorde klart att sammanblandningen med M14 skedde mycket tidigt i historien om MDA-MB-435, innan etableringen i Developmental Therapeutics Program.
NCI/ADR-RES , ursprungligen klassificerad som bröstcancercellinje, identifierades som en äggstockstumörcellinje. NCI/ADR-RES verkar ha härletts vid någon tidpunkt från cellinjen OVCAR-8 . Ursprungligen benämndes cellinjen MCF-7/ADR-RES ; det döptes om tillsammans med ändringen i klassificeringen.
Två hjärncancercellinjer, SNB-19 och U251 , upptäcktes komma från samma person. Detta gör en sammanblandning trolig.
En 61:a cellinje, MDA-N , har bekräftats vara härledd från den felklassificerade MDA-MB-435-cellinjen. Så det är också felklassificerat, eftersom det egentligen är en melanomcellinje, men från och med den 6 januari 2018 listar den officiella webbplatsen den fortfarande som bröstcancercellinje. Denna cellinje är inte tillgänglig den 6 januari 2018.
International Cell Line Authentication Committee upprätthåller en lista över kontaminerade cellinjer . Det inkluderar cellinjerna som rapporterats ovan, men vanligtvis med rapporteringsdatum och artiklar som är betydligt senare än de första datumen och artiklar som ger upphov till specifik oro angående respektive cellinje.
Fortsatt användning av felaktig klassificering
Från och med 2014 använder hundratals forskningsstudier fortfarande MDA-MB-435 som modell för bröstcancer, även efter att den officiellt förklarades vara en melanomcellinje 2007, och till och med i högst rankade internationella peer-reviewade tidskrifter. Liknande är sant för andra felidentifierade cellinjer.
Lista över NCI-60 cellinjer
| Cellinje | Tumörklassificering | (Potentiellt) felidentifierad | Ursprunglig klassificering | Inte tillgänglig | Fördubblingstid (timmar) | Ympningsdensitet | Cellosaurus identifierare och länk | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CCRF-CEM | Leukemi | 26.7 | 40 000 | CCRF-CEM (RRID:CVCL_0207) | ||||||||||||
| HL-60(TB) | Leukemi | 28.6 | 40 000 | HL-60(TB) (RRID:CVCL_A794) | ||||||||||||
| K-562 | Leukemi | 19.6 | 5 000 | K-562 (RRID:CVCL_0004) | ||||||||||||
| MOLT-4 | Leukemi | 27,9 | 30 000 | MOLT-4 (RRID:CVCL_0013) | ||||||||||||
| RPMI-8226 | Leukemi | 33,5 | 20 000 | RPMI-8226 (RRID:CVCL_0014) | ||||||||||||
| SR-786 | Leukemi | 28.7 | 20 000 | SR (RRID:CVCL_1711) | ||||||||||||
| A549 | Icke-småcellig lunga | 22.9 | 7500 | A-549 (RRID:CVCL_0023) | ||||||||||||
| EKVX | Icke-småcellig lunga | 43,6 | 20 000 | EKVX (RRID:CVCL_1195) | ||||||||||||
| HOP-62 | Icke-småcellig lunga | 39 | 10 000 | HOP-62 (RRID:CVCL_1285) | ||||||||||||
| HOP-92 | Icke-småcellig lunga | 79,5 | 20 000 | HOP-92 (RRID:CVCL_1286) | ||||||||||||
| NCI-H226 | Icke-småcellig lunga | 61 | 20 000 | NCI-H226 (RRID:CVCL_1544) | ||||||||||||
| NCI-H23 | Icke-småcellig lunga | 33.4 | 20 000 | NCI-H23 (RRID:CVCL_1547) | ||||||||||||
| NCI-H322M | Icke-småcellig lunga | 35,3 | 20 000 | NCI-H322M (RRID:CVCL_1557) | ||||||||||||
| NCI-H460 | Icke-småcellig lunga | 17.8 | 7500 | NCI-H460 (RRID:CVCL_0459) | ||||||||||||
| NCI-H522 | Icke-småcellig lunga | 38,2 | 20 000 | NCI-H522 (RRID:CVCL_1567) | ||||||||||||
| COLO 205 | Kolon | 23.8 | 15 000 | COLO 205 (RRID:CVCL_0218) | ||||||||||||
| HCC-2998 | Kolon | 31,5 | 15 000 | HCC2998 (RRID:CVCL_1266) | ||||||||||||
| HCT116 | Kolon | 17.4 | 5 000 | HCT 116 (RRID:CVCL_0291) | ||||||||||||
| HCT-15 | Kolon | 20.6 | 10 000 | HCT 15 (RRID:CVCL_0292) | ||||||||||||
| HT-29 | Kolon | 19.5 | 5 000 | HT-29 (RRID:CVCL_0320) | ||||||||||||
| KM12 | Kolon | 23.7 | 15 000 | KM12 (RRID:CVCL_1331) | ||||||||||||
| SW-620 | Kolon | 20.4 | 10 000 | SW620 (RRID:CVCL_0547) | ||||||||||||
| SF-268 | CNS | 33.1 | 15 000 | SF268 (RRID:CVCL_1689) | ||||||||||||
| SF-295 | CNS | 29,5 | 10 000 | SF295 (RRID:CVCL_1690) | ||||||||||||
| SF-539 | CNS | 35,4 | 15 000 | SF539 (RRID:CVCL_1691) | ||||||||||||
| SNB-19 | CNS | ja | CNS | 34,6 | 15 000 | SNB-19 (RRID:CVCL_0535) | ||||||||||
| SNB-75 | CNS | 62,8 | 20 000 | SNB-75 (RRID:CVCL_1706) | ||||||||||||
| U251 | CNS | ja | CNS | 23.8 | 7500 | U-251MG (RRID:CVCL_0021) | ||||||||||
| LOX IMVI | Melanom | 20.5 | 7500 | LOX-IMVI (RRID:CVCL_1381) | ||||||||||||
| MALME-3M | Melanom | 46,2 | 20 000 | Malme-3M (RRID:CVCL_1438) | ||||||||||||
| M14 | Melanom | 26.3 | 15 000 | M14 (RRID:CVCL_1395) | ||||||||||||
| MDA-MB-435 | Melanom | ja | Bröst | 25.8 | 15 000 | MDA-MB-435 (RRID:CVCL_0417) | ||||||||||
| SK-MEL-2 | Melanom | 45,5 | 20 000 | SK-MEL-2 (RRID:CVCL_0069) | ||||||||||||
| SK-MEL-28 | Melanom | 35.1 | 10 000 | SK-MEL-28 (RRID:CVCL_0526) | ||||||||||||
| SK-MEL-5 | Melanom | 25.2 | 10 000 | SK-MEL-5 (RRID:CVCL_0527) | ||||||||||||
| UACC-257 | Melanom | 38,5 | 20 000 | UACC-257 (RRID:CVCL_1779) | ||||||||||||
| UACC-62 | Melanom | 31.3 | 10 000 | UACC-62 (RRID:CVCL_1780) | ||||||||||||
| IGROV-1 | Ovarial | 31 | 10 000 | IGROV-1 (RRID:CVCL_1304) | ||||||||||||
| OVCAR-3 | Ovarial | 34,7 | 10 000 | OVCAR-3 (RRID:CVCL_0465) | ||||||||||||
| OVCAR-4 | Ovarial | 41,4 | 15 000 | OVCAR-4 (RRID:CVCL_1627) | ||||||||||||
| OVCAR-5 | Ovarial | 48,8 | 20 000 | OVCAR-5 (RRID:CVCL_1628) | ||||||||||||
| OVCAR-8 | Ovarial | 26.1 | 10 000 | OVCAR-8 (RRID:CVCL_1629) | ||||||||||||
| NCI/ADR-RES (ursprungligen MCF-7/ADR-RES) | Ovarial | ja | Bröst | 34 | 15 000 | NCI-ADR-RES (RRID:CVCL_1452) | ||||||||||
| SK-OV-3 | Ovarial | 48,7 | 20 000 | SK-OV-3 (RRID:CVCL_0532) | ||||||||||||
| 786-O | Njur | 22.4 | 10 000 | 786-O (RRID:CVCL_1051) | ||||||||||||
| A498 | Njur | 66,8 | 25 000 | A-498 (RRID:CVCL_1056) | ||||||||||||
| ACHN | Njur | 27.5 | 10 000 | ACHN (RRID:CVCL_1067) | ||||||||||||
| CAKI-1 | Njur | 39 | 10 000 | Caki-1 (RRID:CVCL_0234) | ||||||||||||
| RXF 393 | Njur | 62,9 | 15 000 | RXF 393L (RRID:CVCL_1673) | ||||||||||||
| SN12C | Njur | 29,5 | 15 000 | SN12C (RRID:CVCL_1705) | ||||||||||||
| TK-10 | Njur | 51,3 | 15 000 | TK-10 (RRID:CVCL_1773) | ||||||||||||
| UO-31 | Njur | 41,7 | 15 000 | UO-31 (RRID:CVCL_1911) | ||||||||||||
| PC-3 | Prostata | 27.1 | 7500 | PC-3 (RRID:CVCL_0035) | ||||||||||||
| DU-145 | Prostata | 32.3 | 10 000 | DU145 (RRID:CVCL_0105) | ||||||||||||
| MCF7 | Bröst | 25.4 | 10 000 | MCF-7 (RRID:CVCL_0031) | ||||||||||||
| MDA-MB-231 | Bröst | 41,9 | 20 000 | MDA-MB-231 (RRID:CVCL_0062) | ||||||||||||
| MDA-MB-468 | Bröst | 62 | 2000 | MDA-MB-468 (RRID:CVCL_0419) | HS 578T | Bröst | 53,8 | 20 000 | Hs 578T (RRID:CVCL_0332) | |||||||
| MDA-N | Melanom | ja | Bröst | inte tillgänglig | 22.5 | 15 000 | MDA-N (RRID:CVCL_1910) | |||||||||
| BT-549 | Bröst | 53,9 | 20 000 | BT-549 (RRID:CVCL_1092) | ||||||||||||
| T-47D | Bröst | 45,5 | 20 000 | T-47D (RRID:CVCL_0553) |
Lista över ytterligare cellinjer
| Cellinje | Tumörklassificering | Arter | Ympningsdensitet | Cellosaurus identifierare och länk |
|---|---|---|---|---|
| LXFL 529 | Icke-småcellig lunga | mänsklig | 10 000 | LXFL 529L (RRID:CVCL_D085) |
| DMS 114 | Småcellig lunga | mänsklig | 20 000 | DMS 114 (RRID:CVCL_1174) |
| SHP-77 | Småcellig lunga | mänsklig | 40 000 | SHP-77 (RRID:CVCL_1693) |
| DLD-1 | Kolon | mänsklig | 50 000 | DLD-1 (RRID:CVCL_0248) |
| KM20L2 | Kolon | mänsklig | 10 000 | KM20L2 (RRID:CVCL_D889) |
| SNB-78 | CNS | mänsklig | 20 000 | SNB-78 (RRID:CVCL_B321) |
| XF 498 | CNS | mänsklig | 20 000 | XF 498 (RRID:CVCL_8928) |
| RPMI-7951 | Melanom | mänsklig | 20 000 | RPMI-7951 (RRID:CVCL_1666) |
| M19-MEL | Melanom | mänsklig | 10 000 | M19-MEL (RRID:CVCL_B415) |
| RXF-631 | Njur | mänsklig | 10 000 | RXF 631L (RRID:CVCL_A780) |
| SN12K1 | Njur | mänsklig | 10 000 | SN12K1 (RRID:CVCL_D106) |
| P388 | Leukemi | mus | 50 000 | P388 (RRID:CVCL_7222) |
| P388/ADR | Leukemi | mus | 50 000 | P388/ADR (RRID:CVCL_IZ75) |