Molekylära referensstandarder

Molekylära/genomiska referensstandarder är en klass av "kontroller" eller standarder som används för att kontrollera prestandan av molekylära diagnostiska analyser . Molekylära/genomiska referensmaterial (RM) väljs ut eller konstrueras för att modellera en specifik genetisk biomarkör när den förekommer i en patientbiopsi . Referensmaterial (RM) används för en kalibrering av mätsystemet, för bedömning av en mätprocedur, för att tilldela material värden eller för kvalitetskontroll .

Molekylära referensmaterial

Molekylära referensstandarder finns tillgängliga i en mängd olika format, som var och en har styrkor och svagheter. Dessa material sträcker sig från syntetiska DNA- oligonukleotider eller patienthärlett genomiskt DNA, till faktiska patientvävnadsbiopsier med känd mutationsstatus .

Referensmaterial	Dra nytta	Nackdel
Rekombinanta plasmider eller syntetiserade oligonukleotider	Billigt och lätt att syntetisera. Kan kontrollera för flera alleler i en enda reaktion	Påminner inte om komplexiteten i hela genomet . Risk för falska positiva resultat
Celllinje genomiskt DNA (gDNA)	Efterliknar komplexiteten hos hela genomet	Kan endast kontrollera för en eller några få alleler/ genotyper eller mål åt gången.
Cellinjeblandningar	Efterliknar komplexiteten hos hela genomet. Kan kontrollera för flera alleler i en enda reaktion	Efterliknar inte den ' isogena ' eller liknande genetiska bakgrunden mellan olika celler i en tumör.
Genetiskt modifierad cellinje-gDNA	Efterliknar komplexiteten hos hela genomet. Förmåga att späda modifierat gDNA med omodifierat gDNA	Kan endast kontrollera för en eller några få alleler/genotyper eller mål åt gången
Genetiskt modifierade cellinjeblandningar	Efterliknar komplexiteten hos hela genomet. Förmåga att späda modifierat gDNA med omodifierat gDNA. Efterliknar den "isogena" bakgrunden hos tumörceller	----
Patientbiopsiprover	Helt representativt	Inte en hållbar källa

Kompetensscheman

Kompetensscheman involverar distribution av blinda referensmaterial till prenumerationslaboratorier, och efterföljande poängsättning och bedömning av kompetensen hos dessa laboratorier i deras molekylära diagnostiska tester.

Kompetensprogram organiseras vanligtvis av ideella organisationer, vanligtvis statligt anslutna, som hundratals laboratorier kan prenumerera på. Dessa program finansieras med de prenumerationsavgifter som betalas av varje medlemslaboratorium.

Kompetensscheman har historiskt sett förlitat sig på patientbiopsier med känd mutationsstatus för distribution till medlemslaboratorier. Men på grund av den betydande ökningen av antalet laboratorier som utför molekylära tester (i sin tur orsakad av ökningen av antalet tillgängliga riktade läkemedel vars recept är kopplat till närvaron eller frånvaron av en viss biomarkör), blir patientprover ohållbara källa till referensmaterial. Organisatörer av färdighetsscheman vänder sig i allt högre grad till genetiskt modifierade cellinjer som en hållbar och väldefinierad källa till referensmaterial.

Några av de största arrangörerna av kompetenssystem i världen inkluderar:

College of American Pathologists (CAP) – USA
European Molecular Quality Network (EMQN) – Storbritannien, Europa, EMEA
Storbritanniens nationella system för extern kvalitetsbedömning (NEQAS) – Storbritannien, Europa, EMEA

Källor

Källor till certifierat referensmaterial (CRM) inkluderar:

Mer information finns på CDC:s och Eurogentests webbsidor.

Celllinjeförråd