Som ung löpare satte hon det fortfarande kvarstående amerikanska rekordet för 9-10-åriga flickor på 400 meter.
Henderson förberedde sig på Morse High School i San Diego '01. Hon är den enda fyrafaldiga 400 meter California State Champion i statens historia från 98–01. Vid 17 års ålder satte hon ett amerikanskt juniorklass, såväl som nationellt rekord för gymnasiet (sedan brutet), på 50,74 på 400 m vid CIF California State Meet . År 2000, fortfarande i gymnasiet, utsågs hon till USA:s olympiska friidrottslag. Vald som suppleant (Pool) för 4 × 400 m truppen men ställde inte upp. Det året utsågs hon till den nationella flickans "High School Athlete of the Year" av friidrottsnyheter .
Efter examen från gymnasiet 2001 accepterade hon ett stipendium för att gå på UCLA. Medan hon var på UCLA blev hon femfaldig Pac-10-mästare. 2004 blev hon tvåa vid NCAA-mästerskapen på 400 m. Nästa år blev hon 2005 NCAA utomhusmästare på 400 m, vilket etablerade ett nytt NCAA-rekord (50,10) som fortfarande står sig. 2005 vann hon Honda Award som landets bästa kvinnliga friidrottare.
Sedan 2010 har guldmedaljen vid OS i Aten 2004 varit tveksam då Crystal Cox , som sprang för laget i en preliminär omgång, erkände dopning. Men från och med 2012 står det ursprungliga resultatet fortfarande kvar.
Monique Henderson nominerades och valdes in i San Diego County Women's Hall of Fame 2009, värd av Women's Museum of California, Commission on the Status of Women, University of California, San Diego Women's Center och San Diego State University Women's Studies.