Michael P. Snyder

Michael P Snyder
Född	1955 Pottstown, Pennsylvania
Nationalitet	amerikansk
Alma mater	University of Rochester California Institute of Technology
Yrke(n)	Genetiker, Stanford B. Asherman Professor Ordförande för genetikavdelningen, Stanford University Direktör för Center for Genomics and Personalized Medicine
Känd för	RNA-sekvensering, chip-chip och CHIP-seq(11), genomik, banbrytande multiomisk longitudinell hälsospårning, bärbar teknologi, systembiologi, systemmedicin
Vetenskaplig karriär
Fält	Genetik, genomik, personlig medicin
institutioner	Yale University Stanford University
Doktorandrådgivare	Dr Norman Davidson .
Andra akademiska rådgivare	Dr Ronald Davis

Michael P. Snyder är en amerikansk genomiker som är Stanford B. Ascherman-professor och sedan 2009, ordförande för genetik och chef för genomik och personlig medicin vid Stanford University , och tidigare chef för Yale Center for Genomics and Proteomics. Han valdes in i The American Academy of Arts and Sciences 2015. Under hans tid som ordförande för avdelningen på Stanford har US News & World Report rankat Stanford University först eller först i Genetik, Genomics och Bioinformatics under hans ledning.

Snyder har varit med och grundat företag inom genetik, genomik och personlig medicin, inklusive Personalis, ett företag som utvecklar mjukvara för att tolka genom efter sekvensering; January AI, en hälsostartup; Protometrix; Affomix; och Q Bio.

Snyder har varit en huvudutredare av ENCODE -projektet sedan starten 2003, och meddirektör för CIRM Center for Stem Cell Genomics och chef för Center for Genome of Gene Regulation.

Snyder var pionjär med användningen av multiomisk längsgående profilering för att spåra hälsa.

tidigt liv och utbildning

Snyder föddes 1955 och växte upp utanför Pottstown, Pennsylvania . Hans far, Kermit Snyder, var revisor och hans mor, Phyllis Snyder, var en grundskollärare. Snyder gick på Owen J Roberts High School i Pottstown. Han fick en BA i kemi och biologi från University of Rochester, NY på ett stipendium. Han fortsatte med en doktorsexamen i biologi från California Institute of Technology , där han utbildade sig i Norman Davidsons laboratorium . Snyder avslutade sin postdoktorala utbildning vid Stanford University School of Medicine i Ronald W. Davis laboratorium . Där var han involverad i flera projekt inklusive etablering av framgångsrik kloning av gener med hjälp av antikroppar (lambagt11;) ( ⁴⁾ .

Karriär

Snyder anställdes av Yale University 1986 som biträdande professor vid institutionen för biologi, och beviljades anställning 1994. 1998 delade institutionen för biologi upp i två avdelningar, en fokuserad på ekologi och en på molekylärbiologi. Snyder var ordförande för den nya avdelningen för molekylär, cellulär och utvecklingsbiologi (MCDB) 1998-2004. Hans laboratorium arbetade med kromosomsegregation och cellpolaritet för vilket han upptäckte ett antal viktiga gener involverade i dessa processer.

Hans laboratorium föreslog de första modellerna med vilka eukaryoter väljer platser för celltillväxt.

Snyder var också direktör för Center for Genomics and Proteomics vid Yale University (2002-2009), invald i Genetics Society of Americas styrelse (2006-2009), vald till president för US HUPO (2006-2008), PI, Center of Excellence in the Genome Sciences (CEGS)(2001-2011), ordförande, Human Proteome Organization (HUPO)(2017-2018), PI, NIH Training Grant in Genomics and Proteomics (2004-2022).

2009 flyttade Snyder till Stanford University för att vara ordförande för genetikavdelningen och för att leda Center for Genomics and Personalized Medicine. Snyder har varit huvudutredare för Center of Excellence in the Genome Sciences (CEGS) (2001–2011), NIH Training Grants in Genomics and Proteomics (först vid Yale, nu vid Stanford) (2004–nuvarande), och är meddirektör för CIRM Centrum för stamcellsgenomik och direktör för Centrum för genregleringsgenom. Snyder valdes in och har varit president för US Human Proteome Organization (2006–2008) och den internationella Human Proteome Organization (2017–2018). Han leder för närvarande National Institutes of Health's Encyclopedia of DNA Elements (Encode)'s Production Center for Mapping Regulatory Regions of the Human Genome.

Snyder har varit med och grundat bioteknikföretag, inklusive Personalis, SensOmics, Qbio, January AI, Filtricine, Mirvie, Protos, Protometrix (nu en del av Thermo Fisher Scientific ) och Affomix (nu en del av Illumina ).

Forskning

Snyder har bidragit till medicin , genomik och bioteknik . För att stödja deras forskning har Snyders laboratorium uppfunnit ett antal nya systemomfattande och genomiska teknologier. Snyders laboratorium vid Yale fokuserade initialt på att studera genomet av jästen Saccharomyces cerevisiae , en eukaryot modellorganism som vanligtvis används inom genetik och molekylärbiologi. Senare började labbet använda samma tekniker för att titta på det mänskliga genomet .

År 2003 lanserades projektet Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) av US National Human Genome Research Institute (NHGRI), med målet att identifiera alla funktionella element i det mänskliga genomet. Han har varit huvudutredare i ENCODE-projektet sedan starten 2003 och hans labb har bidragit med ett stort antal datamängder. Dessa data bidrog till upptäckten att det finns många fler transkriptionsfaktorbindningsställen än man ursprungligen trodde ⁽¹³⁾ , och att dubbelt så mycket av det mänskliga genomet transkriberas till moget RNA.

Snyder-laboratoriet visade sedan att transkriptionsfaktorbindningsställen varierar mycket mellan människor och närbesläktade arter, vilket visar att mycket av mångfalden mellan individer och närbesläktade arter sker på nivån av genreglering, snarare än förändringar i generna själva.

Snyder breddade sitt labbs genomikforskning till att omfatta områdena proteomik , transkriptomik och metabolomik . Efter sin flytt till Stanford 2009 började Snyder också fokusera på att använda dessa omics-teknologier för att övervaka människors hälsa. 2012 publicerade labbet den första djupa longitudinella profileringen av en enskild person som använder multi-omics-teknologier, vilket producerar en datauppsättning i vardagsspråket känd som Snyderome. Denna forskningsmetod utökades senare till över 100 personer och inkluderade data genererad av bärbara biosensorer.

Bibliotek och arrayer

Snyders laboratorium startade det första storskaliga systemprojektet för att studera alla jästgener och proteiner samtidigt med hjälp av en transposontaggningsstrategi för att analysera genuttryck, proteinlokalisering och genavbrott. Detta var den första storskaliga systemanalysen av gener och proteiner i någon organism. Biblioteken och metoder släpptes offentligt och används nu av laboratorier över hela världen.

Utöver genomet var Snyder-labbet också det första som satte upp protein- och proteommikroarrayer för storskalig karakterisering av proteinfunktion och antikroppsreaktivitet. De visade många nya biologiska aktiviteter av proteinkinaser och andra jästproteiner och visade att de kan vara användbara för autoantikroppsprofilering.

Deras laboratorium konstruerade den första mänskliga kromosomarrayen ⁽¹⁵⁾ och senare den första helgenomarrayen för att kartlägga transkriptionsfaktorbindningsställen och nya transkriberade regioner av genomet.

I samarbete med Dr. Patrick Browns laboratorium utvecklade Snyder-laboratoriet ChIP-chip för att utföra den första genomomfattande kartläggningen av transkriptionsfaktorbindningsställen. Ursprungligen etablerade för jäst, tillämpade de senare metoderna på människor.

Nästa generations sekvensering

ChIP-chip-tekniken för kartläggning av transkriptionsfaktorbindningsställen omvandlades slutligen till ChIP-seq, för att dra fördel av DNA-sekvensering snarare än att använda DNA-mikroarrayer. ⁽¹²⁾ ChIP-seq-metoden var grunden för flera multicenterkonsortieprojekt, inklusive projektet Encyclopedia of DNA Elements ( ENCODE ; ⁽¹⁴⁾⁾ . De uppfann senare RNA-seq för att bättre kartlägga transkriptomer, både proteinkodande och icke-kodande ( ^17,18) .

Med tillkomsten av DNA-sekvenseringsteknologier med hög genomströmning var Snyders laboratorium först med att sekvensera en organism med sådan teknik. Snyder's Laboratory sekvenserade den mänskliga patogenen Acinetobacter baumannii och uppfann parad ändsekvensering med hjälp av nya högkapacitetssekvenseringsteknologier (20), med hjälp av detta för att visa att det fanns tio gånger så mycket strukturell variation (SV) i det mänskliga genomet än vad som tidigare insetts och att de flesta SV deletioner och insättningar berodde på icke-homolog rekombination , en oväntad upptäckt vid den tiden, eftersom de flesta SVs föreslogs bero på homologa rekombinationshändelser.

Utöver genomet var Snyder-laboratoriet också det första som satte upp protein- och proteommikroarrayer för storskalig karakterisering av proteinfunktion och antikroppsreaktivitet.) De visade många nya biologiska aktiviteter av proteinkinaser och andra jästproteiner och visade att de kan vara användbar för autoantikroppsprofilering.

Omics profilering och datadriven medicin

Genom att använda samma djupgående omics-metoder som han tillämpade på jäst, började Snyder, när han flyttade till Stanford 2009, tillämpa systemomfattande analys på människors hälsa (29). Snyder-laboratoriet genomförde den första djupa longitudinella profileringen av en person med hjälp av multi-omics-teknologier genomik , transkriptomik , proteomik , metabolomik , etc.). Denna djupa profilering använde genomik för första gången för att förutsäga sjukdomsrisk och följa sjukdomsdebut på en nivå som inte tidigare uppnåtts. Framhävd i Cell Journals 40-årsjubileumsnummer presenterar Snyder "hur personlig medicin kan tillämpas på individer över långa tidsramar, analysera transkription, metabolit och cytokinfluktuationer genom perioder av hälsa och sjukdom tillsammans med fullt sekvenserade genom". Detta tillvägagångssätt att samla in longitudinella djupdata om människor tillämpas nu av många grupper över hela världen. Snyder-labbet har visat att självspårning med hjälp av bärbara biosensorer kan användas för att övervaka hälsa och sjukdom. Tillsammans visar dessa studier kraften i att använda longitudinell spårning och big data för att hantera människors hälsa.

Utvalda publikationer

1. Alavi, Arash, et al.    Alavi, Arash; Bogu, Gireesh K.; Wang, Meng; Rangan, Ekanath Srihari; Brooks, Andrew W.; Wang, Qiwen; Higgs, Emily; Celli, Alessandra; Mishra, Tejaswini; Metwally, Ahmed A.; Cha, Kexin; Knowles, Peter; Alavi, Amir A.; Bhasin, Rajat; Panchamukhi, Shrinivas; Celis, Diego; Aditya, Tagore; Honkala, Alexander; Rolnik, Benjamin; Jakt, Erika; Dagan-Rosenfeld, Orit; Chauhan, Arshdeep; Li, Jessi W.; Bejikian, Caroline; Krishnan, Vandhana; McGuire, Lettie; Li, Xiao; Bahmani, Amir; Snyder, Michael P. (januari 2022). "Larmsystem i realtid för COVID-19 och andra stresshändelser med hjälp av bärbar data | Naturmedicin" . Naturmedicin . 28 (1): 175–184. doi : 10.1038/s41591-021-01593-2 . PMC 8799466 . PMID 34845389 . . Naturmedicin 2021 nov 29:1-0.
2. Bahmani, Amir, et al.     Bahmani, Amir; Alavi, Arash; Buergel, Thore; Upadhyayula, Sushil; Wang, Qiwen; Ananthakrishnan, Srinath Krishna; Alavi, Amir; Celis, Diego; Gillespie, Dan; Young, Gregory; Xing, Ziye; Nguyen, Minh Hoang Huynh; Haque, Audrey; Mathur, Ankit; Payne, Josh; Mazaheri, Ghazal; Li, Jason Kenichi; Kotipalli, Pramod; Liao, Lisa; Bhasin, Rajat; Cha, Kexin; Rolnik, Benjamin; Celli, Alessandra; Dagan-Rosenfeld, Orit; Higgs, Emily; Zhou, Wenyu; Berry, Camille Lauren; Van Winkle, Katherine Grace; Contrepois, Kévin; Ray, Utsab; Bettinger, Keith; Datta, Somalee; Li, Xiao; Snyder, Michael P. (2021-10-01). "En skalbar, säker och interoperabel plattform för djup datadriven hälsohantering" . Naturkommunikation . Springer Science and Business Media LLC. 12 (1): 5757. Bibcode : 2021NatCo..12.5757B . doi : 10.1038/s41467-021-26040-1 . ISSN 2041-1723 . PMC 8486823 . PMID 34599181 .
3. Mishra, Tejaswini, et al.     Mishra, Tejaswini; Wang, Meng; Metwally, Ahmed A.; Bogu, Gireesh K.; Brooks, Andrew W.; Bahmani, Amir; Alavi, Arash; Celli, Alessandra; Higgs, Emily; Dagan-Rosenfeld, Orit; Fay, Bethany; Kirkpatrick, Susan; Kellogg, Ryan; Gibson, Michelle; Wang, Tao; Jakt, Erika M.; Mamic, Petra; Ganz, Ariel B.; Rolnik, Benjamin; Li, Xiao; Snyder, Michael P. (2020-11-18). "Pre-symptomatisk upptäckt av covid-19 från smartwatchdata" . Nature Biomedicinsk teknik . Springer Science and Business Media LLC. 4 (12): 1208–1220. doi : 10.1038/s41551-020-00640-6 . ISSN 2157-846X . PMC 9020268 . PMID 33208926 .
4. Robertson G, Hirst M, Bainbridge M, Bilenky M, Zhao Y, Zeng T, Euskirchen G, Bernier B, Varhol R, Delaney A, Thiessen N, …, Snyder M och Jones S. Robertson, G    .; Hirst, M.; Bainbridge, M.; Bilenky, M.; Zhao, Y.; Zeng, T.; Euskirchen, G.; Bernier, B.; Varhol, R.; Delaney, A.; Thiessen, N.; Griffith, OL; Han, A.; Marra, M.; Snyder, M.; Jones, S. (2007). "Genomomfattande profiler av STAT1 DNA-association med hjälp av kromatinimmunfällning och massivt parallell sekvensering - PubMed" . Naturmetoder . 4 (8): 651–657. doi : 10.1038/nmeth1068 . PMID 17558387 . S2CID 28531263 . . Nat Methods. 2007;4:651-7.
5. Horak, Christine E., et al.    Horak, CE; Mahajan, MC; Luscombe, NM; Gerstein, M.; Weissman, SM; Snyder, M. (2002). "GATA-1-bindningsställen kartlade i beta-globin-lokuset genom att använda däggdjurschip-chipanalys - PubMed" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 99 (5): 2924–2929. doi : 10.1073/pnas.052706999 . PMC 122449 . PMID 11867748 . . Proceedings of the National Academy of Sciences 99.5 (2002): 2924-2929.
6. ENCODE-projektkonsortiet.    ENCODE Project Consortium (2012). "En integrerad encyklopedi av DNA-element i det mänskliga genomet - PubMed" . Naturen . 489 (7414): 57–74. Bibcode : 2012Natur.489...57T . doi : 10.1038/nature11247 . PMC 3439153 . PMID 22955616 . . Natur. 2012. 489(7414): 57-74.
7. Wang Z, Gerstein M, Snyder M.    Wang, Z.; Gerstein, M.; Snyder, M. (2009). "RNA-Seq: ett revolutionerande verktyg för transkriptomik - PubMed" . Naturrecensioner. Genetik . 10 (1): 57–63. doi : 10.1038/nrg2484 . PMC 2949280 . PMID 19015660 . . Nat Rev Genet. 2009 Jan;10(1):57-63. PMID 19015660.
8. Hudson ME, Pozdnyakova I, Haines K, Mor G, Snyder M.    Hudson, ME; Pozdnyakova, I.; Haines, K.; Mor, G.; Snyder, M. (2007). "Identifiering av differentiellt uttryckta proteiner i äggstockscancer med hjälp av högdensitetsproteinmikroarrayer - PubMed" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 104 (44): 17494–17499. Bibcode : 2007PNAS..10417494H . doi : 10.1073/pnas.0708572104 . PMC 2077284 . PMID 17954908 . . Proc Natl Acad Sci USA. 2007;104: 17494-9.
9. Kasowski M, Grubert F, Heffelfinger C, Hariharan M, Asabere A, Waszak SM, Habegger L, Rozowsky J, Shi M, Urban AE, … Weissman SM, Gerstein MB, Korbel JO, Snyder M. Kasowski, M    .; Grubert, F.; Heffelfinger, C.; Hariharan, M.; Asabere, A.; Waszak, SM; Habegger, L.; Rozowsky, J.; Shi, M.; Urban, AE; Hong, MY; Karczewski, KJ; Huber, W.; Weissman, SM; Gerstein, MB; Korbel, JO; Snyder, M. (2010). "Variation i transkriptionsfaktorbindning bland människor - PubMed" . Vetenskap . 328 (5975): 232-235. doi : 10.1126/science.1183621 . PMC 2938768 . PMID 20299548 . . Vetenskap. 2010. 328(5975): 232-5. Epub 2010. PMID 20299548.
10. Borneman AR, Gianoulis TA, Zhang ZD, Yu H, Rozowsky J, Seringhaus MR, Wang LY, Gerstein M, Snyder M.    Borneman, AR; Gianoulis, TA; Zhang, ZD; Yu, H.; Rozowsky, J.; Seringhaus, MR; Wang, LY; Gerstein, M.; Snyder, M. (2007). "Divergens av transkriptionsfaktorbindningsställen över besläktade jästarter - PubMed" . Vetenskap . 317 (5839): 815–819. doi : 10.1126/science.1140748 . PMID 17690298 . S2CID 21535866 . . Vetenskap. 2007; 317: 815-19.
11. Chen R, Mias GI, Li-Pook-Than J, Jiang L, … Snyder M.    Chen, R.; et al. (2012). "Personlig omics-profilering avslöjar dynamiska molekylära och medicinska fenotyper - PubMed" . Cell . 148 (6): 1293–1507. doi : 10.1016/j.cell.2012.02.009 . PMC 3341616 . PMID 22424236 . . Cell. 2012;148:1293-307.
12. Li X, Dunn J, Salins D, Zhou G, Zhou W, Schüssler-Fiorenza Rose SM, Perelman D, Colbert E, Runge R, Rego S, Sonecha R, Datta S, McLaughlin T, Snyder M. Li, X    .; Dunn, J.; Salins, D.; Zhou, G.; Zhou, W.; Schüssler-Fiorenza Rose, SM; Perelman, D.; Colbert, E.; Runge, R.; Rego, S.; Sonecha, R.; Datta, S.; McLaughlin, T.; Snyder, MP (2017). "Digital hälsa: spåra fysiomer och aktivitet med hjälp av bärbara biosensorer avslöjar användbar hälsorelaterad information - PubMed" . PLOS Biologi . 15 (1): e2001402. doi : 10.1371/journal.pbio.2001402 . PMC 5230763 . PMID 28081144 . . 2017 jan 12;15(1):e2001402. doi: 10.1371/journal.pbio.2001402. PMID 28081144

bok

•   Genomics and Personalized Medicine: What Everyone Needs to Know Oxford University Press (2016) ISBN 978-0-19023-476-8 .

Pris och ära

• Pew Scholars (1987)
• Lewis B Cullman utsedd till ordförande, Yale (1996)
• Burroughs Wellcome Scholar Award (2000)
• Connecticut Medal of Science (2007)
• Stanford B. Ascherman utnämnd till stol, Stanford (2011)
• Medlem av American Academy of Sciences (vald 2015)
• George W. Beadle Award, Genetics Society of America (2019)